More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1556 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2215  RND efflux transporter  65.88 
 
 		 1046 aa  1383    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.12162  normal  0.156003 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2163  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.1 
 
 		 1056 aa  868    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1517  acriflavin resistance protein  48.87 
 
 		 1021 aa  943    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.850738  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3302  RND efflux transporter  46.98 
 
 		 1030 aa  899    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.186074  normal  0.0366541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5173  acriflavin resistance protein  42.63 
 
 		 1017 aa  793    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.181965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1290  putative transmembrane drug efflux protein  44.74 
 
 		 1041 aa  853    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0890171 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0427  acriflavin resistance protein  43.56 
 
 		 1012 aa  837    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.161139  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2815  AcrB/AcrD/AcrF family protein  48.57 
 
 		 1017 aa  892    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0518432  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1266  acriflavin resistance protein  46.76 
 
 		 1040 aa  874    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1654  transmembrane drug efflux protein  48.39 
 
 		 1039 aa  926    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.556775 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3205  transmembrane drug efflux protein  47.87 
 
 		 1040 aa  951    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.228213  normal  0.0965469 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1453  acriflavin resistance protein  41.7 
 
 		 1031 aa  776    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1661  acriflavin resistance protein  46.67 
 
 		 1047 aa  871    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.349766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2104  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.1 
 
 		 1056 aa  869    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.110742  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0914  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  42.59 
 
 		 1024 aa  786    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1461  acriflavin resistance protein  44.58 
 
 		 1067 aa  853    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.680288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6138  acriflavin resistance protein  47.63 
 
 		 1046 aa  941    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.617624 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0820  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.67 
 
 		 1036 aa  941    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3302  AcrB/AcrD/AcrF family protein  40.95 
 
 		 1011 aa  722    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5191  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.33 
 
 		 1033 aa  782    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0953  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.1 
 
 		 1056 aa  867    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0346  acriflavin resistance protein  42.24 
 
 		 1033 aa  781    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463881  normal  0.463226 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2194  acriflavin resistance protein  47.87 
 
 		 1039 aa  910    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.18457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3132  acriflavin resistance protein  40.91 
 
 		 1012 aa  744    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3761  acriflavin resistance protein  47.61 
 
 		 1047 aa  896    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.29513 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1373  acriflavin resistance protein  47.16 
 
 		 1036 aa  911    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167404  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5639  acriflavin resistance protein  47.48 
 
 		 1047 aa  903    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2531  transmembrane drug efflux protein  46.58 
 
 		 1022 aa  863    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.231236  normal  0.199392 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0236  RND efflux transporter  42.93 
 
 		 1015 aa  799    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2296  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.1 
 
 		 1056 aa  868    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0232  acriflavin resistance protein  43.18 
 
 		 1017 aa  784    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1080  acriflavin resistance protein  48.92 
 
 		 1022 aa  921    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2485  acriflavin resistance protein  47.28 
 
 		 1029 aa  899    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175334  normal  0.956638 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6293  acriflavin resistance protein  47.04 
 
 		 1045 aa  931    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258063  hitchhiker  0.00869954 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5036  acriflavin resistance protein  46.77 
 
 		 1048 aa  877    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.809284 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3465  RND family efflux transporter MFP subunit  42.4 
 
 		 1017 aa  731    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0968249  normal  0.0910855 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2561  acriflavin resistance protein  48.61 
 
 		 1038 aa  896    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.224795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2959  acriflavin resistance protein  44.43 
 
 		 1071 aa  851    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00263635 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5275  acriflavin resistance protein  45.2 
 
 		 1054 aa  851    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0105172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1703  acriflavin resistance protein  46.55 
 
 		 1021 aa  855    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.31475  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1123  acriflavin resistance protein  49.26 
 
 		 1021 aa  937    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2288  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.06 
 
 		 1057 aa  872    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.651759  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1207  acriflavin resistance protein  45.57 
 
 		 1049 aa  858    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.372484 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3409  acriflavin resistance protein  44.28 
 
 		 1018 aa  822    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.532755 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4221  acriflavin resistance protein  65.29 
 
 		 1046 aa  1370    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592622  normal  0.234166 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3350  acriflavin resistance protein  48.92 
 
 		 1024 aa  930    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.497047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3798  acriflavin resistance protein  49.36 
 
 		 1035 aa  952    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1552  acriflavin resistance protein  44.75 
 
 		 1060 aa  846    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1357  acriflavin resistance protein  64.9 
 
 		 1046 aa  1361    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2796  acriflavin resistance protein  79.27 
 
 		 1059 aa  1574    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.963935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2533  acriflavin resistance protein  47.16 
 
