More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3440 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3440  pseudouridine synthase  100 
 
 		 268 aa  540  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3150  pseudouridine synthase  92.91 
 
 		 268 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4105  pseudouridine synthase  63.74 
 
 		 260 aa  323  1e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5458  pseudouridine synthase  54.98 
 
 		 320 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0802  pseudouridine synthase  52.44 
 
 		 268 aa  238  5e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0903267  normal  0.0729553 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02520  pseudouridylate synthase  47.45 
 
 		 286 aa  227  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1630  pseudouridine synthase, Rsu  50.65 
 
 		 254 aa  222  4.9999999999999996e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.494903  normal  0.993892 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2348  RNA pseudouridine synthase family protein  48.61 
 
 		 264 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.042137  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1982  pseudouridine synthase  48.61 
 
 		 268 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0844134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 309 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  45.38 
 
 		 251 aa  171  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  41.56 
 
 		 286 aa  167  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.56 
 
 		 247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  43.1 
 
 		 238 aa  161  9e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 271 aa  160  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 273 aa  159  6e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  38.02 
 
 		 406 aa  156  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 274 aa  155  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 266 aa  155  9e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.63 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  37.36 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 322 aa  154  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.45 
 
 		 528 aa  153  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  41.08 
 
 		 567 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 403 aa  153  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  38.32 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  42.04 
 
 		 251 aa  152  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 253 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  37.19 
 
 		 553 aa  150  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 238 aa  149  5e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  39.61 
 
 		 263 aa  148  8e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 265 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  35.2 
 
 		 387 aa  147  2.0000000000000003e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  35.86 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.29 
 
 		 238 aa  147  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  35.74 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 241 aa  147  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  38.4 
 
 		 318 aa  146  3e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 243 aa  146  4.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  38.13 
 
 		 680 aa  145  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.06 
 
 		 247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  39.91 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 240 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 426 aa  143  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  38.78 
 
 		 259 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  40.18 
 
 		 676 aa  143  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  40 
 
 		 466 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 556 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 240 aa  143  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  37.34 
 
 		 375 aa  142  5e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 704 aa  142  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 243 aa  142  6e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.44 
 
 		 598 aa  142  7e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 243 aa  142  8e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  34.06 
 
 		 472 aa  142  8e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  34.63 
 
 		 562 aa  141  9e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  37.85 
 
 		 306 aa  141  9e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.63 
 
 		 236 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.04 
 
 		 239 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 247 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 329 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  38.27 
 
 		 422 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  35.96 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 324 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.07 
 
 		 327 aa  140  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 250 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.44 
 
 		 598 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  35.19 
 
 		 242 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  34.6 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  34.76 
 
 		 242 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.8 
 
 		 252 aa  139  4.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  34.47 
 
 		 243 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.19 
 
 		 245 aa  138  7e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.19 
 
 		 245 aa  138  7e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  34.76 
 
 		 242 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  34.76 
 
 		 242 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  34.76 
 
 		 242 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  34.76 
 
 		 242 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  36.84 
 
 		 289 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  36.33 
 
 		 279 aa  138  8.999999999999999e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  35.19 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  32.81 
 
 		 252 aa  137  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  36.32 
 
 		 285 aa  137  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.73 
 
 		 269 aa  138  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  38.57 
 
 		 499 aa  138  1e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  34.76 
 
 		 242 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0600  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.2 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.168278  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  34.76 
 
 		 242 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  37.39 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  38.02 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  41.88 
 
 		 624 aa  136  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>