More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2348 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_2348  RNA pseudouridine synthase family protein  100 
 
 		 264 aa  528  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.042137  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1982  pseudouridine synthase  99.62 
 
 		 268 aa  526  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0844134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0802  pseudouridine synthase  53.91 
 
 		 268 aa  237  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0903267  normal  0.0729553 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02520  pseudouridylate synthase  52.48 
 
 		 286 aa  211  7e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3440  pseudouridine synthase  48.61 
 
 		 268 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1630  pseudouridine synthase, Rsu  48.31 
 
 		 254 aa  205  5e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.494903  normal  0.993892 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3150  pseudouridine synthase  47.81 
 
 		 268 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4105  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 260 aa  186  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5458  pseudouridine synthase  45.35 
 
 		 320 aa  178  7e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 251 aa  151  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.61 
 
 		 258 aa  142  5e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  38.94 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 253 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.61 
 
 		 247 aa  137  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.87 
 
 		 240 aa  138  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  34.48 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  38.25 
 
 		 273 aa  135  5e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 243 aa  135  5e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 236 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.04 
 
 		 250 aa  133  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2751  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.83 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  35.48 
 
 		 318 aa  132  3.9999999999999996e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  38.53 
 
 		 556 aa  132  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.67 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.79 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.26 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  37.16 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  36.19 
 
 		 743 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  37.82 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.71 
 
 		 325 aa  130  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  37.65 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  37.07 
 
 		 403 aa  129  6e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  36.73 
 
 		 238 aa  129  6e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.76 
 
 		 344 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.06 
 
 		 268 aa  129  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  39.45 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 259 aa  128  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  39.63 
 
 		 294 aa  128  9.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  36.64 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  39.63 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  35.06 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  36.96 
 
 		 406 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  34.02 
 
 		 252 aa  126  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  36 
 
 		 280 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  38.99 
 
 		 795 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1357  pseudouridine synthase  37.04 
 
 		 369 aa  125  5e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  38.79 
 
 		 247 aa  125  5e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  32.2 
 
 		 240 aa  125  7e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.89 
 
 		 249 aa  125  7e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  38.99 
 
 		 736 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.37 
 
 		 344 aa  125  8.000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40 
 
 		 318 aa  125  8.000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  38.5 
 
 		 233 aa  125  9e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  39.01 
 
 		 249 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  33.06 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.74 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  34.58 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  39.32 
 
 		 690 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  35.25 
 
 		 379 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.86 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  29.69 
 
 		 244 aa  124  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  38.75 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  38.75 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.75 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.91 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.75 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.91 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.75 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.75 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.91 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  38.75 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.75 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  38.53 
 
 		 624 aa  123  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.91 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.91 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.28 
 
 		 251 aa  123  4e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.06 
 
 		 238 aa  122  5e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.75 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  34.73 
 
 		 247 aa  122  5e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  39.91 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  34.63 
 
 		 266 aa  122  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.64 
 
 		 269 aa  122  6e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 243 aa  122  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.03 
 
 		 242 aa  122  8e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30 
 
 		 236 aa  122  8e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  36.75 
 
 		 553 aa  122  8e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.03 
 
 		 242 aa  121  9e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.03 
 
 		 242 aa  121  9e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  31.03 
 
 		 242 aa  121  9e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.81 
 
 		 489 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  31.03 
 
 		 242 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  31.03 
 
 		 242 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.45 
 
 		 620 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.03 
 
 		 242 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>