More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3683 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3683  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 639 aa  1309    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.378617  normal  0.495229 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7228  extracellular solute-binding protein family 5  50.68 
 
 		 664 aa  601  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0309461  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4593  extracellular solute-binding protein  47.24 
 
 		 633 aa  580  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.996188 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6476  extracellular solute-binding protein  51.45 
 
 		 643 aa  580  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.864629 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5971  extracellular solute-binding protein family 5  45.56 
 
 		 635 aa  566  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.989436  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7124  extracellular solute-binding protein family 5  45.89 
 
 		 635 aa  568  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104115  normal  0.2013 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2830  extracellular solute-binding protein  46.9 
 
 		 655 aa  547  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108136  normal  0.289716 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3931  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  43.89 
 
 		 626 aa  533  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1703  extracellular solute-binding protein family 5  32.73 
 
 		 638 aa  294  3e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0510  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 		 655 aa  283  8.000000000000001e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00108617  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1687  extracellular solute-binding protein  31.22 
 
 		 664 aa  280  8e-74  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.789812  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0868  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 		 657 aa  279  1e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0890  extracellular solute-binding protein  32.9 
 
 		 657 aa  274  4.0000000000000004e-72  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0293  extracellular solute-binding protein family 5  31.21 
 
 		 640 aa  266  8e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.835457  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0608  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 		 658 aa  262  1e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0360846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0622  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 		 658 aa  261  4e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.16709  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1677  extracellular solute-binding protein  31.45 
 
 		 655 aa  260  5.0000000000000005e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224475  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5515  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.93 
 
 		 633 aa  252  1e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0171495  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 643 aa  236  8e-61  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2454  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 682 aa  233  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39331 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5255  extracellular solute-binding protein family 5  30.61 
 
 		 651 aa  227  6e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14300  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.12 
 
 		 671 aa  223  6e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.860083 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2113  extracellular solute-binding protein family 5  28.32 
 
 		 729 aa  221  3.9999999999999997e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3160  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  31.21 
 
 		 679 aa  220  6e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5555  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 642 aa  218  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140103  normal  0.0740019 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1530  extracellular solute-binding protein family 5  28.53 
 
 		 656 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  30.45 
 
 		 645 aa  218  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3050  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 757 aa  215  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0190244  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4483  twin-arginine translocation pathway signal  30.47 
 
 		 686 aa  215  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0309  extracellular solute-binding protein family 5  28.78 
 
 		 765 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5447  extracellular solute-binding protein family 5  29.97 
 
 		 645 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390622 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2110  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 735 aa  212  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2424  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 728 aa  206  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.935396 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0595  extracellular solute-binding protein family 5  30.14 
 
 		 645 aa  205  3e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2808  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 727 aa  203  6e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3373  extracellular solute-binding protein family 5  27.77 
 
 		 641 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0279191  normal  0.223354 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1927  extracellular solute-binding protein family 5  27.46 
 
 		 735 aa  201  3e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1805  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 		 659 aa  201  5e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5700  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.45 
 
 		 638 aa  183  7e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0714934  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4140  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 		 693 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0860796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  22.6 
 
 		 696 aa  109  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6877  extracellular solute-binding protein family 5  22.44 
 
 		 695 aa  108  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0668794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1326  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 587 aa  105  2e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000186412  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 578 aa  104  5e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 580 aa  103  7e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  27.96 
 
 		 578 aa  103  8e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5120  ABC transporter substrate binding protein (alpha-galactoside)  23.18 
 
 		 695 aa  102  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0244807  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 		 589 aa  99.4  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  26.55 
 
 		 573 aa  94.4  6e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  24.88 
 
 		 627 aa  94  7e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0406  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 579 aa  93.6  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  27.38 
 
 		 589 aa  91.7  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0390  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 		 579 aa  91.3  5e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  28.01 
 
 		 544 aa  89.7  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 		 578 aa  89  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  24.59 
 
 		 587 aa  88.2  4e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 584 aa  85.5  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0551  extracellular solute-binding protein  21.18 
 
 		 591 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0567  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.48 
 
 		 592 aa  81.6  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  25.97 
 
 		 533 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  23.53 
 
 		 545 aa  78.2  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 		 594 aa  77.4  0.0000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 		 591 aa  77.4  0.0000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 539 aa  77  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  23.21 
 
 		 607 aa  76.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  27.15 
 
 		 547 aa  75.9  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 		 530 aa  76.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0570  extracellular solute-binding protein  19.92 
 
 		 591 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 		 546 aa  74.3  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 		 546 aa  74.3  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  25.12 
 
 		 546 aa  74.3  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  23.02 
 
 		 607 aa  73.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  26.89 
 
 		 544 aa  73.6  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0724  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.75 
 
 		 593 aa  72.4  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0566  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.75 
 
 		 593 aa  72.8  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 588 aa  72.8  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  23.17 
 
 		 584 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6955  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  24.94 
 
 		 597 aa  72.8  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 544 aa  71.6  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1832  extracellular solute-binding protein family 5  25.21 
 
 		 587 aa  71.2  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315611  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0623  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  20.55 
 
 		 593 aa  71.2  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0656  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  20.55 
 
 		 593 aa  71.2  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0713  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.55 
 
 		 593 aa  71.2  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00303874 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0785  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.55 
 
 		 593 aa  71.2  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1182  extracellular solute-binding protein family 5  22.05 
 
 		 581 aa  70.9  0.00000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  24.43 
 
 		 605 aa  69.3  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3167  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  24.02 
 
 		 542 aa  69.7  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  22.84 
 
 		 548 aa  69.3  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  22.77 
 
 		 548 aa  69.3  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1273  extracellular solute-binding protein family 5  22.33 
 
 		 593 aa  69.3  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1344  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 638 aa  68.6  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.439366 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 540 aa  68.2  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  23.33 
 
 		 524 aa  68.2  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 		 597 aa  67.8  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  23.33 
 
 		 581 aa  67.8  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  23.77 
 
 		 562 aa  67.4  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  24.51 
 
 		 577 aa  67.4  0.0000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.67 
 
 		 542 aa  67  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.11 
 
 		 534 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 		 538 aa  67  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>