More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_02520 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_02520  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 286 aa  571  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0802  pseudouridine synthase  70.16 
 
 		 268 aa  335  5e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0903267  normal  0.0729553 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3440  pseudouridine synthase  47.81 
 
 		 268 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1630  pseudouridine synthase, Rsu  52.34 
 
 		 254 aa  226  3e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.494903  normal  0.993892 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3150  pseudouridine synthase  48.01 
 
 		 268 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1982  pseudouridine synthase  52.24 
 
 		 268 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0844134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2348  RNA pseudouridine synthase family protein  52.24 
 
 		 264 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.042137  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5458  pseudouridine synthase  52.55 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4105  pseudouridine synthase  50.41 
 
 		 260 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.84 
 
 		 247 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  40.71 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.42 
 
 		 274 aa  150  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 253 aa  149  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 271 aa  149  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 239 aa  149  7e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.24 
 
 		 243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.75 
 
 		 237 aa  146  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.75 
 
 		 489 aa  146  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 508 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  38.24 
 
 		 743 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.59 
 
 		 240 aa  142  4e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  38.91 
 
 		 422 aa  142  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  37.85 
 
 		 266 aa  142  8e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  36.9 
 
 		 680 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.75 
 
 		 466 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  37.6 
 
 		 736 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  40.65 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  37.85 
 
 		 266 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  39.27 
 
 		 556 aa  140  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.02 
 
 		 620 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 238 aa  139  6e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  38.94 
 
 		 466 aa  138  7.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 238 aa  137  3.0000000000000003e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.12 
 
 		 528 aa  136  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  34.6 
 
 		 235 aa  136  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  33.05 
 
 		 387 aa  136  5e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.86 
 
 		 576 aa  135  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  39.27 
 
 		 624 aa  134  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  36.97 
 
 		 576 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.54 
 
 		 609 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  36.55 
 
 		 687 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  41.46 
 
 		 567 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 230 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  34.25 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  40.17 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  35.22 
 
 		 598 aa  132  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 286 aa  132  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  34.03 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  37.39 
 
 		 795 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  35.04 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  35.22 
 
 		 598 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  35.12 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  35.48 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  34.51 
 
 		 554 aa  130  3e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  34.85 
 
 		 680 aa  130  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  36.51 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.9 
 
 		 457 aa  129  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  36.68 
 
 		 372 aa  129  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.54 
 
 		 601 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  37.77 
 
 		 690 aa  128  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  36.25 
 
 		 577 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  36.97 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.67 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  36.97 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 243 aa  127  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  37.82 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  36.47 
 
 		 273 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  36.4 
 
 		 406 aa  126  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 250 aa  125  7e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 233 aa  125  8.000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  36.05 
 
 		 784 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 274 aa  124  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 255 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  37.1 
 
 		 576 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.24 
 
 		 328 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.73 
 
 		 247 aa  123  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.09 
 
 		 206 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  35.83 
 
 		 674 aa  123  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  33.76 
 
 		 241 aa  123  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 499 aa  123  4e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  32.48 
 
 		 555 aa  123  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.83 
 
 		 669 aa  123  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.65 
 
 		 238 aa  122  5e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  33.62 
 
 		 472 aa  122  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  34.6 
 
 		 239 aa  122  5e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 236 aa  122  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  33.2 
 
 		 251 aa  122  6e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 252 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 252 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  30.43 
 
 		 562 aa  122  8e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  32.94 
 
 		 279 aa  122  9e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  36.55 
 
 		 247 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.25 
 
 		 239 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>