More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6955 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6956  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  71.7 
 
 		 571 aa  876    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6955  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  100 
 
 		 597 aa  1237    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  68.29 
 
 		 596 aa  857    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  66.78 
 
 		 596 aa  815    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  69.13 
 
 		 596 aa  861    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  50.37 
 
 		 580 aa  526  1e-148  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  50.37 
 
 		 580 aa  526  1e-148  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  47.43 
 
 		 581 aa  515  1.0000000000000001e-145  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  48.42 
 
 		 588 aa  508  9.999999999999999e-143  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1410  extracellular solute-binding protein family 5  42.38 
 
 		 615 aa  427  1e-118  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3874  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  41.59 
 
 		 585 aa  420  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0383  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 618 aa  418  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.531894  normal  0.778896 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2770  extracellular solute-binding protein  41.05 
 
 		 603 aa  418  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.14158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4599  extracellular solute-binding protein  42.94 
 
 		 621 aa  417  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.593059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0608  extracellular solute-binding protein  39.48 
 
 		 566 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3875  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  40.3 
 
 		 568 aa  406  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3294  extracellular solute-binding protein  39.19 
 
 		 573 aa  406  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.207016 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0715  extracellular solute-binding protein  38.45 
 
 		 565 aa  386  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.109389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.92 
 
 		 556 aa  154  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 544 aa  154  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.68 
 
 		 524 aa  153  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.15 
 
 		 524 aa  151  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.11 
 
 		 542 aa  150  7e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.39 
 
 		 520 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.26 
 
 		 532 aa  141  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  29.07 
 
 		 560 aa  140  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.31 
 
 		 534 aa  139  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  27.43 
 
 		 533 aa  137  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.3 
 
 		 534 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  27.43 
 
 		 528 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  29.7 
 
 		 536 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 534 aa  134  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 538 aa  134  6e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  25.61 
 
 		 546 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 559 aa  133  7.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.19 
 
 		 532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 		 544 aa  133  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30.77 
 
 		 509 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  28.32 
 
 		 534 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 544 aa  131  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  29.44 
 
 		 557 aa  130  5.0000000000000004e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  26.92 
 
 		 527 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  25.47 
 
 		 628 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 535 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.86 
 
 		 539 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  27.03 
 
 		 533 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 539 aa  128  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 536 aa  127  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  25.11 
 
 		 545 aa  126  9e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  30.98 
 
 		 547 aa  126  1e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 617 aa  125  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4082  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 		 526 aa  125  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.484283  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.7 
 
 		 538 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  26.5 
 
 		 558 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1621  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.49 
 
 		 594 aa  125  3e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  30.98 
 
 		 544 aa  125  3e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  27.89 
 
 		 535 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  28.75 
 
 		 519 aa  124  5e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  24.8 
 
 		 533 aa  124  7e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.01 
 
 		 531 aa  123  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  26.83 
 
 		 529 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  25.72 
 
 		 586 aa  123  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 540 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 537 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 539 aa  121  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  29.71 
 
 		 495 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.49 
 
 		 529 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 509 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.15 
 
 		 529 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.23 
 
 		 511 aa  118  3e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 		 518 aa  118  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  24.41 
 
 		 534 aa  118  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 555 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  27.45 
 
 		 566 aa  117  5e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 		 512 aa  117  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  28.01 
 
 		 514 aa  117  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0247  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  27.45 
 
 		 567 aa  117  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.460021  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 		 530 aa  117  8.999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 		 527 aa  116  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.35 
 
 		 517 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  25.51 
 
 		 531 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 		 512 aa  115  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.49 
 
 		 512 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 529 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 528 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 565 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 522 aa  115  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  27.08 
 
 		 540 aa  115  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 532 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  25.71 
 
 		 533 aa  115  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  24.08 
 
 		 576 aa  115  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 		 604 aa  114  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1408  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 		 518 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00741999  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  27.68 
 
 		 537 aa  114  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  26.23 
 
 		 626 aa  114  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.29 
 
 		 512 aa  113  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 567 aa  113  9e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  27.89 
 
 		 514 aa  113  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  25.64 
 
 		 587 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 530 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>