More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0250 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_1311  acriflavin resistance protein  57.13 
 
 		 1039 aa  873    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.203129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0250  efflux transporter  100 
 
 		 830 aa  1603    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1315  acriflavin resistance protein  42.03 
 
 		 1026 aa  627  1e-178  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0188093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3113  acriflavin resistance protein  40.7 
 
 		 1030 aa  621  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1245  acriflavin resistance protein  41.67 
 
 		 1026 aa  621  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1295  acriflavin resistance protein  41.55 
 
 		 1026 aa  619  1e-176  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1277  acriflavin resistance protein  40.63 
 
 		 1023 aa  616  1e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00411319  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1569  acriflavin resistance protein  40.58 
 
 		 1026 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2974  acriflavin resistance protein  41.43 
 
 		 1022 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.128373  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2988  acriflavin resistance protein  41.43 
 
 		 1022 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3279  AcrB/AcrD/AcrF family protein  41.45 
 
 		 1026 aa  608  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1311  acriflavin resistance protein  40.58 
 
 		 1023 aa  611  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1389  acriflavin resistance protein  41.3 
 
 		 1022 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3132  acriflavin resistance protein  41.3 
 
 		 1022 aa  611  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2636  acriflavin resistance protein  40.51 
 
 		 1025 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.545015  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1324  acriflavin resistance protein  40.83 
 
 		 1038 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.778616  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1147  acriflavin resistance protein  40.22 
 
 		 1021 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2343  acriflavin resistance protein  41.21 
 
 		 1022 aa  571  1e-161  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.763441 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4735  acriflavin resistance protein  38.92 
 
 		 1029 aa  567  1e-160  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.130909  normal  0.265642 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1065  acriflavin resistance protein  38.8 
 
 		 1049 aa  566  1e-160  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.494981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00488  AcrB/AcrD/AcrF family protein  39.26 
 
 		 1048 aa  536  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1594  acriflavin resistance protein  34.88 
 
 		 1037 aa  473  1e-132  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3312  acriflavin resistance protein  29.74 
 
 		 1008 aa  323  9.000000000000001e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3931  acriflavin resistance protein  29.78 
 
 		 1026 aa  300  8e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415531  normal  0.145125 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0745  AcrB/AcrD/AcrF family protein  26.49 
 
 		 1027 aa  298  3e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2531  transmembrane drug efflux protein  29.42 
 
 		 1022 aa  297  5e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.231236  normal  0.199392 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3001  cation-multidrug efflux pump  28.98 
 
 		 1025 aa  297  5e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2427  acriflavin resistance protein  27.51 
 
 		 1019 aa  297  6e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179675 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1925  acriflavin resistance protein  26.53 
 
 		 1020 aa  296  9e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.553474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2869  acriflavin resistance protein  28.15 
 
 		 1024 aa  296  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00922852  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6001  acriflavin resistance protein  29.23 
 
 		 1037 aa  295  3e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233388  normal  0.207677 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1535  acriflavin resistance protein  30.71 
 
 		 1030 aa  295  3e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.455491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2294  acriflavin resistance protein  30.11 
 
 		 1012 aa  293  8e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000226  transporter AcrB/D/F family  27.52 
 
 		 1019 aa  293  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.486029  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1509  acriflavin resistance protein  27.45 
 
 		 1023 aa  291  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.83923  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1002  acriflavin resistance protein  26.41 
 
 		 1028 aa  288  2e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.507874  normal  0.0489892 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05963  hypothetical protein  26.91 
 
 		 1019 aa  289  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1874  acriflavin resistance protein  28.49 
 
 		 1029 aa  288  2e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.722647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1373  acriflavin resistance protein  27.78 
 
 		 1036 aa  287  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167404  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1942  acriflavin resistance protein  27.72 
 
 		 1036 aa  287  5.999999999999999e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6293  acriflavin resistance protein  30.29 
 
 		 1045 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258063  hitchhiker  0.00869954 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3798  acriflavin resistance protein  27.87 
 
 		 1035 aa  285  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1080  acriflavin resistance protein  28.83 
 
 		 1022 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1118  hypothetical protein  27.08 
 
 		 1009 aa  285  3.0000000000000004e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6579  acriflavin resistance protein  30.07 
 
 		 1045 aa  285  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521516  normal  0.41723 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2023  acriflavin resistance protein  27.24 
 
 		 1015 aa  284  5.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0990325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2485  acriflavin resistance protein  28.95 
 
 		 1029 aa  284  6.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175334  normal  0.956638 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5363  acriflavin resistance protein  29.6 
 
 		 1025 aa  283  7.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0668408  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0289  acriflavin resistance protein  27.85 
 
 		 1021 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.461457 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2568  acriflavin resistance protein  26.41 
 
