More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5363 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5653  acriflavin resistance protein  81.86 
 
 		 1022 aa  1656    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235963  hitchhiker  0.00278387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2039  RND family mulitdrug efflux protein  40.14 
 
 		 1025 aa  737    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1517  acriflavin resistance protein  42.25 
 
 		 1021 aa  770    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.850738  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3302  RND efflux transporter  78.7 
 
 		 1030 aa  1602    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.186074  normal  0.0366541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5173  acriflavin resistance protein  39.51 
 
 		 1017 aa  725    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.181965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2655  acriflavin resistance protein  37.07 
 
 		 1031 aa  645    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.29011 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0427  acriflavin resistance protein  49.06 
 
 		 1012 aa  946    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.161139  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2815  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.59 
 
 		 1017 aa  764    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0518432  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0590  acriflavin resistance protein  49.16 
 
 		 1011 aa  936    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1654  transmembrane drug efflux protein  40.6 
 
 		 1039 aa  754    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.556775 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3205  transmembrane drug efflux protein  86.97 
 
 		 1040 aa  1829    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.228213  normal  0.0965469 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0828  acriflavin resistance protein  39 
 
 		 1031 aa  739    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6138  acriflavin resistance protein  84.92 
 
 		 1046 aa  1778    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.617624 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0914  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  37.88 
 
 		 1024 aa  710    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2561  acriflavin resistance protein  66.37 
 
 		 1038 aa  1333    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.224795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3465  RND family efflux transporter MFP subunit  37.64 
 
 		 1017 aa  679    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0968249  normal  0.0910855 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0820  AcrB/AcrD/AcrF family protein  84.07 
 
 		 1036 aa  1765    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3302  AcrB/AcrD/AcrF family protein  37.46 
 
 		 1011 aa  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5191  AcrB/AcrD/AcrF family protein  39.9 
 
 		 1033 aa  749    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0953  AcrB/AcrD/AcrF family protein  41.85 
 
 		 1056 aa  749    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0346  acriflavin resistance protein  40.19 
 
 		 1033 aa  755    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463881  normal  0.463226 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2194  acriflavin resistance protein  78.73 
 
 		 1039 aa  1637    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.18457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3132  acriflavin resistance protein  37.67 
 
 		 1012 aa  671    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1393  acriflavin resistance protein  38.59 
 
 		 1014 aa  724    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3761  acriflavin resistance protein  42.07 
 
 		 1047 aa  769    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.29513 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1373  acriflavin resistance protein  39.73 
 
 		 1036 aa  734    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167404  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5639  acriflavin resistance protein  81.6 
 
 		 1047 aa  1667    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2104  AcrB/AcrD/AcrF family protein  41.85 
 
 		 1056 aa  750    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.110742  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2531  transmembrane drug efflux protein  40.57 
 
 		 1022 aa  740    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.231236  normal  0.199392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5080  acriflavin resistance protein  39.7 
 
 		 1017 aa  727    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.373906 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2296  AcrB/AcrD/AcrF family protein  41.95 
 
 		 1056 aa  752    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0232  acriflavin resistance protein  40.1 
 
 		 1017 aa  734    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1080  acriflavin resistance protein  41.65 
 
 		 1022 aa  763    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2485  acriflavin resistance protein  79.49 
 
 		 1029 aa  1645    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175334  normal  0.956638 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6001  acriflavin resistance protein  59.02 
 
 		 1037 aa  1199    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233388  normal  0.207677 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5036  acriflavin resistance protein  42.76 
 
 		 1048 aa  777    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.809284 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4206  acriflavin resistance protein  42.16 
 
 		 1021 aa  768    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.355818 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2163  AcrB/AcrD/AcrF family protein  41.95 
 
 		 1056 aa  752    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3798  acriflavin resistance protein  58.82 
 
 		 1035 aa  1206    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5275  acriflavin resistance protein  41.12 
 
 		 1054 aa  755    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0105172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1101  acriflavin resistance protein  38.99 
 
 		 1044 aa  716    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.312042 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2546  acriflavin resistance protein  40.12 
 
 		 1047 aa  759    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226103 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1290  putative transmembrane drug efflux protein  41.34 
 
 		 1041 aa  775    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0890171 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1703  acriflavin resistance protein  48.33 
 
 		 1021 aa  903    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.31475  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5106  acriflavin resistance protein  67.39 
 
 		 1049 aa  1397    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2288  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.58 
 
 		 1057 aa  768    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.651759  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2751  acriflavin resistance protein  49.46 
 
 		 1041 aa  961    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212655  normal  0.287815 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3409  acriflavin resistance protein  39.96 
 
 		 1018 aa  746    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.532755 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4221  acriflavin resistance protein  47.51 
 
