219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A0580 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A0580  hypothetical protein  100 
 
 
475 aa  958    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  37.63 
 
 
402 aa  298  1e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  37.98 
 
 
451 aa  277  2e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0434  permease  35.51 
 
 
461 aa  257  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3410  permease  35.91 
 
 
474 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0446  permease  37.3 
 
 
433 aa  249  5e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.302988 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3399  permease  35.83 
 
 
495 aa  243  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0444  hypothetical protein  36.38 
 
 
491 aa  243  7.999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3911  permease  35.26 
 
 
513 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3838  permease  35.01 
 
 
511 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.446121 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3582  permease  35.45 
 
 
501 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0422  permease  34.96 
 
 
503 aa  239  1e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4034  permease  35.52 
 
 
500 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0447  permease  35.28 
 
 
496 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0443  permease  34.78 
 
 
497 aa  238  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0397  hypothetical protein  33.6 
 
 
490 aa  238  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0298  permease  34.48 
 
 
423 aa  233  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0495  permease  32.62 
 
 
510 aa  229  7e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3409  permease  33.27 
 
 
509 aa  224  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1966  hypothetical protein  58.82 
 
 
378 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1797  permease  32.27 
 
 
406 aa  207  3e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000323943  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03565  permease  35.34 
 
 
391 aa  187  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  47.83 
 
 
352 aa  158  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  43.01 
 
 
363 aa  152  1e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  46.15 
 
 
356 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  44.44 
 
 
357 aa  144  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0757  permease  40.91 
 
 
367 aa  144  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  45.35 
 
 
358 aa  143  5e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1997  permease  36.18 
 
 
365 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4074  putative permease  37.06 
 
 
366 aa  112  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1382  permease  43.8 
 
 
362 aa  107  5e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.462669  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2651  permease  46.32 
 
 
355 aa  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.371621 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0526  permease  37.58 
 
 
350 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  30.99 
 
 
363 aa  98.6  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  37.01 
 
 
368 aa  87.4  5e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1748  permease  22.46 
 
 
362 aa  80.5  0.00000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000179413  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6834  permease  33.81 
 
 
620 aa  80.1  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1802  permease  22.73 
 
 
362 aa  79.7  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0503  hypothetical protein  21.61 
 
 
358 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0828  permease  22.61 
 
 
361 aa  76.3  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000427926  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2338  permease  21.37 
 
 
358 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.677868  normal  0.0877008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3823  permease  21.37 
 
 
358 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3596  hypothetical protein  23.29 
 
 
373 aa  73.2  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1485  permease  35.83 
 
 
393 aa  72.4  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.363242  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1904  permease  27.6 
 
 
433 aa  72.4  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.560761  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1107  permease  29.56 
 
 
350 aa  71.2  0.00000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2877  permease  33.85 
 
 
390 aa  71.2  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1478  permease  30.77 
 
 
389 aa  67  0.0000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.177676  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0785  hypothetical protein  31.72 
 
 
300 aa  67  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.000784162 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0907  permease  35.96 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000511133  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0184  hypothetical protein  29.92 
 
 
437 aa  66.6  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1359  permease  31.61 
 
 
323 aa  65.9  0.000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05267  hypothetical protein  23.53 
 
 
378 aa  65.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_877  permease  33.05 
 
 
343 aa  65.5  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  33.58 
 
 
359 aa  65.9  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  22.02 
 
 
356 aa  65.1  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2072  permease  30.63 
 
 
392 aa  62.8  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1323  permease  30.63 
 
 
389 aa  62.8  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0944  transporter  28.21 
 
 
347 aa  63.2  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3597  permease  32.2 
 
 
461 aa  63.2  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.755829  normal  0.306889 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20090  permease  32.12 
 
 
393 aa  62.8  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  27.66 
 
 
294 aa  62  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0556  permease  31.06 
 
 
390 aa  62  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0378038  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0456  permease  26.95 
 
 
367 aa  61.2  0.00000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.349904  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  28.66 
 
 
336 aa  61.2  0.00000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2181  permease  30.07 
 
 
319 aa  59.7  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000463978  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0158  permease  27.54 
 
 
343 aa  59.7  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3807  permease  22.31 
 
 
362 aa  58.9  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.158248 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0665  conserved hypothetical integral membrane protein (DUF318 domain protein)  24.28 
 
 
324 aa  58.9  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3634  permease  33.33 
 
 
714 aa  59.3  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0721  permease  27.64 
 
 
302 aa  58.5  0.0000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08200  permease  29.17 
 
 
345 aa  57.8  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119775  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29321  permease  32.14 
 
 
318 aa  57.8  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  29.17 
 
 
345 aa  57.8  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  29.17 
 
 
345 aa  57.8  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0753  permease  35.87 
 
 
389 aa  57.4  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0377989 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  27.59 
 
 
330 aa  57.8  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1600  permease  34.17 
 
 
318 aa  57  0.0000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0689798 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  30.4 
 
 
370 aa  57  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  26.42 
 
 
330 aa  57  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  26.75 
 
 
332 aa  56.6  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  24.05 
 
 
332 aa  55.8  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3654  permease  32.46 
 
 
341 aa  56.6  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839158  normal  0.0586592 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0664  permease  29.46 
 
 
386 aa  56.2  0.000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.7223  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  26.67 
 
 
332 aa  56.2  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  24.05 
 
 
332 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0584  permease, putative  28.12 
 
 
312 aa  55.8  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  32.46 
 
 
354 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_002936  DET1006  permease, putative  25.38 
 
 
343 aa  55.1  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0459509  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0586  capsule polysaccharide transport  38.38 
 
 
348 aa  54.7  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  28.87 
 
 
317 aa  54.7  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  24.68 
 
 
319 aa  54.7  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0563  permease  29.17 
 
 
633 aa  54.3  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  32.67 
 
 
331 aa  53.9  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  26.45 
 
 
352 aa  53.9  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  29.1 
 
 
336 aa  53.5  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0016  permease  20.47 
 
 
359 aa  53.5  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2907  hypothetical protein  29.53 
 
 
611 aa  52.8  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3932  H+-transporting two-sector ATPase, delta/epsilon subunit  24.65 
 
 
378 aa  52.8  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0299  permease  26.9 
 
 
286 aa  52.8  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>