More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1245 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00488  AcrB/AcrD/AcrF family protein  38.95 
 
 		 1048 aa  726    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3279  AcrB/AcrD/AcrF family protein  91.52 
 
 		 1026 aa  1867    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3113  acriflavin resistance protein  76.57 
 
 		 1030 aa  1549    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1569  acriflavin resistance protein  77.59 
 
 		 1026 aa  1547    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3132  acriflavin resistance protein  88.65 
 
 		 1022 aa  1798    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4735  acriflavin resistance protein  39.33 
 
 		 1029 aa  783    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.130909  normal  0.265642 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2636  acriflavin resistance protein  84.8 
 
 		 1025 aa  1726    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.545015  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2974  acriflavin resistance protein  88.06 
 
 		 1022 aa  1790    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.128373  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1311  acriflavin resistance protein  41.04 
 
 		 1039 aa  766    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.203129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1389  acriflavin resistance protein  88.65 
 
 		 1022 aa  1801    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1277  acriflavin resistance protein  78.59 
 
 		 1023 aa  1620    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00411319  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1594  acriflavin resistance protein  36.97 
 
 		 1037 aa  686    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1245  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1026 aa  2063    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1315  acriflavin resistance protein  98.83 
 
 		 1026 aa  2043    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0188093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1147  acriflavin resistance protein  78.95 
 
 		 1021 aa  1652    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1311  acriflavin resistance protein  72.35 
 
 		 1023 aa  1513    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1065  acriflavin resistance protein  39.4 
 
 		 1049 aa  725    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.494981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2343  acriflavin resistance protein  74.75 
 
 		 1022 aa  1481    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.763441 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2988  acriflavin resistance protein  88.55 
 
 		 1022 aa  1799    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1295  acriflavin resistance protein  98.34 
 
 		 1026 aa  2030    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1324  acriflavin resistance protein  74.93 
 
 		 1038 aa  1504    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.778616  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0250  efflux transporter  41.67 
 
 		 830 aa  617  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3312  acriflavin resistance protein  30.67 
 
 		 1008 aa  435  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2427  acriflavin resistance protein  29.65 
 
 		 1019 aa  421  1e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179675 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000226  transporter AcrB/D/F family  28.08 
 
 		 1019 aa  378  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.486029  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2563  AcrB/AcrD/AcrF family protein  28.38 
 
 		 1019 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05963  hypothetical protein  28.17 
 
 		 1019 aa  375  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4206  acriflavin resistance protein  28.82 
 
 		 1021 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.355818 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1517  acriflavin resistance protein  28.59 
 
 		 1021 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.850738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1925  acriflavin resistance protein  27.51 
 
 		 1020 aa  366  1e-99  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.553474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3981  acriflavin resistance protein  26.56 
 
 		 1014 aa  365  2e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4101  acriflavin resistance protein  28.1 
 
 		 1021 aa  365  3e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.585633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0675  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  28.24 
 
 		 1028 aa  364  4e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1535  acriflavin resistance protein  28.31 
 
 		 1030 aa  364  6e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.455491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1123  acriflavin resistance protein  28.82 
 
 		 1021 aa  362  1e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1082  acriflavin resistance protein  27.21 
 
 		 1044 aa  363  1e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2558  acriflavin resistance protein  26.24 
 
 		 1035 aa  363  1e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0417174  normal  0.272072 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2235  acriflavin resistance protein  27.53 
 
 		 1022 aa  361  3e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3849  acriflavin resistance protein  28.32 
 
 		 1009 aa  361  3e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.771942 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2179  acriflavin resistance protein  27.91 
 
 		 1051 aa  359  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381595  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2294  acriflavin resistance protein  28.78 
 
 		 1012 aa  358  2.9999999999999997e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3931  acriflavin resistance protein  27.2 
 
 		 1026 aa  357  5e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415531  normal  0.145125 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1463  RND efflux transporter  27.57 
 
 		 1025 aa  355  4e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0745  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.2 
 
 		 1027 aa  353  8.999999999999999e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4221  acriflavin resistance protein  26.98 
 
 		 1046 aa  353  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592622  normal  0.234166 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1357  acriflavin resistance protein  25.73 
 
 		 1046 aa  351  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16820  putative efflux transmembrane protein  28.03 
 
 		 1025 aa  351  4e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0670  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  26.98 
 
 		 1010 aa  350  8e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3213  putative efflux protein  27.95 
 
 		 1027 aa  348  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3001  cation-multidrug efflux pump  29.04 
 
 		 1025 aa  349  2e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1266  acriflavin resistance protein  26.78 
 
 		 1040 aa  348  3e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1509  acriflavin resistance protein  27.46 
 
