221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3410 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3410  permease  100 
 
 		 474 aa  947    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0434  permease  74.48 
 
 		 461 aa  687    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0446  permease  74.9 
 
 		 433 aa  672    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302988 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0298  permease  67.76 
 
 		 423 aa  618  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0447  permease  67.06 
 
 		 496 aa  608  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3582  permease  67.19 
 
 		 501 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0443  permease  66.01 
 
 		 497 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0444  hypothetical protein  64.61 
 
 		 491 aa  597  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3399  permease  64.62 
 
 		 495 aa  590  1e-167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3838  permease  62.69 
 
 		 511 aa  584  1e-166  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.446121 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4034  permease  64.1 
 
 		 500 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3911  permease  62.45 
 
 		 513 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0422  permease  64.12 
 
 		 503 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0495  permease  61.66 
 
 		 510 aa  568  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3409  permease  59.54 
 
 		 509 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0397  hypothetical protein  61.27 
 
 		 490 aa  531  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  36.9 
 
 		 451 aa  252  8.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0580  hypothetical protein  35.26 
 
 		 475 aa  251  2e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1797  permease  36.56 
 
 		 406 aa  235  1.0000000000000001e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000323943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1997  permease  46.34 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03565  permease  39.93 
 
 		 391 aa  177  4e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4074  putative permease  43.61 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  45.91 
 
 		 356 aa  151  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  46.79 
 
 		 363 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  54.76 
 
 		 402 aa  144  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  48.61 
 
 		 357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  50.38 
 
 		 358 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0757  permease  46.15 
 
 		 367 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  45.14 
 
 		 352 aa  133  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1382  permease  51.59 
 
 		 362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.462669  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2651  permease  47.83 
 
 		 355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371621 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0526  permease  49.25 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1966  hypothetical protein  46.67 
 
 		 378 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6834  permease  34.9 
 
 		 620 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2338  permease  23.63 
 
 		 358 aa  90.5  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.677868  normal  0.0877008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3823  permease  23.63 
 
 		 358 aa  90.5  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05267  hypothetical protein  22.58 
 
 		 378 aa  87.4  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0503  hypothetical protein  22.5 
 
 		 358 aa  87  7e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  31.01 
 
 		 368 aa  86.3  0.000000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3596  hypothetical protein  24.32 
 
 		 373 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  23.7 
 
 		 356 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  32.61 
 
 		 363 aa  74.3  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0907  permease  36.07 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000511133  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  32.09 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0785  hypothetical protein  35.29 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000784162 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08200  permease  27.4 
 
 		 345 aa  63.9  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119775  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3797  putative permease  20.3 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.236031 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  35.8 
 
 		 322 aa  62  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  32.17 
 
 		 363 aa  61.2  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  27.27 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3989  putative permease  20.05 
 
 		 333 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.531766  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3634  permease  31.72 
 
 		 714 aa  60.5  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0563  permease  30.43 
 
 		 633 aa  60.1  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  26.26 
 
 		 318 aa  59.7  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2907  hypothetical protein  29.41 
 
 		 611 aa  58.5  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  30.17 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3654  permease  34.23 
 
 		 341 aa  59.3  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839158  normal  0.0586592 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  25 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  28.39 
 
 		 315 aa  57.8  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1544  hypothetical protein  19.72 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000224631  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  27.07 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  27.07 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  26.42 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1859  permease  31.3 
 
 		 342 aa  57  0.0000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0804038  hitchhiker  0.00708379 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0586  capsule polysaccharide transport  35.85 
 
 		 348 aa  56.2  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1730  permease, putative  19.27 
 
 		 315 aa  56.2  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.157468  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  28.91 
 
 		 337 aa  56.6  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  26.88 
 
 		 318 aa  55.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  25.9 
 
 		 336 aa  55.5  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1359  permease  32.2 
 
 		 323 aa  55.8  0.000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2078  permease  36.49 
 
 		 354 aa  55.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  28.05 
 
 		 332 aa  55.8  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0523  permease  27.03 
 
 		 373 aa  55.8  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1904  permease  30.16 
 
 		 433 aa  55.5  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.560761  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  30.43 
 
 		 359 aa  54.7  0.000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3199  permease  30.06 
 
 		 370 aa  54.7  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  32.54 
 
 		 324 aa  54.3  0.000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2877  permease  31.67 
 
 		 390 aa  54.3  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  28.99 
 
 		 330 aa  53.9  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20090  permease  31.67 
 
 		 393 aa  53.9  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  27.27 
 
 		 337 aa  53.9  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0184  hypothetical protein  33.33 
 
 		 437 aa  53.9  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0147  putative permease  26.71 
 
 		 359 aa  53.5  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  29.5 
 
 		 353 aa  53.5  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  32.09 
 
 		 308 aa  53.5  0.000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  31.67 
 
 		 315 aa  53.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0828  permease  24.39 
 
 		 361 aa  53.1  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000427926  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2028  permease  31.68 
 
 		 380 aa  52.8  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  29.11 
 
 		 354 aa  53.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  28.8 
 
 		 301 aa  52.8  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  28.03 
 
 		 354 aa  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1323  permease  26.87 
 
 		 389 aa  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0047  permease  26.92 
 
 		 524 aa  52.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000898812  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2072  permease  26.87 
 
 		 392 aa  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0357  permease  31.91 
 
 		 294 aa  52.4  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1478  permease  27.41 
 
 		 389 aa  51.6  0.00003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.177676  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0158  permease  32.46 
 
 		 343 aa  51.6  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  31.78 
 
 		 348 aa  51.6  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29321  permease  36.47 
 
 		 318 aa  51.6  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0721  permease  25.98 
 
 		 302 aa  51.6  0.00003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>