More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1001 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1001  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  646    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  29.01 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2722  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0952  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 299 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3551  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 299 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3354  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 299 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3426  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  29.8 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 335 aa  136  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  26.96 
 
 		 291 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  28.9 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3921  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4524  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0080  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.93 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 303 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3930  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0309903  normal  0.96448 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  28.85 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  28.81 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  26.67 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1855  transcriptional regulator, LysR family protein  30.38 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464203  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3064  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  28.04 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3007  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 313 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 301 aa  125  9e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  29 
 
 		 307 aa  125  9e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  30.98 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3325  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  27.36 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0522  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 317 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2140  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.747614  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 326 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 301 aa  123  5e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>