More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4105 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4105  pseudouridine synthase  100 
 
 		 260 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3150  pseudouridine synthase  64.91 
 
 		 268 aa  331  7.000000000000001e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3440  pseudouridine synthase  63.74 
 
 		 268 aa  323  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5458  pseudouridine synthase  56.58 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0802  pseudouridine synthase  53.07 
 
 		 268 aa  214  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0903267  normal  0.0729553 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1630  pseudouridine synthase, Rsu  48.32 
 
 		 254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.494903  normal  0.993892 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02520  pseudouridylate synthase  50.84 
 
 		 286 aa  209  5e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2348  RNA pseudouridine synthase family protein  45.45 
 
 		 264 aa  186  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.042137  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1982  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 268 aa  186  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0844134  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.59 
 
 		 247 aa  176  4e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  41.99 
 
 		 271 aa  169  5e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 553 aa  169  6e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  46.22 
 
 		 251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 258 aa  164  9e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.49 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 237 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 253 aa  158  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.08 
 
 		 528 aa  158  7e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 266 aa  158  7e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 266 aa  158  9e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 238 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  39.33 
 
 		 406 aa  157  2e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 238 aa  156  3e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  42.68 
 
 		 273 aa  155  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  35.88 
 
 		 296 aa  155  8e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  43.75 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  43.85 
 
 		 251 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 274 aa  153  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  40.65 
 
 		 252 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  37.65 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  40.65 
 
 		 252 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  39.48 
 
 		 241 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 243 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  40.51 
 
 		 309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  34.93 
 
 		 472 aa  152  7e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  39.52 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  39.45 
 
 		 680 aa  151  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  40.33 
 
 		 403 aa  150  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  43.46 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 243 aa  150  3e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  40.42 
 
 		 245 aa  149  3e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 230 aa  149  4e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 264 aa  148  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.79 
 
 		 249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 265 aa  147  1.0000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 236 aa  146  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  40.34 
 
 		 676 aa  146  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.92 
 
 		 332 aa  146  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 254 aa  146  4.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  38.62 
 
 		 318 aa  145  5e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  41.98 
 
 		 274 aa  145  6e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.58 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  41.56 
 
 		 247 aa  144  1e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  34.6 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.49 
 
 		 567 aa  143  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 329 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  41.86 
 
 		 577 aa  143  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  35.34 
 
 		 236 aa  143  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 324 aa  142  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.4 
 
 		 601 aa  142  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 556 aa  142  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  43.58 
 
 		 576 aa  142  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.17 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.78 
 
 		 239 aa  142  6e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  38.27 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 249 aa  141  9e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  39.58 
 
 		 263 aa  141  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.22 
 
 		 247 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  41.55 
 
 		 466 aa  140  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 704 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 243 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  40.76 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  35.65 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.6 
 
 		 355 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  38.43 
 
 		 422 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 354 aa  139  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 240 aa  139  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  37.34 
 
 		 301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  34.58 
 
 		 256 aa  139  4.999999999999999e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.25 
 
 		 620 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  37.83 
 
 		 282 aa  139  6e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  37.39 
 
 		 251 aa  139  6e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  34.21 
 
 		 227 aa  139  6e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 576 aa  138  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.63 
 
 		 325 aa  138  7.999999999999999e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  39.92 
 
 		 690 aa  138  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  36.48 
 
 		 245 aa  138  8.999999999999999e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.68 
 
 		 354 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.51 
 
 		 489 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.68 
 
 		 355 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.68 
 
 		 355 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.27 
 
 		 405 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  42.24 
 
 		 254 aa  137  1e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 290 aa  137  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  39.92 
 
 		 386 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 		 609 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>