90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2236 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2236  permease  100 
 
 		 526 aa  1064    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  27.27 
 
 		 352 aa  68.6  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  24.07 
 
 		 356 aa  67.8  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  25.61 
 
 		 330 aa  61.6  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  23.14 
 
 		 345 aa  60.1  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  25.81 
 
 		 352 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  30.83 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0298  permease  34.06 
 
 		 423 aa  58.2  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3005  permease  22.97 
 
 		 524 aa  57.8  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2181  permease  23.15 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000463978  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  25.91 
 
 		 354 aa  57  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1645  permease  27.89 
 
 		 350 aa  56.6  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0907  permease  25.46 
 
 		 298 aa  56.6  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000511133  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1870  permease  21.89 
 
 		 319 aa  56.2  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.788351  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0434  permease  32.37 
 
 		 461 aa  56.2  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0397  hypothetical protein  34.09 
 
 		 490 aa  55.1  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  23.62 
 
 		 377 aa  55.5  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0446  permease  32.65 
 
 		 433 aa  55.1  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302988 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  24.15 
 
 		 358 aa  54.3  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  23.41 
 
 		 357 aa  54.3  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  29.68 
 
 		 332 aa  54.3  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  29.31 
 
 		 306 aa  54.3  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  25.6 
 
 		 366 aa  54.3  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  25.6 
 
 		 366 aa  53.9  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  20.07 
 
 		 368 aa  53.9  0.000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3596  hypothetical protein  32.04 
 
 		 373 aa  53.5  0.000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  25.51 
 
 		 354 aa  53.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0357  permease  22.44 
 
 		 294 aa  52.8  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  31.07 
 
 		 356 aa  52.8  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1382  permease  25.17 
 
 		 362 aa  52.8  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.462669  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  23.11 
 
 		 348 aa  52.8  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  24.8 
 
 		 364 aa  52.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  23.55 
 
 		 344 aa  52.4  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  23.86 
 
 		 353 aa  52.4  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3823  permease  30.08 
 
 		 358 aa  52  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2338  permease  30.08 
 
 		 358 aa  52  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.677868  normal  0.0877008 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3410  permease  32.56 
 
 		 474 aa  51.2  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  28.37 
 
 		 307 aa  51.2  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  20.48 
 
 		 363 aa  50.8  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  25.18 
 
 		 351 aa  50.8  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  22.22 
 
 		 363 aa  50.1  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  27.59 
 
 		 316 aa  50.1  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05267  hypothetical protein  31.07 
 
 		 378 aa  49.7  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  22.34 
 
 		 350 aa  50.1  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  22.54 
 
 		 350 aa  48.9  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0503  hypothetical protein  32.43 
 
 		 358 aa  49.3  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  24.6 
 
 		 381 aa  49.3  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0443  permease  34.56 
 
 		 497 aa  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3415  permease  25.9 
 
 		 351 aa  48.5  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  25.52 
 
 		 331 aa  47.8  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0045  putative permease  24.41 
 
 		 297 aa  48.1  0.0004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.151776  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0044  permease family protein  24.41 
 
 		 297 aa  48.1  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3582  permease  32.5 
 
 		 501 aa  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  22.34 
 
 		 356 aa  47.8  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  26.85 
 
 		 311 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  19.41 
 
 		 336 aa  47.8  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0447  permease  32.77 
 
 		 496 aa  47.8  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0495  permease  34.68 
 
 		 510 aa  47.4  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1797  permease  27.14 
 
 		 406 aa  47.4  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000323943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  24.73 
 
 		 332 aa  47.4  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3859  permease  19.86 
 
 		 300 aa  47.4  0.0007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.210987  normal  0.0366228 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  21.54 
 
 		 330 aa  47.4  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  24.83 
 
 		 331 aa  47  0.0008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0665  conserved hypothetical integral membrane protein (DUF318 domain protein)  37.04 
 
 		 324 aa  46.6  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  27.66 
 
 		 331 aa  46.2  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1725  permease  22.29 
 
 		 337 aa  46.2  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  26.6 
 
 		 331 aa  46.2  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  21.55 
 
 		 363 aa  46.6  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  22.76 
 
 		 332 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0444  hypothetical protein  34.62 
 
 		 491 aa  46.2  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  24.83 
 
 		 331 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  22.76 
 
 		 332 aa  46.6  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0721  permease  29.92 
 
 		 302 aa  46.2  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  24.83 
 
 		 331 aa  47  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0422  permease  33.65 
 
 		 503 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4034  permease  33.65 
 
 		 500 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3911  permease  33.65 
 
 		 513 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3838  permease  33.65 
 
 		 511 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.446121 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  22.18 
 
 		 315 aa  45.4  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3399  permease  32.21 
 
 		 495 aa  45.4  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0580  hypothetical protein  26.03 
 
 		 475 aa  45.1  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  24.83 
 
 		 331 aa  44.7  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  23.2 
 
 		 349 aa  44.7  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1966  hypothetical protein  26.85 
 
 		 378 aa  44.3  0.005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  32.61 
 
 		 451 aa  44.7  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  22.09 
 
 		 352 aa  44.3  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  22.67 
 
 		 367 aa  44.3  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1730  permease, putative  20.07 
 
 		 315 aa  44.3  0.006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.157468  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  21.12 
 
 		 353 aa  43.5  0.01  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3409  permease  34.82 
 
 		 509 aa  43.5  0.01  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>