More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0189 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 293 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  59.31 
 
 		 295 aa  345  4e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  59.31 
 
 		 295 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.7 
 
 		 290 aa  156  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.96 
 
 		 275 aa  150  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  33.7 
 
 		 289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.17 
 
 		 289 aa  145  8.000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  33.8 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  32.52 
 
 		 295 aa  138  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.7 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.21 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.94 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.65 
 
 		 282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  33.08 
 
 		 283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  28.9 
 
 		 283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  33.46 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.74 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.51 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.2 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.67 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.37 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.92 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.93 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.44 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  34.85 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.02 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  30.53 
 
 		 270 aa  114  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  30.74 
 
 		 282 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  36.28 
 
 		 268 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  35.11 
 
 		 295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.11 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.24 
 
 		 282 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.48 
 
 		 282 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.8 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.96 
 
 		 279 aa  99.8  5e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.58 
 
 		 264 aa  94  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.21 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31 
 
 		 270 aa  90.9  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  42.34 
 
 		 278 aa  89.7  5e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  29.2 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  30.21 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.14 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.47 
 
 		 274 aa  79  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.14 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  29.93 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  34.22 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.89 
 
 		 286 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  33.75 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  31.45 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  27.35 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  27.35 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  27.35 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  27.35 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  27.35 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  27.35 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  29.94 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  27.35 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  27.78 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  34.87 
 
 		 257 aa  70.5  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  29.81 
 
 		 256 aa  70.1  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.58 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  36.29 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  30.94 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  29.84 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  26.41 
 
 		 262 aa  67  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  26.87 
 
 		 258 aa  67  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  30.34 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  30.34 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.34 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  30.34 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  30.34 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  30.34 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  33.57 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.82 
 
 		 259 aa  65.5  0.0000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  33.04 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  26.43 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  26.43 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  29.05 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.35 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  30.94 
 
 		 260 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  28.87 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  26.22 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  28.87 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  33.47 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  27.11 
 
 		 280 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.8 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  27.6 
 
 		 334 aa  63.9  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  28.12 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  28.35 
 
 		 259 aa  63.9  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  28.12 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  28.23 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  29.29 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  26.67 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  26.67 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  30.98 
 
 		 267 aa  62.8  0.000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  27.13 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  29.66 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  30.08 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  30.28 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  25.99 
 
 		 258 aa  62.4  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>