226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0444 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0444  hypothetical protein  100 
 
 		 491 aa  981    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4034  permease  76.31 
 
 		 500 aa  724    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3399  permease  84.43 
 
 		 495 aa  798    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3911  permease  77.07 
 
 		 513 aa  736    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0434  permease  68.01 
 
 		 461 aa  638    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3838  permease  76.88 
 
 		 511 aa  737    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.446121 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0447  permease  86.29 
 
 		 496 aa  821    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3582  permease  84.43 
 
 		 501 aa  815    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0443  permease  86.12 
 
 		 497 aa  800    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0422  permease  77.25 
 
 		 503 aa  735    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3410  permease  63.92 
 
 		 474 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0446  permease  64.52 
 
 		 433 aa  590  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302988 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0495  permease  63.11 
 
 		 510 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3409  permease  62.83 
 
 		 509 aa  569  1e-161  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0298  permease  61.1 
 
 		 423 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0397  hypothetical protein  61.22 
 
 		 490 aa  531  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0580  hypothetical protein  34.72 
 
 		 475 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  37.33 
 
 		 451 aa  251  2e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1997  permease  42.21 
 
 		 365 aa  194  4e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4074  putative permease  42.38 
 
 		 366 aa  167  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03565  permease  55.14 
 
 		 391 aa  167  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  56.59 
 
 		 402 aa  150  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1797  permease  56 
 
 		 406 aa  150  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000323943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  42.39 
 
 		 356 aa  146  7.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  50.72 
 
 		 357 aa  144  5e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  52.27 
 
 		 358 aa  143  9e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  45.34 
 
 		 363 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  50.77 
 
 		 352 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2651  permease  48.15 
 
 		 355 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371621 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1382  permease  47.33 
 
 		 362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.462669  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0757  permease  55.45 
 
 		 367 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1966  hypothetical protein  48.23 
 
 		 378 aa  130  7.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0526  permease  52.17 
 
 		 350 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6834  permease  34.48 
 
 		 620 aa  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  34.72 
 
 		 368 aa  87  6e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0503  hypothetical protein  22.63 
 
 		 358 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3823  permease  21.97 
 
 		 358 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2338  permease  21.97 
 
 		 358 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.677868  normal  0.0877008 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  33.59 
 
 		 363 aa  72.8  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0907  permease  37.7 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000511133  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3596  hypothetical protein  22.84 
 
 		 373 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05267  hypothetical protein  20.14 
 
 		 378 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  22.3 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1544  hypothetical protein  23.43 
 
 		 213 aa  67  0.0000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000224631  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1730  permease, putative  21.71 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.157468  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0785  hypothetical protein  32.79 
 
 		 300 aa  62  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000784162 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  31.5 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  36.45 
 
 		 363 aa  60.8  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3634  permease  34.33 
 
 		 714 aa  60.5  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3654  permease  29.87 
 
 		 341 aa  60.1  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839158  normal  0.0586592 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0563  permease  30.43 
 
 		 633 aa  60.1  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2907  hypothetical protein  30.43 
 
 		 611 aa  58.9  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  26.72 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1904  permease  30.83 
 
 		 433 aa  57.8  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.560761  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0523  permease  28.67 
 
 		 373 aa  57.8  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2877  permease  32.26 
 
 		 390 aa  57.8  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  27.49 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  27.33 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2236  permease  34.62 
 
 		 526 aa  56.6  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  27.98 
 
 		 318 aa  56.6  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0047  permease  27.91 
 
 		 524 aa  56.6  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000898812  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1359  permease  33.9 
 
 		 323 aa  55.5  0.000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  25.24 
 
 		 332 aa  55.5  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2078  permease  33.71 
 
 		 354 aa  54.7  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1859  permease  28.77 
 
 		 342 aa  55.1  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0804038  hitchhiker  0.00708379 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  28.93 
 
 		 354 aa  55.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  30.58 
 
 		 315 aa  55.1  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_877  permease  28.44 
 
 		 343 aa  54.7  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  41.38 
 
 		 322 aa  54.7  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  31.75 
 
 		 324 aa  54.7  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  30.49 
 
 		 330 aa  54.3  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  28.93 
 
 		 354 aa  53.9  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0184  hypothetical protein  33.64 
 
 		 437 aa  53.9  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3199  permease  32.82 
 
 		 370 aa  53.5  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2028  permease  31.68 
 
 		 380 aa  53.1  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0721  permease  23.49 
 
 		 302 aa  53.1  0.00001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1540  permease  28.3 
 
 		 298 aa  53.1  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000982093  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3797  putative permease  27.01 
 
 		 333 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.236031 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2152  hypothetical protein  27.36 
 
 		 298 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0383281  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2120  hypothetical protein  27.36 
 
 		 298 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.548967  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1904  hypothetical protein  27.36 
 
 		 298 aa  52.4  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000637927  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1867  permease  27.36 
 
 		 298 aa  52.4  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000789875  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1857  permease  27.36 
 
 		 298 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000013234  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  33.66 
 
 		 359 aa  52  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2051  hypothetical protein  27.36 
 
 		 298 aa  52.4  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.448592  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  26.63 
 
 		 307 aa  52.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2084  hypothetical protein  27.36 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1901  permease  27.36 
 
 		 298 aa  52.4  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00015094  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3415  permease  28.57 
 
 		 351 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0586  capsule polysaccharide transport  33.96 
 
 		 348 aa  52.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29321  permease  33.33 
 
 		 318 aa  52.8  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03018  predicted permease  26.79 
 
 		 346 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0554  permease  26.79 
 
 		 346 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3343  putative permease  26.79 
 
 		 346 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3621  putative permease  26.79 
 
 		 346 aa  51.6  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4470  putative permease  26.79 
 
 		 346 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  31.93 
 
 		 315 aa  51.6  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0547  permease  26.79 
 
 		 346 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.713723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  29.58 
 
 		 370 aa  51.6  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3268  hypothetical protein  27.36 
 
 		 298 aa  52  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.685443  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>