More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1357 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0289  acriflavin resistance protein  43.17 
 
 
1021 aa  818    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.461457 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1517  acriflavin resistance protein  49.16 
 
 
1021 aa  958    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.850738  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3302  RND efflux transporter  47.77 
 
 
1030 aa  936    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.186074  normal  0.0366541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5173  acriflavin resistance protein  43.56 
 
 
1017 aa  821    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.181965  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2959  acriflavin resistance protein  45.65 
 
 
1071 aa  887    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00263635 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3465  RND family efflux transporter MFP subunit  41.52 
 
 
1017 aa  771    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0968249  normal  0.0910855 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2815  AcrB/AcrD/AcrF family protein  48.52 
 
 
1017 aa  902    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0518432  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1654  transmembrane drug efflux protein  47.7 
 
 
1039 aa  951    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.556775 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3205  transmembrane drug efflux protein  48.4 
 
 
1040 aa  979    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.228213  normal  0.0965469 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2827  acriflavin resistance protein  64.26 
 
 
1053 aa  1286    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0321922 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1519  acriflavin resistance protein  47.68 
 
 
1050 aa  915    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.352898  normal  0.340247 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0427  acriflavin resistance protein  44.47 
 
 
1012 aa  875    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.161139  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0914  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  41.92 
 
 
1024 aa  819    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1453  acriflavin resistance protein  40.66 
 
 
1031 aa  800    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1425  RND family mulitdrug efflux protein  42.69 
 
 
1110 aa  809    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.400859 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0820  AcrB/AcrD/AcrF family protein  48.17 
 
 
1036 aa  966    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3302  AcrB/AcrD/AcrF family protein  41.38 
 
 
1011 aa  764    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5191  AcrB/AcrD/AcrF family protein  43.44 
 
 
1033 aa  839    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0953  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.11 
 
 
1056 aa  870    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0346  acriflavin resistance protein  43.34 
 
 
1033 aa  836    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463881  normal  0.463226 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2194  acriflavin resistance protein  47.19 
 
 
1039 aa  936    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.18457  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3132  acriflavin resistance protein  41.04 
 
 
1012 aa  774    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5080  acriflavin resistance protein  43.86 
 
 
1017 aa  826    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.373906 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3761  acriflavin resistance protein  48.22 
 
 
1047 aa  942    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.29513 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1373  acriflavin resistance protein  46.77 
 
 
1036 aa  936    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167404  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5639  acriflavin resistance protein  46.93 
 
 
1047 aa  924    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2531  transmembrane drug efflux protein  46.69 
 
 
1022 aa  896    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.231236  normal  0.199392 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2561  acriflavin resistance protein  47.33 
 
 
1038 aa  921    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.224795  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2296  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.21 
 
 
1056 aa  874    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0232  acriflavin resistance protein  43.76 
 
 
1017 aa  813    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1080  acriflavin resistance protein  48.18 
 
 
1022 aa  927    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2485  acriflavin resistance protein  48.63 
 
 
1029 aa  947    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175334  normal  0.956638 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2546  acriflavin resistance protein  46.16 
 
 
1047 aa  907    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226103 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5036  acriflavin resistance protein  47.08 
 
 
1048 aa  910    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.809284 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1207  acriflavin resistance protein  46.64 
 
 
1049 aa  900    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.372484 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2163  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.21 
 
 
1056 aa  874    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1290  putative transmembrane drug efflux protein  48.2 
 
 
1041 aa  932    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0890171 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5275  acriflavin resistance protein  46.17 
 
 
1054 aa  885    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0105172  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1101  acriflavin resistance protein  44.92 
 
 
1044 aa  860    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.312042 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1703  acriflavin resistance protein  46.94 
 
 
1021 aa  888    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.31475  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1463  RND efflux transporter  48.78 
 
 
1025 aa  963    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2288  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.01 
 
 
1057 aa  880    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.651759  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4928  acriflavin resistance protein  43.93 
 
 
1019 aa  860    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2294  acriflavin resistance protein  36.61 
 
 
1012 aa  653    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3409  acriflavin resistance protein  43.39 
 
 
1018 aa  837    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.532755 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4221  acriflavin resistance protein  81.64 
 
 
1046 aa  1751    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592622  normal  0.234166 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6293  acriflavin resistance protein  47.37 
 
 
1045 aa  966    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258063  hitchhiker  0.00869954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0236  RND efflux transporter  44.75 
 
 
1015 aa  846    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1552  acriflavin resistance protein  46.65 
 
 
1060 aa  899    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1357  acriflavin resistance protein  100 
 
