More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0802 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0802  pseudouridine synthase  100 
 
 		 268 aa  533  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0903267  normal  0.0729553 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02520  pseudouridylate synthase  65.47 
 
 		 286 aa  333  1e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3440  pseudouridine synthase  51.71 
 
 		 268 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3150  pseudouridine synthase  51.71 
 
 		 268 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1982  pseudouridine synthase  52.16 
 
 		 268 aa  237  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0844134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2348  RNA pseudouridine synthase family protein  52.16 
 
 		 264 aa  237  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.042137  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1630  pseudouridine synthase, Rsu  52.12 
 
 		 254 aa  237  2e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.494903  normal  0.993892 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4105  pseudouridine synthase  50.79 
 
 		 260 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5458  pseudouridine synthase  52.97 
 
 		 320 aa  209  4e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  45.65 
 
 		 253 aa  169  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  46.82 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  39.48 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 238 aa  158  1e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.84 
 
 		 489 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  43.84 
 
 		 508 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.1 
 
 		 240 aa  155  5.0000000000000005e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  44 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.75 
 
 		 466 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 258 aa  149  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  41.59 
 
 		 466 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.24 
 
 		 457 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 274 aa  149  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.85 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  34.55 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  36.75 
 
 		 238 aa  146  3e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  40.91 
 
 		 296 aa  145  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  41 
 
 		 422 aa  145  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  41.52 
 
 		 556 aa  145  6e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 243 aa  145  8.000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 271 aa  145  8.000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  38.33 
 
 		 743 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  35.14 
 
 		 387 aa  143  3e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 567 aa  143  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.14 
 
 		 237 aa  142  5e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  37.05 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  37.95 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  38.84 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.91 
 
 		 528 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  41.52 
 
 		 624 aa  139  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  37.19 
 
 		 736 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  36.61 
 
 		 243 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  36.6 
 
 		 680 aa  136  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.98 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  37.9 
 
 		 687 aa  136  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.75 
 
 		 620 aa  135  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  34.47 
 
 		 264 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  38.99 
 
 		 576 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  34.08 
 
 		 472 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  39.46 
 
 		 372 aa  134  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  36.78 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 273 aa  133  3e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  37.25 
 
 		 406 aa  133  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.07 
 
 		 609 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.86 
 
 		 327 aa  132  5e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.47 
 
 		 236 aa  132  5e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.67 
 
 		 704 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 239 aa  132  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  32.92 
 
 		 252 aa  132  6.999999999999999e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1293  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 254 aa  132  7.999999999999999e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.159925  normal  0.17953 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  34.38 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  38.36 
 
 		 795 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  33.9 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  32 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  38.91 
 
 		 676 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.6 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  36.44 
 
 		 680 aa  130  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  32.91 
 
 		 250 aa  130  3e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  38.2 
 
 		 247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  33.05 
 
 		 562 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  37.44 
 
 		 784 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  38.25 
 
 		 306 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  37.45 
 
 		 577 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.05 
 
 		 243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  32.26 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.62 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 555 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.16 
 
 		 576 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  39.27 
 
 		 576 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  35.71 
 
 		 598 aa  127  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  37.67 
 
 		 698 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  33.9 
 
 		 251 aa  127  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 328 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  35.71 
 
 		 598 aa  126  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  39.67 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 403 aa  126  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.32 
 
 		 332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  41.48 
 
 		 251 aa  126  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  32.74 
 
 		 228 aa  125  5e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  38.05 
 
 		 690 aa  125  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>