222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0495 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0495  permease  100 
 
 		 510 aa  1019    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0434  permease  65.69 
 
 		 461 aa  615  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3838  permease  65.4 
 
 		 511 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.446121 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0422  permease  65.41 
 
 		 503 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0446  permease  63.09 
 
 		 433 aa  589  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302988 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0447  permease  65.64 
 
 		 496 aa  590  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3911  permease  64.68 
 
 		 513 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3582  permease  63.69 
 
 		 501 aa  588  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4034  permease  63.67 
 
 		 500 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0444  hypothetical protein  65.33 
 
 		 491 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3409  permease  63.6 
 
 		 509 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3410  permease  60.04 
 
 		 474 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3399  permease  64.24 
 
 		 495 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0443  permease  64.19 
 
 		 497 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0397  hypothetical protein  62.3 
 
 		 490 aa  560  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0298  permease  58.82 
 
 		 423 aa  555  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0580  hypothetical protein  34.1 
 
 		 475 aa  251  3e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  36.68 
 
 		 451 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1997  permease  45.37 
 
 		 365 aa  190  5e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4074  putative permease  45.33 
 
 		 366 aa  173  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03565  permease  43.14 
 
 		 391 aa  173  9e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  49.04 
 
 		 356 aa  149  9e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  51.41 
 
 		 352 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1797  permease  42.25 
 
 		 406 aa  145  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000323943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  49.66 
 
 		 357 aa  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  46.67 
 
 		 358 aa  144  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  55.47 
 
 		 402 aa  143  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  47.37 
 
 		 363 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0757  permease  57.27 
 
 		 367 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2651  permease  48.45 
 
 		 355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371621 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1382  permease  50.79 
 
 		 362 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.462669  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1966  hypothetical protein  51.13 
 
 		 378 aa  129  9.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0526  permease  43.4 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6834  permease  35.71 
 
 		 620 aa  94.4  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  36.43 
 
 		 368 aa  87.8  4e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0907  permease  36.89 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000511133  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  30.65 
 
 		 363 aa  69.7  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  21.81 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0503  hypothetical protein  25 
 
 		 358 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05267  hypothetical protein  22.56 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3823  permease  21.69 
 
 		 358 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2338  permease  21.69 
 
 		 358 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.677868  normal  0.0877008 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1730  permease, putative  23.35 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.157468  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1544  hypothetical protein  24.2 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000224631  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  37.74 
 
 		 363 aa  64.3  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0785  hypothetical protein  33.61 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000784162 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  32 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3596  hypothetical protein  22.56 
 
 		 373 aa  60.1  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0563  permease  31.25 
 
 		 633 aa  60.1  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2907  hypothetical protein  31.25 
 
 		 611 aa  58.9  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1904  permease  36.7 
 
 		 433 aa  58.5  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.560761  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  29.09 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3634  permease  33.33 
 
 		 714 aa  58.2  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  32.23 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  30.97 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  24.88 
 
 		 332 aa  56.6  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  31.58 
 
 		 315 aa  56.6  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  32.54 
 
 		 318 aa  56.6  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29321  permease  27.32 
 
 		 318 aa  56.6  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1859  permease  29.32 
 
 		 342 aa  55.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0804038  hitchhiker  0.00708379 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0047  permease  30.95 
 
 		 524 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000898812  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2078  permease  34.83 
 
 		 354 aa  55.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1359  permease  33.9 
 
 		 323 aa  55.8  0.000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2236  permease  34.9 
 
 		 526 aa  55.8  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0828  permease  25.2 
 
 		 361 aa  55.8  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000427926  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2877  permease  34.19 
 
 		 390 aa  55.1  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3415  permease  31.03 
 
 		 351 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0714  permease  24.03 
 
 		 300 aa  55.1  0.000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.846704  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  36.79 
 
 		 353 aa  54.7  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  30.58 
 
 		 354 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  32.54 
 
 		 324 aa  54.3  0.000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  30.58 
 
 		 337 aa  54.3  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  30.41 
 
 		 354 aa  54.3  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0184  hypothetical protein  29.08 
 
 		 437 aa  54.3  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2028  permease  32.67 
 
 		 380 aa  53.9  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  31.25 
 
 		 350 aa  54.3  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  31.61 
 
 		 330 aa  53.9  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  30.26 
 
 		 354 aa  53.5  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0584  permease, putative  25.7 
 
 		 312 aa  53.5  0.000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  35.11 
 
 		 337 aa  53.1  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  25.81 
 
 		 352 aa  53.5  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3654  permease  28.66 
 
 		 341 aa  53.1  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839158  normal  0.0586592 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0158  permease  27.39 
 
 		 343 aa  53.1  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3807  permease  25.53 
 
 		 362 aa  52.8  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.158248 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3199  permease  26.85 
 
 		 370 aa  53.5  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0523  permease  29.75 
 
 		 373 aa  52.8  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21531  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  28.45 
 
 		 294 aa  52.4  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_877  permease  29.36 
 
 		 343 aa  52.4  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0586  capsule polysaccharide transport  34.29 
 
 		 348 aa  52.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  34.04 
 
 		 315 aa  52.4  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20090  permease  33.05 
 
 		 393 aa  52.8  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3588  permease  24.79 
 
 		 345 aa  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.573988  normal  0.197567 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1518  permease  26.47 
 
 		 288 aa  52  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  29.82 
 
 		 336 aa  52  0.00003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0721  permease  24.49 
 
 		 302 aa  51.6  0.00003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1540  permease  27.78 
 
 		 298 aa  51.2  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000982093  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1485  permease  30.25 
 
 		 393 aa  51.2  0.00004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.363242  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2194  permease  30.95 
 
 		 365 aa  51.2  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  31.25 
 
 		 350 aa  51.2  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  30.89 
 
 		 359 aa  50.8  0.00005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>