 
1046 aa  2105    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776005  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2796  acriflavin resistance protein  63.47 
 
 
1059 aa  1285    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.963935  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2533  acriflavin resistance protein  47.89 
 
 
1067 aa  906    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2028  acriflavin resistance protein  44.82 
 
 
1089 aa  881    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.393599  normal  0.145854 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3446  acriflavin resistance protein  48.76 
 
 
1024 aa  946    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.469211  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1967  RND family multidrug efflux protein  47.76 
 
 
1045 aa  912    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585173  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3798  acriflavin resistance protein  49.56 
 
 
1035 aa  983    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0941  cation efflux system protein  47.49 
 
 
1020 aa  965    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1661  acriflavin resistance protein  46.4 
 
 
1047 aa  898    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.349766  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1556  acriflavin resistance protein  64.9 
 
 
1056 aa  1329    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2039  acriflavin resistance protein  43.29 
 
 
1018 aa  844    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0940765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4073  acriflavin resistance protein  81.74 
 
 
1046 aa  1750    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1082  acriflavin resistance protein  80.52 
 
 
1044 aa  1711    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1942  acriflavin resistance protein  47.44 
 
 
1036 aa  945    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427834  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5106  acriflavin resistance protein  47.89 
 
 
1049 aa  938    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1299  acriflavin resistance protein  47.8 
 
 
1046 aa  969    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.639369  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6339  acriflavin resistance protein  46.69 
 
 
1049 aa  898    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.45388  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0828  acriflavin resistance protein  43.41 
 
 
1031 aa  830    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6138  acriflavin resistance protein  47.9 
 
 
1046 aa  968    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.617624 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3350  acriflavin resistance protein  48.98 
 
 
1024 aa  957    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.497047  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4206  acriflavin resistance protein  49.16 
 
 
1021 aa  955    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.355818 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0590  acriflavin resistance protein  45.25 
 
 
1011 aa  878    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2104  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.21 
 
 
1056 aa  874    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.110742  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1874  acriflavin resistance protein  46.33 
 
 
1029 aa  956    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.722647  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0857  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  42.02 
 
 
1024 aa  818    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.634925  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2039  RND family mulitdrug efflux protein  44.08 
 
 
1025 aa  852    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4339  acriflavin resistance protein  45.46 
 
 
1020 aa  865    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207307  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2780  acriflavin resistance protein  45.29 
 
 
1021 aa  865    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.51782 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2575  acriflavin resistance protein  45.32 
 
 
1071 aa  863    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00474899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2215  RND efflux transporter  78.87 
 
 
1046 aa  1691    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.12162  normal  0.156003 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6001  acriflavin resistance protein  50.39 
 
 
1037 aa  986    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233388  normal  0.207677 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1753  acriflavin resistance protein  46.79 
 
 
1048 aa  901    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2423  acriflavin resistance protein  48.07 
 
 
1030 aa  941    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5653  acriflavin resistance protein  47.1 
 
 
1022 aa  927    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235963  hitchhiker  0.00278387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5233  acriflavin resistance protein  43.47 
 
 
1020 aa  824    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3774  acriflavin resistance protein  45.45 
 
 
1050 aa  925    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.693497  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1123  acriflavin resistance protein  49.66 
 
 
1021 aa  949    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4101  acriflavin resistance protein  50 
 
 
1021 aa  964    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.585633  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1661  acriflavin resistance protein  46.4 
 
 
1047 aa  899    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302634  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6579  acriflavin resistance protein  47.98 
 
 
1045 aa  966    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521516  normal  0.41723 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01970  putative RND efflux transporter  44.75 
 
 
1015 aa  845    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.335832 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16820  putative efflux transmembrane protein  48.68 
 
 
1025 aa  963    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522228  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46590  putative AcrB/AcrD/AcrF family protein  48.27 
 
 
1029 aa  961    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000144683  hitchhiker  0.00000801184 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1740  acriflavin resistance protein  46.69 
 
 
1049 aa  898    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0112228  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6531  acriflavin resistance protein  47.8 
 
 
1046 aa  969    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.548117  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1461  acriflavin resistance protein  46.02 
 
 
1067 aa  896    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.680288  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0808  RND family mulitdrug efflux protein  45.39 
 
 
1037 aa  826    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.485603  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3139  acriflavin resistance protein  47.77 
 
 
1029 aa  966    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.856751  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1393  acriflavin resistance protein  45.21 
 
 
1014 aa  865    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2751  acriflavin resistance protein  72.19 
 
 
1041 aa  1532    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212655  normal  0.287815 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2655  acriflavin resistance protein  40.1 
 
 
1031 aa  743    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.29011 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>