More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0011 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1901  amidohydrolase  45.41 
 
 		 1084 aa  978    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  90.89 
 
 		 445 aa  839    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  90.87 
 
 		 1062 aa  2033    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  62.12 
 
 		 1071 aa  1364    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0017  amidohydrolase  94.47 
 
 		 1049 aa  2068    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0458  amidohydrolase  51.23 
 
 		 1138 aa  1131    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.455594 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0015  amidohydrolase  92.47 
 
 		 598 aa  1166    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  91.71 
 
 		 1062 aa  2044    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  79.18 
 
 		 1066 aa  1786    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  77.85 
 
 		 1069 aa  1778    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  80.58 
 
 		 1065 aa  1816    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000114616  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  91.81 
 
 		 1062 aa  2047    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  78.66 
 
 		 1081 aa  1790    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1098  amidohydrolase  44.88 
 
 		 1078 aa  983    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  91.81 
 
 		 1062 aa  2044    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000711997 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0466  amidohydrolase  47.11 
 
 		 1113 aa  1035    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.83396  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  48.65 
 
 		 1111 aa  1071    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0011  amidohydrolase  100 
 
 		 1062 aa  2193    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000193716 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0011  amidohydrolase  98.68 
 
 		 1062 aa  2172    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0957331 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0009  amidohydrolase  80.92 
 
 		 1060 aa  1826    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  45.75 
 
 		 1062 aa  1004    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0013  amidohydrolase  80.15 
 
 		 1067 aa  1805    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0019  amidohydrolase  98.12 
 
 		 1062 aa  2160    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000934915 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0028  amidohydrolase  77.95 
 
 		 1062 aa  1766    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1803  amidohydrolase  27.5 
 
 		 1052 aa  369  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000234818 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  25.59 
 
 		 1005 aa  244  6e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  25.02 
 
 		 1059 aa  232  3e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  24.98 
 
 		 1040 aa  218  5e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  25.17 
 
 		 1042 aa  217  7e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  25.45 
 
 		 1014 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  24.93 
 
 		 1042 aa  213  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  23.53 
 
 		 1010 aa  181  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5049  amidohydrolase  23.64 
 
 		 1031 aa  171  7e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424824  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5176  amidohydrolase  24.89 
 
 		 686 aa  99  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.167618  normal  0.830849 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  24.48 
 
 		 1090 aa  97.1  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  26 
 
 		 1097 aa  96.3  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0618  amidohydrolase  23.92 
 
 		 496 aa  94.4  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210154 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2310  peptidase S41  24.94 
 
 		 1067 aa  93.6  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  23.87 
 
 		 1082 aa  92.4  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  23.19 
 
 		 717 aa  90.1  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0971  amidohydrolase 3  25 
 
 		 666 aa  89.7  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.59323  normal  0.0406107 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  24.53 
 
 		 430 aa  89.4  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0089  tricorn protease  23.85 
 
 		 1084 aa  89.4  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000582269  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  23.17 
 
 		 470 aa  88.6  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  25 
 
 		 433 aa  87  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  34.04 
 
 		 432 aa  85.1  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  26.26 
 
 		 407 aa  85.1  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3987  amidohydrolase  25.63 
 
 		 435 aa  81.6  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.589739 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2365  amidohydrolase  26.23 
 
 		 470 aa  81.6  0.00000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2354  amidohydrolase  24.6 
 
 		 420 aa  81.3  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  31.63 
 
 		 446 aa  80.9  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.63 
 
 		 446 aa  80.9  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  32.14 
 
 		 426 aa  81.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5294  peptidase S41  21.85 
 
 		 1167 aa  80.9  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  32.11 
 
 		 445 aa  80.1  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  32.14 
 
 		 446 aa  80.5  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  32.11 
 
 		 427 aa  80.5  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1105  amidohydrolase  22.25 
 
 		 478 aa  79.7  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.310318 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  23.11 
 
 		 437 aa  79.3  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  30.36 
 
 		 427 aa  79.3  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3782  amidohydrolase  25.24 
 
 		 413 aa  79  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0062486  decreased coverage  0.00131434 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  35.29 
 
 		 403 aa  78.6  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  31.82 
 
 		 435 aa  78.6  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6416  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  28.57 
 
 		 362 aa  78.2  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  26.62 
 
 		 419 aa  78.2  0.0000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  25.19 
 
 		 459 aa  77.8  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.69 
 
 		 430 aa  77.4  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6483  peptidase S41  23.72 
 
 		 1125 aa  77.4  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  33.51 
 
 		 425 aa  77.4  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1790  amidohydrolase  24.41 
 
 		 440 aa  77.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4081  amidohydrolase  24.76 
 
 		 425 aa  76.6  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.709022 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  33.92 
 
 		 567 aa  77  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0913  amidohydrolase  23.48 
 
 		 438 aa  77  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887966  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5623  WD40 domain protein beta Propeller  28.19 
 
 		 956 aa  77  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.101899 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2716  amidohydrolase  24.45 
 
 		 407 aa  77  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3741  amidohydrolase  25 
 
 		 413 aa  76.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0189588 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2750  peptidase S41  24.89 
 
 		 1076 aa  76.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.956539  normal  0.394913 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  24.94 
 
 		 444 aa  75.9  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  28.05 
 
 		 428 aa  75.5  0.000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2515  amidohydrolase  24.05 
 
 		 426 aa  75.5  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1597  amidohydrolase  24.08 
 
 		 477 aa  75.5  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.080388  normal  0.526129 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  33.99 
 
 		 436 aa  75.5  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2771  amidohydrolase  24.43 
 
 		 413 aa  75.1  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  32.94 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1275  amidohydrolase  23.29 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  28.77 
 
 		 572 aa  75.1  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4565  amidohydrolase  24.52 
 
 		 423 aa  74.7  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.244661  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1348  putative Xaa-Pro dipeptidase  24.59 
 
 		 434 aa  73.9  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  26.95 
 
 		 1028 aa  74.3  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  33.99 
 
 		 450 aa  73.9  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  28.38 
 
 		 430 aa  74.3  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  20.97 
 
 		 590 aa  73.9  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0857  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  24.77 
 
 		 670 aa  74.3  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  25 
 
 		 296 aa  74.7  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0926  peptidase S41  21.23 
 
 		 1075 aa  73.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  31.79 
 
 		 429 aa  73.6  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_008783  BARBAKC583_0144  translocation protein TolB  30.65 
 
 		 442 aa  73.6  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  24.14 
 
 		 440 aa  73.2  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2416  amidohydrolase  22.71 
 
 		 702 aa  73.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0066037  normal  0.0385776 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  28.7 
 
 		 461 aa  73.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>