More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1262 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1612  acriflavin resistance protein  41.75 
 
 		 1040 aa  807    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3512  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  41.24 
 
 		 1028 aa  665    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.270807  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1915  acriflavin resistance protein  40.32 
 
 		 1056 aa  746    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.644442  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4315  acriflavin resistance protein  40.29 
 
 		 1028 aa  738    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003809  transporter AcrB/D/F family  42.28 
 
 		 1036 aa  765    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3993  AcrB/AcrD/AcrF family metabolite exporter  38.48 
 
 		 1025 aa  719    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0792  acriflavin resistance protein  39.63 
 
 		 1013 aa  733    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2568  acriflavin resistance protein  40.35 
 
 		 1020 aa  697    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.456395  normal  0.0553814 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05963  hypothetical protein  39.92 
 
 		 1019 aa  748    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3696  acriflavin resistance protein  41.39 
 
 		 1025 aa  740    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.42345  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1262  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1017 aa  2030    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0594234  normal  0.65985 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0640  acriflavin resistance protein  40.18 
 
 		 1029 aa  715    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3849  acriflavin resistance protein  42.28 
 
 		 1009 aa  801    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.771942 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02665  transporter, AcrB/AcrD/AcrF family protein  38.46 
 
 		 1013 aa  664    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1353  putative multi-drug efflux protein  42.24 
 
 		 1025 aa  770    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.434424  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3642  acriflavin resistance protein  41.24 
 
 		 1028 aa  665    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.622959  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01877  hypothetical protein  42.58 
 
 		 1036 aa  764    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0670  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  45.5 
 
 		 1010 aa  845    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3722  acriflavin resistance protein  40.27 
 
 		 1029 aa  717    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0057  acriflavin resistance protein  41.75 
 
 		 1019 aa  786    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.663476  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0466  acriflavin resistance protein  40.39 
 
 		 1024 aa  734    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0675  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  41.16 
 
 		 1028 aa  764    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2714  acriflavin resistance protein  51.08 
 
 		 1017 aa  914    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.465626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4145  acriflavin resistance protein  41.28 
 
 		 1021 aa  743    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.452141 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0696  acriflavin resistance protein  40.31 
 
 		 1027 aa  699    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.627027  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1509  acriflavin resistance protein  39.47 
 
 		 1023 aa  750    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.83923  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02530  acriflavin resistance protein ei VT8  37.89 
 
 		 1015 aa  692    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.461741  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0631  acriflavin resistance protein  38.82 
 
 		 1016 aa  663    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.140124  normal  0.0944668 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1729  acriflavin resistance protein  39.14 
 
 		 1041 aa  738    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0663  acriflavin resistance protein  40.27 
 
 		 1029 aa  716    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2869  acriflavin resistance protein  41.35 
 
 		 1024 aa  752    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00922852  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1716  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  50.89 
 
 		 1014 aa  906    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.415389  normal  0.0804917 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1278  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  42.32 
 
 		 1032 aa  764    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3402  acriflavin resistance protein  40.43 
 
 		 1029 aa  713    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.33342  hitchhiker  0.00241288 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0550  acriflavin resistance protein  40.52 
 
 		 1029 aa  713    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1355  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  48.42 
 
 		 1016 aa  942    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000701931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0731  acriflavin resistance protein  39.25 
 
 		 1013 aa  684    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.693134 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0848  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  41.13 
 
 		 1028 aa  662    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.377805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1436  acriflavin resistance protein  39.82 
 
 		 1021 aa  701    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1419  acriflavin resistance protein  38.62 
 
 		 1016 aa  670    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3665  acriflavin resistance protein  40.92 
 
 		 1029 aa  725    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2116  acriflavin resistance protein  40.75 
 
 		 1043 aa  705    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000226  transporter AcrB/D/F family  40.08 
 
 		 1019 aa  747    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.486029  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0629  acriflavin resistance protein  40.57 
 
 		 1028 aa  751    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0667  acriflavin resistance protein  40.27 
 
 		 1029 aa  712    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2777  acriflavin resistance protein  40.43 
 
 		 1014 aa  711    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.229132 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3572  acriflavin resistance protein  40.65 
 
 		 1027 aa  708    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.17403  normal  0.560484 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3213  putative efflux protein  35.87 
 
 		 1027 aa  627  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2116  acriflavin resistance protein  35.03 
 
 		 1035 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0119534 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1862  acriflavin resistance protein  35.03 
 