 		 1067 aa  891    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2028  acriflavin resistance protein  44.1 
 
 		 1089 aa  845    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.393599  normal  0.145854 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3446  acriflavin resistance protein  47.28 
 
 		 1024 aa  907    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.469211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1967  RND family multidrug efflux protein  46.83 
 
 		 1045 aa  877    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585173  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2039  RND family mulitdrug efflux protein  43.2 
 
 		 1025 aa  805    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1393  acriflavin resistance protein  43.24 
 
 		 1014 aa  797    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1556  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1056 aa  2111    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2039  acriflavin resistance protein  43.39 
 
 		 1018 aa  811    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0940765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4073  acriflavin resistance protein  64.9 
 
 		 1046 aa  1360    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0289  acriflavin resistance protein  42.63 
 
 		 1021 aa  797    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.461457 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1082  acriflavin resistance protein  67.35 
 
 		 1044 aa  1402    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1942  acriflavin resistance protein  47.09 
 
 		 1036 aa  897    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1519  acriflavin resistance protein  46.62 
 
 		 1050 aa  881    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.352898  normal  0.340247 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1299  acriflavin resistance protein  47.63 
 
 		 1046 aa  945    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.639369  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6339  acriflavin resistance protein  46.45 
 
 		 1049 aa  874    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.45388  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1463  RND efflux transporter  48.28 
 
 		 1025 aa  927    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4339  acriflavin resistance protein  43.98 
 
 		 1020 aa  811    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2751  acriflavin resistance protein  66.6 
 
 		 1041 aa  1327    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212655  normal  0.287815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2575  acriflavin resistance protein  43.3 
 
 		 1071 aa  817    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474899 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0941  cation efflux system protein  46.69 
 
 		 1020 aa  929    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0808  RND family mulitdrug efflux protein  44 
 
 		 1037 aa  754    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.485603  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0828  acriflavin resistance protein  43.9 
 
 		 1031 aa  814    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2546  acriflavin resistance protein  44.59 
 
 		 1047 aa  850    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226103 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2780  acriflavin resistance protein  44.48 
 
 		 1021 aa  793    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.51782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1425  RND family mulitdrug efflux protein  42.27 
 
 		 1110 aa  756    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.400859 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2827  acriflavin resistance protein  60.57 
 
 		 1053 aa  1182    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0321922 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4101  acriflavin resistance protein  49.36 
 
 		 1021 aa  947    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.585633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3774  acriflavin resistance protein  46.23 
 
 		 1050 aa  889    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.693497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2423  acriflavin resistance protein  47.28 
 
 		 1030 aa  902    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5653  acriflavin resistance protein  47.08 
 
 		 1022 aa  899    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235963  hitchhiker  0.00278387 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4928  acriflavin resistance protein  43.01 
 
 		 1019 aa  806    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4206  acriflavin resistance protein  49.07 
 
 		 1021 aa  946    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.355818 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1874  acriflavin resistance protein  46.39 
 
 		 1029 aa  918    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.722647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5106  acriflavin resistance protein  47.77 
 
 		 1049 aa  903    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1661  acriflavin resistance protein  46.67 
 
 		 1047 aa  872    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302634  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6579  acriflavin resistance protein  47.13 
 
 		 1045 aa  933    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521516  normal  0.41723 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01970  putative RND efflux transporter  42.93 
 
 		 1015 aa  801    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335832 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16820  putative efflux transmembrane protein  47.99 
 
 		 1025 aa  924    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46590  putative AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.53 
 
 		 1029 aa  904    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000144683  hitchhiker  0.00000801184 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1740  acriflavin resistance protein  46.45 
 
 		 1049 aa  874    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0112228  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6531  acriflavin resistance protein  47.63 
 
 		 1046 aa  945    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.548117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5080  acriflavin resistance protein  42.93 
 
 		 1017 aa  798    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.373906 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0857  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  42.59 
 
 		 1024 aa  785    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.634925  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1101  acriflavin resistance protein  45.11 
 
 		 1044 aa  828    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.312042 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3139  acriflavin resistance protein  46.88 
 
 		 1029 aa  920    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.856751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6001  acriflavin resistance protein  49.17 
 
 		 1037 aa  946    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233388  normal  0.207677 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0590  acriflavin resistance protein  44.16 
 
 		 1011 aa  835    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5233  acriflavin resistance protein  42.63 
 
 		 1020 aa  793    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2655  acriflavin resistance protein  40.04 
 
 		 1031 aa  718    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.29011 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1753  acriflavin resistance protein  46.77 
 
 		 1048 aa  876    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>