 		 1046 aa  953    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592622  normal  0.234166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1425  RND family mulitdrug efflux protein  38.12 
 
 		 1110 aa  684    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.400859 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3139  acriflavin resistance protein  79.75 
 
 		 1029 aa  1685    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.856751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1552  acriflavin resistance protein  40.19 
 
 		 1060 aa  737    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1357  acriflavin resistance protein  48.37 
 
 		 1046 aa  974    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2796  acriflavin resistance protein  45.45 
 
 		 1059 aa  868    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.963935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2533  acriflavin resistance protein  40.44 
 
 		 1067 aa  754    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2028  acriflavin resistance protein  39.83 
 
 		 1089 aa  738    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.393599  normal  0.145854 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3446  acriflavin resistance protein  84.65 
 
 		 1024 aa  1756    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.469211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1967  RND family multidrug efflux protein  42.09 
 
 		 1045 aa  766    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585173  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2215  RND efflux transporter  48.07 
 
 		 1046 aa  976    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.12162  normal  0.156003 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1519  acriflavin resistance protein  43.68 
 
 		 1050 aa  793    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.352898  normal  0.340247 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1556  acriflavin resistance protein  47.77 
 
 		 1056 aa  918    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2039  acriflavin resistance protein  39.67 
 
 		 1018 aa  739    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0940765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4073  acriflavin resistance protein  47.33 
 
 		 1046 aa  951    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1082  acriflavin resistance protein  49.11 
 
 		 1044 aa  982    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1942  acriflavin resistance protein  39.32 
 
 		 1036 aa  732    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1753  acriflavin resistance protein  42.77 
 
 		 1048 aa  773    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1299  acriflavin resistance protein  84.39 
 
 		 1046 aa  1775    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.639369  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6339  acriflavin resistance protein  42.77 
 
 		 1049 aa  773    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.45388  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2827  acriflavin resistance protein  50.25 
 
 		 1053 aa  960    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0321922 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1661  acriflavin resistance protein  43.54 
 
 		 1047 aa  783    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.349766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1266  acriflavin resistance protein  41.62 
 
 		 1040 aa  767    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1207  acriflavin resistance protein  40.23 
 
 		 1049 aa  723    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.372484 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0857  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  37.78 
 
 		 1024 aa  707    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.634925  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0289  acriflavin resistance protein  39.06 
 
 		 1021 aa  728    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.461457 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1453  acriflavin resistance protein  37.57 
 
 		 1031 aa  715    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0941  cation efflux system protein  79.84 
 
 		 1020 aa  1689    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4339  acriflavin resistance protein  39.86 
 
 		 1020 aa  737    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1123  acriflavin resistance protein  42.06 
 
 		 1021 aa  761    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3350  acriflavin resistance protein  41.15 
 
 		 1024 aa  765    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.497047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4928  acriflavin resistance protein  40.22 
 
 		 1019 aa  740    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3774  acriflavin resistance protein  40.02 
 
 		 1050 aa  771    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.693497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2575  acriflavin resistance protein  39.33 
 
 		 1071 aa  717    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474899 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1874  acriflavin resistance protein  80.63 
 
 		 1029 aa  1693    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.722647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2423  acriflavin resistance protein  78.24 
 
 		 1030 aa  1596    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4101  acriflavin resistance protein  41.96 
 
 		 1021 aa  764    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.585633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2959  acriflavin resistance protein  39.39 
 
 		 1071 aa  728    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00263635 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0236  RND efflux transporter  38.74 
 
 		 1015 aa  712    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0808  RND family mulitdrug efflux protein  39.8 
 
 		 1037 aa  678    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.485603  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2780  acriflavin resistance protein  39.75 
 
 		 1021 aa  726    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.51782 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1661  acriflavin resistance protein  43.15 
 
 		 1047 aa  774    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302634  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6579  acriflavin resistance protein  83.94 
 
 		 1045 aa  1758    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521516  normal  0.41723 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01970  putative RND efflux transporter  38.74 
 
 		 1015 aa  713    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335832 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16820  putative efflux transmembrane protein  40.61 
 
 		 1025 aa  753    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46590  putative AcrB/AcrD/AcrF family protein  83.19 
 
 		 1029 aa  1750    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000144683  hitchhiker  0.00000801184 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1740  acriflavin resistance protein  42.77 
 
 		 1049 aa  773    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0112228  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6531  acriflavin resistance protein  84.39 
 
 		 1046 aa  1775    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.548117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6293  acriflavin resistance protein  84.13 
 
 		 1045 aa  1759    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258063  hitchhiker  0.00869954 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1461  acriflavin resistance protein  40.96 
 
 		 1067 aa  747    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.680288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1463  RND efflux transporter  40.61 
 
 		 1025 aa  755    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5233  acriflavin resistance protein  39.02 
 
 		 1020 aa  721    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>