 		 1020 aa  283  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.456395  normal  0.0553814 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3205  transmembrane drug efflux protein  29.45 
 
 		 1040 aa  282  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.228213  normal  0.0965469 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1123  acriflavin resistance protein  29.08 
 
 		 1021 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4121  acriflavin resistance protein  27.83 
 
 		 1035 aa  281  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5233  acriflavin resistance protein  27.43 
 
 		 1020 aa  282  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2423  acriflavin resistance protein  28.88 
 
 		 1030 aa  281  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0232  acriflavin resistance protein  25.79 
 
 		 1017 aa  281  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1560  acriflavin resistance protein  28.12 
 
 		 1026 aa  281  3e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.701497  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0346  acriflavin resistance protein  27.4 
 
 		 1033 aa  281  4e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463881  normal  0.463226 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0428  acriflavin resistance protein  28.11 
 
 		 1035 aa  281  4e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3302  RND efflux transporter  29.21 
 
 		 1030 aa  280  6e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.186074  normal  0.0366541 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5080  acriflavin resistance protein  27.93 
 
 		 1017 aa  280  6e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.373906 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6138  acriflavin resistance protein  29.56 
 
 		 1046 aa  280  7e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.617624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5173  acriflavin resistance protein  27.93 
 
 		 1017 aa  280  8e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.181965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4101  acriflavin resistance protein  28.57 
 
 		 1021 aa  280  8e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.585633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1299  acriflavin resistance protein  29.56 
 
 		 1046 aa  280  9e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.639369  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6531  acriflavin resistance protein  29.56 
 
 		 1046 aa  280  9e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.548117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2235  acriflavin resistance protein  25.12 
 
 		 1022 aa  279  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1517  acriflavin resistance protein  28.57 
 
 		 1021 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.850738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2827  acriflavin resistance protein  27.51 
 
 		 1053 aa  278  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0321922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2558  acriflavin resistance protein  26.84 
 
 		 1035 aa  278  3e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0417174  normal  0.272072 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3321  acriflavin resistance protein  28.08 
 
 		 1021 aa  278  3e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148023  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5191  AcrB/AcrD/AcrF family protein  25.64 
 
 		 1033 aa  278  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2194  acriflavin resistance protein  28 
 
 		 1039 aa  278  4e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.18457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6008  acriflavin resistance protein  27.01 
 
 		 1026 aa  277  5e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.142083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3981  acriflavin resistance protein  26.27 
 
 		 1014 aa  277  6e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0507  acriflavin resistance protein  26.78 
 
 		 1020 aa  277  7e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433089  normal  0.988199 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2815  AcrB/AcrD/AcrF family protein  28.41 
 
 		 1017 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0518432  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3129  acriflavin resistance protein  27.07 
 
 		 1021 aa  276  1.0000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0941  cation efflux system protein  27.57 
 
 		 1020 aa  276  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4206  acriflavin resistance protein  28.57 
 
 		 1021 aa  276  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.355818 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3139  acriflavin resistance protein  28.12 
 
 		 1029 aa  274  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.856751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1463  RND efflux transporter  28.21 
 
 		 1025 aa  273  9e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3350  acriflavin resistance protein  28.7 
 
 		 1024 aa  273  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.497047  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2563  AcrB/AcrD/AcrF family protein  25.78 
 
 		 1019 aa  271  4e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2689  acriflavin resistance protein  27.16 
 
 		 1026 aa  271  4e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2677  acriflavin resistance protein  27.78 
 
 		 1029 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2575  acriflavin resistance protein  26.2 
 
 		 1071 aa  270  8e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474899 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0816  acriflavin resistance protein  28.8 
 
 		 1035 aa  270  1e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1357  acriflavin resistance protein  25.43 
 
 		 1046 aa  269  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5653  acriflavin resistance protein  28.47 
 
 		 1022 aa  268  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235963  hitchhiker  0.00278387 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16820  putative efflux transmembrane protein  27.97 
 
 		 1025 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000655  transporter AcrB/D/F family  26.61 
 
 		 1020 aa  268  4e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.955615  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2509  acriflavin resistance protein  26.04 
 
 		 1051 aa  268  4e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46590  putative AcrB/AcrD/AcrF family protein  28.73 
 
 		 1029 aa  268  4e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000144683  hitchhiker  0.00000801184 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3665  acriflavin resistance protein  26.03 
 
 		 1029 aa  267  5e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0631  acriflavin resistance protein  27.72 
 
 		 1016 aa  267  5e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.140124  normal  0.0944668 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1315  acriflavin resistance protein  27.91 
 
 		 1029 aa  266  1e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.549537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2179  acriflavin resistance protein  27.18 
 
 		 1051 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381595  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3469  acriflavin resistance protein  26.37 
 
 		 1048 aa  265  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0675  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  26.08 
 
 		 1028 aa  264  4.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>