 		 1023 aa  348  3e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.83923  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4073  acriflavin resistance protein  26.78 
 
 		 1046 aa  348  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1556  acriflavin resistance protein  27.24 
 
 		 1056 aa  348  4e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5275  acriflavin resistance protein  25.87 
 
 		 1054 aa  347  5e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0105172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1942  acriflavin resistance protein  26.26 
 
 		 1036 aa  347  7e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0187  acriflavin resistance protein  27.8 
 
 		 1027 aa  346  1e-93  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4376  acriflavin resistance protein  26.87 
 
 		 1041 aa  346  1e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.980623  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1080  acriflavin resistance protein  27.86 
 
 		 1022 aa  345  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2777  acriflavin resistance protein  28.15 
 
 		 1014 aa  346  2e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.229132 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3538  acriflavin resistance protein  26.18 
 
 		 1057 aa  344  4e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2531  transmembrane drug efflux protein  25.93 
 
 		 1022 aa  344  5e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.231236  normal  0.199392 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2827  acriflavin resistance protein  27.12 
 
 		 1053 aa  343  7e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0321922 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1519  acriflavin resistance protein  26.95 
 
 		 1050 aa  342  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.352898  normal  0.340247 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5036  acriflavin resistance protein  26.21 
 
 		 1048 aa  341  4e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.809284 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3350  acriflavin resistance protein  27.51 
 
 		 1024 aa  341  5e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.497047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1355  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  27.52 
 
 		 1016 aa  341  5e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000701931  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1373  acriflavin resistance protein  26.5 
 
 		 1036 aa  340  7e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167404  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2116  acriflavin resistance protein  26.89 
 
 		 1035 aa  340  7e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0119534 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6339  acriflavin resistance protein  26.1 
 
 		 1049 aa  340  8e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.45388  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1862  acriflavin resistance protein  26.89 
 
 		 1035 aa  340  8e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635777 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1740  acriflavin resistance protein  26.1 
 
 		 1049 aa  340  8e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0112228  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02530  acriflavin resistance protein ei VT8  27.35 
 
 		 1015 aa  340  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.461741  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2796  acriflavin resistance protein  28.3 
 
 		 1059 aa  339  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.963935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1661  acriflavin resistance protein  26.21 
 
 		 1047 aa  339  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302634  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3572  acriflavin resistance protein  28.53 
 
 		 1027 aa  338  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.17403  normal  0.560484 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1753  acriflavin resistance protein  26.1 
 
 		 1048 aa  338  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1661  acriflavin resistance protein  26.21 
 
 		 1047 aa  337  5e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.349766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2509  acriflavin resistance protein  26.02 
 
 		 1051 aa  336  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0731  acriflavin resistance protein  28.43 
 
 		 1013 aa  337  1e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.693134 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2293  acriflavin resistance protein  26.19 
 
 		 1042 aa  335  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2568  acriflavin resistance protein  27.59 
 
 		 1020 aa  335  2e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.456395  normal  0.0553814 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000655  transporter AcrB/D/F family  26.76 
 
 		 1020 aa  335  3e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.955615  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1118  hypothetical protein  27.19 
 
 		 1009 aa  335  3e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3402  acriflavin resistance protein  28.16 
 
 		 1029 aa  334  4e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.33342  hitchhiker  0.00241288 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4901  acriflavin resistance protein  25.74 
 
 		 1045 aa  334  5e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.626163  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2869  acriflavin resistance protein  26.72 
 
 		 1024 aa  334  6e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00922852  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0914  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  26.39 
 
 		 1024 aa  333  7.000000000000001e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2215  RND efflux transporter  25.76 
 
 		 1046 aa  333  9e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.12162  normal  0.156003 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0550  acriflavin resistance protein  28.16 
 
 		 1029 aa  333  1e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0857  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  26.39 
 
 		 1024 aa  332  2e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.634925  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3505  acriflavin resistance protein  26.15 
 
 		 1029 aa  332  3e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.348993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1967  RND family multidrug efflux protein  25.66 
 
 		 1045 aa  332  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585173  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3409  acriflavin resistance protein  26.5 
 
 		 1018 aa  331  4e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.532755 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3222  acriflavin resistance protein  27.32 
 
 		 1020 aa  330  8e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3460  acriflavin resistance protein  26.05 
 
 		 1073 aa  330  1.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1262  acriflavin resistance protein  27.43 
 
 		 1017 aa  328  4.0000000000000003e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0594234  normal  0.65985 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2039  acriflavin resistance protein  26.31 
 
 		 1018 aa  328  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0940765 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1716  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  26.46 
 
 		 1014 aa  328  5e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.415389  normal  0.0804917 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8532  acriflavin resistance protein  27.21 
 
 		 1036 aa  327  6e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>