More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0439 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0439  hypothetical protein  100 
 
 		 670 aa  1353    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.447441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3416  TonB-dependent receptor plug  32.93 
 
 		 684 aa  293  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.717717  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2036  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 		 687 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0132  TonB-dependent receptor  31.62 
 
 		 679 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.691558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  35.31 
 
 		 643 aa  273  8.000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0552  TonB-dependent receptor, plug  29.42 
 
 		 653 aa  258  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3742  TonB-dependent receptor plug  31.2 
 
 		 715 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 714 aa  248  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0104  TonB-dependent receptor  32.9 
 
 		 678 aa  230  5e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.479806  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3002  TonB-dependent receptor plug  30.6 
 
 		 668 aa  207  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.957092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43650  hypothetical protein  46.19 
 
 		 705 aa  180  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00638923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3661  hypothetical protein  46.41 
 
 		 702 aa  177  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.809054  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4171  hypothetical protein  46.24 
 
 		 704 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1697  TonB-dependent receptor, plug  46.24 
 
 		 704 aa  163  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3494  TonB-dependent receptor plug  45.36 
 
 		 715 aa  163  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1362  TonB-dependent receptor, plug  28.97 
 
 		 737 aa  158  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0352862  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4209  TonB-dependent receptor  44.62 
 
 		 707 aa  157  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  27.67 
 
 		 642 aa  155  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  28.46 
 
 		 678 aa  152  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  27.74 
 
 		 676 aa  151  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  26.17 
 
 		 680 aa  150  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0111  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 681 aa  134  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.643916  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  31.85 
 
 		 710 aa  126  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 715 aa  125  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2461  TonB-dependent receptor, plug  29.27 
 
 		 662 aa  121  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.160214  normal  0.0971358 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3833  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  37.82 
 
 		 667 aa  120  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0769  TonB-dependent receptor, plug  36.08 
 
 		 687 aa  118  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0123  TonB-dependent receptor plug  24.26 
 
 		 670 aa  115  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0182279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  37.27 
 
 		 615 aa  114  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 705 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05847  hypothetical protein  33.5 
 
 		 718 aa  109  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3845  TonB-dependent receptor plug  25.59 
 
 		 696 aa  108  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0777  TonB-dependent receptor plug  34.47 
 
 		 645 aa  106  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  25.17 
 
 		 641 aa  107  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  24.39 
 
 		 732 aa  103  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  33.5 
 
 		 626 aa  100  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  33.5 
 
 		 626 aa  100  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5030  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 680 aa  100  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.602403  normal  0.598022 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  26.14 
 
 		 655 aa  99.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  26.87 
 
 		 700 aa  98.2  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  25.37 
 
 		 659 aa  97.8  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  24.95 
 
 		 641 aa  97.8  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  25.09 
 
 		 663 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  25.09 
 
 		 663 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  25.09 
 
 		 663 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  24.86 
 
 		 663 aa  95.9  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  25.09 
 
 		 663 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  29 
 
 		 617 aa  95.9  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  25.41 
 
 		 639 aa  95.9  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  24.86 
 
 		 663 aa  95.9  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 634 aa  94  9e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  36.02 
 
 		 652 aa  93.2  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  25.7 
 
 		 653 aa  92.8  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4468  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 671 aa  92.4  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659683  normal  0.254173 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  30 
 
 		 646 aa  92  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4602  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 699 aa  91.7  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3634  TonB-dependent receptor, plug  35.06 
 
 		 668 aa  91.3  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 634 aa  90.5  8e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  25.59 
 
 		 597 aa  90.5  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  24.96 
 
 		 640 aa  89.7  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 893 aa  89.7  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  23.05 
 
 		 633 aa  89.4  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1383  TonB-dependent receptor  34.39 
 
 		 702 aa  89.4  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00790883  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  25 
 
 		 652 aa  88.6  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2789  TonB-dependent receptor  34.04 
 
 		 675 aa  88.6  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  34.92 
 
 		 1023 aa  88.6  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 		 593 aa  89  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 		 658 aa  87.4  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  32.27 
 
 		 602 aa  87.4  7e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  34.64 
 
 		 668 aa  85.5  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 		 619 aa  85.5  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  23.4 
 
 		 676 aa  85.1  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  28.99 
 
 		 634 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 		 740 aa  85.1  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5117  TonB-dependent receptor  31.84 
 
 		 801 aa  85.1  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.820743 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01120  iron-regulated outer membrane virulence protein  23.76 
 
 		 572 aa  84.3  0.000000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1261  ferric receptor CfrA  21.05 
 
 		 702 aa  84.3  0.000000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 698 aa  84  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1648  ferric receptor CfrA  22.94 
 
 		 696 aa  84  0.000000000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  37.89 
 
 		 616 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  34.44 
 
 		 650 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  34.44 
 
 		 650 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  22.55 
 
 		 697 aa  82.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  34.44 
 
 		 650 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  21.98 
 
 		 661 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 627 aa  82.4  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  34.44 
 
 		 650 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  34.44 
 
 		 650 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 613 aa  82  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  38.13 
 
 		 710 aa  82.4  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  37.78 
 
 		 656 aa  82.4  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  31.05 
 
 		 615 aa  82  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  21.5 
 
 		 653 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  32 
 
 		 638 aa  81.3  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  22.61 
 
 		 662 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  23.68 
 
 		 614 aa  81.3  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 1128 aa  81.3  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  22.01 
 
 		 649 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1445  TonB-dependent receptor, putative  23.36 
 
 		 593 aa  80.9  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  22.26 
 
 		 662 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>