 		 1035 aa  602  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635777 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000655  transporter AcrB/D/F family  35 
 
 		 1020 aa  594  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.955615  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2294  acriflavin resistance protein  36.26 
 
 		 1012 aa  594  1e-168  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1917  acriflavin resistance protein  34.98 
 
 		 1035 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.261287 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1357  acriflavin resistance protein  33.49 
 
 		 1046 aa  555  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3001  cation-multidrug efflux pump  33.04 
 
 		 1025 aa  549  1e-154  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4376  acriflavin resistance protein  34.52 
 
 		 1041 aa  549  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.980623  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2751  acriflavin resistance protein  34.4 
 
 		 1041 aa  545  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212655  normal  0.287815 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2827  acriflavin resistance protein  35.55 
 
 		 1053 aa  541  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0321922 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2215  RND efflux transporter  32.88 
 
 		 1046 aa  542  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.12162  normal  0.156003 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4901  acriflavin resistance protein  33.3 
 
 		 1045 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.626163  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1082  acriflavin resistance protein  32.95 
 
 		 1044 aa  539  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4073  acriflavin resistance protein  33.56 
 
 		 1046 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4221  acriflavin resistance protein  33.4 
 
 		 1046 aa  528  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592622  normal  0.234166 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1373  acriflavin resistance protein  31.67 
 
 		 1036 aa  521  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167404  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1942  acriflavin resistance protein  32.07 
 
 		 1036 aa  522  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3774  acriflavin resistance protein  32.51 
 
 		 1050 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.693497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1563  acriflavin resistance protein  31.29 
 
 		 1039 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.324661  normal  0.366734 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1654  transmembrane drug efflux protein  30.99 
 
 		 1039 aa  515  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.556775 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2563  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.04 
 
 		 1019 aa  513  1e-144  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1892  acriflavin resistance protein  31.38 
 
 		 1039 aa  514  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.71237  normal  0.251919 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2039  acriflavin resistance protein  31.71 
 
 		 1018 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0940765 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1047  acriflavin resistance protein  32.39 
 
 		 1021 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0882711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2039  RND family mulitdrug efflux protein  31.51 
 
 		 1025 aa  505  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3409  acriflavin resistance protein  31.57 
 
 		 1018 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.532755 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1556  acriflavin resistance protein  34.19 
 
 		 1056 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5275  acriflavin resistance protein  33.17 
 
 		 1054 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0105172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2427  acriflavin resistance protein  32.71 
 
 		 1019 aa  499  1e-140  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179675 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5369  acriflavin resistance protein  32.13 
 
 		 1023 aa  502  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.575486 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2179  acriflavin resistance protein  33.83 
 
 		 1051 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381595  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5089  acriflavin resistance protein  31.99 
 
 		 1023 aa  498  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0880645  normal  0.0178395 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3469  acriflavin resistance protein  31.42 
 
 		 1048 aa  497  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5173  acriflavin resistance protein  32.55 
 
 		 1017 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.181965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5191  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.09 
 
 		 1033 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0346  acriflavin resistance protein  32.09 
 
 		 1033 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463881  normal  0.463226 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5080  acriflavin resistance protein  32.58 
 
 		 1017 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.373906 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2796  acriflavin resistance protein  33.92 
 
 		 1059 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.963935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4928  acriflavin resistance protein  31.1 
 
 		 1019 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1967  RND family multidrug efflux protein  32.49 
 
 		 1045 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585173  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2172  acriflavin resistance protein  31.23 
 
 		 1016 aa  496  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244345  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2235  acriflavin resistance protein  31.88 
 
 		 1022 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1453  acriflavin resistance protein  30.83 
 
 		 1031 aa  495  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3505  acriflavin resistance protein  31.99 
 
 		 1029 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.348993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1266  acriflavin resistance protein  32.39 
 
 		 1040 aa  491  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0914  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  31.21 
 
 		 1024 aa  492  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4339  acriflavin resistance protein  32.15 
 
 		 1020 aa  491  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2546  acriflavin resistance protein  30.95 
 
 		 1047 aa  490  1e-137  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226103 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5036  acriflavin resistance protein  32.04 
 
 		 1048 aa  491  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.809284 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0857  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  31.21 
 
 		 1024 aa  490  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.634925  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4708  acriflavin resistance protein  31.95 
 
 		 1020 aa  490  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.556784 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3538  acriflavin resistance protein  32.52 
 
 		 1057 aa  489  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>