75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3997 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3997  hypothetical protein  100 
 
 		 250 aa  512  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.435374 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1585  regulatory protein, TetR  43.33 
 
 		 239 aa  49.3  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000139754  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5471  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5433  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.944120000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5489  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.152228  hitchhiker  8.2338e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5463  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000220885  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5518  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.142065  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5138  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3861  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5189  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5024  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5585  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 200 aa  47.4  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5040  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 192 aa  47  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  28.57 
 
 		 190 aa  46.6  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003710  transcriptional regulator  22.6 
 
 		 262 aa  45.4  0.0009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.485423  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0290  TetR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 248 aa  45.4  0.0009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0660721  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 192 aa  45.4  0.0009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6448  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 222 aa  45.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264064  hitchhiker  1.59583e-16 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3340  transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 		 210 aa  45.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3474  transcriptional regulator of TetR family protein  35.29 
 
 		 191 aa  45.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.486624 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 205 aa  44.7  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 307 aa  45.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3449  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 210 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  40.62 
 
 		 224 aa  44.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0700  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 178 aa  44.3  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 202 aa  44.3  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  51.06 
 
 		 263 aa  44.3  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2189  TetR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3866  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.599707  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4154  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 234 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0726195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 234 aa  43.5  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2480  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0883171  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0395  transcriptional regulator  41.27 
 
 		 175 aa  43.9  0.003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0403  transcriptional regulator, TetR family  26.44 
 
 		 213 aa  43.9  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472446  normal  0.522596 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 191 aa  43.9  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3267  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 188 aa  43.5  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0233  hypothetical protein  23.9 
 
 		 246 aa  43.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 214 aa  43.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 193 aa  42.7  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 193 aa  42.7  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 193 aa  42.7  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 193 aa  42.7  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 193 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2554  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 198 aa  43.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394239  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1074  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 184 aa  42.7  0.006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0403  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 204 aa  42.7  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.101074  normal  0.152412 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  27.63 
 
 		 190 aa  42.7  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 266 aa  42.7  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2721  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 193 aa  42.7  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.236108  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0995  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 192 aa  42.7  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 199 aa  42.7  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 205 aa  42.7  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 193 aa  42.7  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0326  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 263 aa  42.4  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 216 aa  42.4  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4758  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 236 aa  42.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 203 aa  42.4  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  36.62 
 
 		 234 aa  42.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1398  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 		 195 aa  42  0.008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3998  hypothetical protein  20.35 
 
 		 252 aa  42.4  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.13761 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2974  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 225 aa  42  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 235 aa  42.4  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  40.82 
 
 		 234 aa  42  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  45.83 
 
 		 235 aa  42  0.009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 200 aa  42  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0440  TetR/AcrR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 203 aa  42  0.009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 208 aa  42  0.009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 239 aa  42  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2179  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 192 aa  42  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 193 aa  42  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4599  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 220 aa  42  0.01  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 196 aa  42  0.01  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 237 aa  42  0.01  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>