More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3270 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3270  response regulator receiver protein  100 
 
 		 544 aa  1119    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  34.09 
 
 		 993 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  25.89 
 
 		 1374 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  23.41 
 
 		 1335 aa  108  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  29.23 
 
 		 663 aa  106  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  27.74 
 
 		 1384 aa  103  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  25 
 
 		 1311 aa  103  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  26.79 
 
 		 1342 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  27.67 
 
 		 1334 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  29.21 
 
 		 1378 aa  101  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  27.52 
 
 		 1396 aa  99.4  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 1341 aa  99.8  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  24.14 
 
 		 1296 aa  96.7  1e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  24.54 
 
 		 1355 aa  95.9  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  25.39 
 
 		 1316 aa  95.1  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  25.19 
 
 		 1298 aa  94.4  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  25.98 
 
 		 1374 aa  94.7  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  31.11 
 
 		 1388 aa  93.2  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  25.19 
 
 		 1343 aa  92.8  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 904 aa  92.8  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  26.56 
 
 		 1347 aa  91.7  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  23.39 
 
 		 1355 aa  90.5  7e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  23.59 
 
 		 934 aa  90.1  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  23.31 
 
 		 1370 aa  88.6  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  22.18 
 
 		 1313 aa  88.2  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  21.83 
 
 		 1349 aa  87.8  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  21.92 
 
 		 1327 aa  87.8  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  24.24 
 
 		 1366 aa  86.7  9e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  23.32 
 
 		 1373 aa  86.7  9e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  21.79 
 
 		 1340 aa  86.7  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  29.73 
 
 		 677 aa  86.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  23.77 
 
 		 1344 aa  84.3  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  24.12 
 
 		 1306 aa  84.3  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1905  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  26.69 
 
 		 668 aa  83.6  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0295515  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  22.83 
 
 		 1404 aa  82.4  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  26.12 
 
 		 1378 aa  82.4  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  25.91 
 
 		 1324 aa  82.8  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4850  two component transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623766 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 940 aa  79.7  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  22.85 
 
 		 1374 aa  79.7  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  26.85 
 
 		 1278 aa  79.3  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  22.61 
 
 		 1344 aa  78.2  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  22.69 
 
 		 1373 aa  78.2  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  22.99 
 
 		 1400 aa  76.3  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  22.52 
 
 		 1366 aa  75.5  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  20.51 
 
 		 1347 aa  76.3  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  23.97 
 
 		 1414 aa  74.7  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  25.76 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  22.87 
 
 		 1397 aa  72.4  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2666  two component transcriptional regulator, AraC family  22.61 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21287  normal  0.224489 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 277 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1947  two component transcriptional regulator, AraC family  23.87 
 
 		 252 aa  70.9  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272912 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 277 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 278 aa  70.9  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 271 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  20.69 
 
 		 1418 aa  69.7  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 277 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7229  two-component response regulator  32.7 
 
 		 229 aa  69.3  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 277 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 271 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 271 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00426  putative two-component system sensor kinase/response regulator fusion protein  20.37 
 
 		 1280 aa  68.2  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1666  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 1121 aa  68.2  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 277 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  20.47 
 
 		 1363 aa  67  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  21.71 
 
 		 961 aa  67  0.0000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004105  signal transduction histidine kinase  27.42 
 
 		 1125 aa  65.9  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.48 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1860  two component LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 235 aa  65.1  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3105  DNA-binding response regulator PhoB  30.67 
 
 		 232 aa  64.7  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2955  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.52 
 
 		 231 aa  64.3  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.800941 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0337  two component transcriptional regulator  28.06 
 
 		 227 aa  64.3  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1154  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 322 aa  63.5  0.000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.569492  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2017  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.406269 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  24.09 
 
 		 269 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  20.31 
 
 		 266 aa  63.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2343  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  63.2  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0544  two component transcriptional regulator  22.92 
 
 		 227 aa  63.2  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1148  two component transcriptional regulator  29.1 
 
 		 243 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000285872  normal  0.61114 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0972  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.94 
 
 		 994 aa  62  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.172335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 252 aa  62.4  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1812  two component transcriptional regulator, LuxR family  22.33 
 
 		 231 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1838  two component transcriptional regulator, LuxR family  22.33 
 
 		 231 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4202  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2108  multisensor signal transduction histidine kinase  27.07 
 
 		 492 aa  61.6  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0404  two component transcriptional regulator  28.06 
 
 		 227 aa  61.2  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00316128 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1058  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 334 aa  61.2  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0130  two component transcriptional regulator  29.79 
 
 		 229 aa  61.6  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.848842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4491  two component LuxR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.697305 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  26.88 
 
 		 457 aa  60.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  28.81 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  37.23 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  31.13 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4373  two component transcriptional regulator  29.1 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0515  two component transcriptional regulator  29.17 
 
 		 244 aa  60.5  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000767404  normal  0.580599 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  27.69 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>