More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4065 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4065  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  80.32 
 
 		 191 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  73.16 
 
 		 190 aa  300  8.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 194 aa  269  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3684  TetR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 202 aa  260  6.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 202 aa  256  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  61.98 
 
 		 200 aa  256  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  61.98 
 
 		 202 aa  256  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2983  TetR family transcriptional regulator  62.57 
 
 		 190 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  61.5 
 
 		 201 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_1006  TetR family transcriptional regulator  61.5 
 
 		 189 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  60.96 
 
 		 201 aa  244  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 201 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  58.15 
 
 		 194 aa  228  5e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  54.82 
 
 		 205 aa  226  2e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  58.38 
 
 		 206 aa  226  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0987  TetR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 195 aa  160  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.995143  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1288  TetR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0315957  hitchhiker  0.00536276 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1236  TetR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 196 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0369519 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 197 aa  107  1e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
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NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 192 aa  106  2e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
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NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 192 aa  105  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
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NC_009675  Anae109_1039  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 190 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007951  Bxe_A4300  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 190 aa  97.8  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011832  Mpal_1456  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 203 aa  94  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_1459  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 187 aa  92.4  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 191 aa  88.2  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  27.16 
 
 		 189 aa  84.7  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_1076  TetR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 196 aa  84.7  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.581791 
 
 
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NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 192 aa  82.8  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
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NC_011080  SNSL254_A0633  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011205  SeD_A0676  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0323458  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B0619  transcriptional regulator, TetR family  36.22 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C0692  TetR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.253039  normal  1 
 
 
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NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 203 aa  81.3  0.000000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010814  Glov_3436  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 194 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.262135  n/a   
 
 
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NC_009483  Gura_3500  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 191 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00541119  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B0243  TetR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 192 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 		 190 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
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NC_011146  Gbem_2371  transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 		 190 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185343  n/a   
 
 
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NC_007948  Bpro_3558  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 190 aa  75.1  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410356 
 
 
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NC_007517  Gmet_0808  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.287096 
 
 
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NC_010552  BamMC406_5292  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.505597 
 
 
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NC_008391  Bamb_4747  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.931681 
 
 
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NC_010515  Bcenmc03_4864  TetR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 192 aa  72  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.935636  normal  1 
 
 
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NC_008061  Bcen_5456  TetR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 192 aa  72  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008543  Bcen2424_5406  TetR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 192 aa  72  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313854  normal  0.0102978 
 
 
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NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
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NC_014151  Cfla_1076  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.66869  normal  1 
 
 
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NC_012880  Dd703_1597  transcriptional regulator, TetR family  33.61 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0577868  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_0077  TetR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 183 aa  65.9  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.234691  normal  1 
 
 
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NC_007498  Pcar_0286  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
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NC_008700  Sama_3267  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
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NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  24.24 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
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NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
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NC_008740  Maqu_1417  TetR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22703  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  23.78 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
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NC_008709  Ping_3474  transcriptional regulator of TetR family protein  31.18 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.486624 
 
 
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NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
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NC_011899  Hore_08440  transcriptional regulator, TetR family  41.82 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  25.53 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
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NC_007519  Dde_1283  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000248972  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1986  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 218 aa  58.2  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0191052  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1601  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 202 aa  58.2  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0179  TetR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0807108  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 212 aa  58.2  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3254  transcriptional regulator, TetR family  23.08 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 219 aa  57  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
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NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_1534  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.114781  normal  0.468022 
 
 
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NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_1657  regulatory protein, TetR  29 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
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NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
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NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  27.7 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
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NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
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NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
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NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  52 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1499  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508077  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
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NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  35.06 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003909  BCE_2991  TetR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 188 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0384605  n/a   
 
 
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NC_005957  BT9727_2692  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 188 aa  57  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0469224  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK2671  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 188 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.083497  n/a   
 
 
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NC_007643  Rru_A2712  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 497 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
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