More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_1630 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008009  Acid345_1630  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 254 aa  508  1e-143  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.494903  normal  0.993892 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0802  pseudouridine synthase  52.12 
 
 		 268 aa  237  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0903267  normal  0.0729553 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02520  pseudouridylate synthase  52.34 
 
 		 286 aa  226  3e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3150  pseudouridine synthase  51.06 
 
 		 268 aa  224  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3440  pseudouridine synthase  50.65 
 
 		 268 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4105  pseudouridine synthase  48.32 
 
 		 260 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5458  pseudouridine synthase  51.29 
 
 		 320 aa  208  8e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2348  RNA pseudouridine synthase family protein  48.31 
 
 		 264 aa  205  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.042137  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1982  pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 268 aa  205  5e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0844134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 238 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.82 
 
 		 271 aa  157  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 251 aa  156  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  41.56 
 
 		 309 aa  155  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  40.68 
 
 		 251 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 274 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.8 
 
 		 237 aa  155  8e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  39.53 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  40.5 
 
 		 553 aa  151  8e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.09 
 
 		 489 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.18 
 
 		 466 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  44.09 
 
 		 508 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  42.86 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  38.68 
 
 		 274 aa  145  5e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.4 
 
 		 236 aa  145  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.69 
 
 		 243 aa  145  6e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.7 
 
 		 247 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.66 
 
 		 258 aa  143  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.08 
 
 		 243 aa  143  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  42.01 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  37.65 
 
 		 680 aa  142  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  41.82 
 
 		 422 aa  143  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  36.8 
 
 		 264 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.82 
 
 		 240 aa  142  4e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 243 aa  142  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  39.73 
 
 		 466 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  42.47 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 253 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  40.79 
 
 		 556 aa  139  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.63 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.82 
 
 		 250 aa  137  2e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  40.79 
 
 		 241 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  35.25 
 
 		 249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.72 
 
 		 457 aa  136  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  36.12 
 
 		 243 aa  135  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  35.6 
 
 		 259 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.62 
 
 		 239 aa  135  6.0000000000000005e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.96 
 
 		 239 aa  135  9e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 624 aa  134  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.76 
 
 		 240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 254 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.44 
 
 		 249 aa  133  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  36.09 
 
 		 318 aa  133  3e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 239 aa  132  5e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  34.36 
 
 		 237 aa  131  9e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.99 
 
 		 601 aa  131  9e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.89 
 
 		 240 aa  130  1.0000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.17 
 
 		 598 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 554 aa  130  2.0000000000000002e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.17 
 
 		 598 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.85 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.47 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  33.62 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  32.47 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.62 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.47 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.47 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.47 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  32.47 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  38.17 
 
 		 250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.9 
 
 		 620 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.94 
 
 		 327 aa  129  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09831  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  36.68 
 
 		 244 aa  129  6e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  35.96 
 
 		 472 aa  129  7.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  37.61 
 
 		 251 aa  128  7.000000000000001e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.27 
 
 		 528 aa  128  8.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  36.53 
 
 		 577 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 242 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  36 
 
 		 255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.03 
 
 		 242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  34.33 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  40.26 
 
 		 567 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  38.67 
 
 		 499 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  37.67 
 
 		 576 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  36.17 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1293  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.37 
 
 		 254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.159925  normal  0.17953 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  36.87 
 
 		 286 aa  126  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.07 
 
 		 255 aa  126  3e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.04 
 
 		 243 aa  127  3e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 254 aa  125  5e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  37.39 
 
 		 690 aa  125  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.85 
 
 		 669 aa  125  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  36 
 
 		 227 aa  125  6e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>