204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0563 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2907  hypothetical protein  80.85 
 
 
611 aa  978    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0563  permease  100 
 
 
633 aa  1273    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0158  permease  29.26 
 
 
343 aa  102  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  24.76 
 
 
323 aa  92  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  22.4 
 
 
323 aa  91.7  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  24.46 
 
 
335 aa  92  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  22.1 
 
 
337 aa  90.1  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  28.67 
 
 
308 aa  89.7  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  28.69 
 
 
331 aa  89  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  26.57 
 
 
331 aa  88.2  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  28.69 
 
 
331 aa  88.2  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  28.67 
 
 
301 aa  87.8  5e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  23.43 
 
 
318 aa  87.8  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  28.33 
 
 
331 aa  87.4  8e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  28.33 
 
 
331 aa  87  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  28.33 
 
 
331 aa  87  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  23.57 
 
 
331 aa  85.5  0.000000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  23.2 
 
 
311 aa  85.5  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  21.58 
 
 
337 aa  84.3  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  25.14 
 
 
356 aa  84.7  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  25.86 
 
 
331 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  24.53 
 
 
332 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0907  permease  23.68 
 
 
298 aa  82  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000511133  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  24.53 
 
 
332 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  24.36 
 
 
348 aa  81.3  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  22.97 
 
 
363 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  23.91 
 
 
332 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  25.34 
 
 
353 aa  79  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0586  capsule polysaccharide transport  25.58 
 
 
348 aa  78.6  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1725  permease  26.25 
 
 
337 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0298  permease  23.62 
 
 
423 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  24.35 
 
 
330 aa  77.4  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  23.72 
 
 
352 aa  77.4  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  25.34 
 
 
364 aa  77.4  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  22.51 
 
 
337 aa  77  0.0000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  24.33 
 
 
349 aa  77  0.0000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  24.41 
 
 
366 aa  77  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  25.68 
 
 
330 aa  76.6  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  24.74 
 
 
293 aa  77  0.000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  24.41 
 
 
366 aa  75.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  22.47 
 
 
368 aa  75.9  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  22.63 
 
 
351 aa  75.1  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  23.41 
 
 
344 aa  75.5  0.000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3859  permease  30.34 
 
 
300 aa  75.1  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.210987  normal  0.0366228 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  23.25 
 
 
356 aa  73.9  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  24.84 
 
 
322 aa  73.9  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  22.22 
 
 
315 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  24.15 
 
 
348 aa  73.6  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0714  permease  22.15 
 
 
300 aa  73.6  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.846704  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  22.9 
 
 
363 aa  73.2  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  24.83 
 
 
336 aa  72.4  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  23.72 
 
 
341 aa  72.8  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  23.68 
 
 
363 aa  72.4  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  22.81 
 
 
321 aa  72.4  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0849  permease  24.65 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000568724 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  22.59 
 
 
337 aa  71.2  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  23.05 
 
 
315 aa  70.9  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  21.23 
 
 
319 aa  69.7  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1540  permease  22.78 
 
 
298 aa  70.1  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000982093  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  22.03 
 
 
354 aa  70.5  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  22.04 
 
 
338 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  21.41 
 
 
350 aa  69.7  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  26.57 
 
 
318 aa  69.7  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3208  permease  23.46 
 
 
350 aa  69.7  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.757693  normal  0.643119 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3654  permease  21.69 
 
 
341 aa  68.9  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839158  normal  0.0586592 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3807  permease  24.47 
 
 
362 aa  69.7  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.158248 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2640  permease  21.64 
 
 
323 aa  68.6  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0045  putative permease  21.36 
 
 
297 aa  68.6  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.151776  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  22.6 
 
 
377 aa  68.6  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1730  permease, putative  21.69 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.157468  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  22.22 
 
 
367 aa  68.2  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  22.47 
 
 
350 aa  68.2  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4808  permease  22.96 
 
 
350 aa  67.8  0.0000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  21.64 
 
 
381 aa  66.6  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0044  permease family protein  21.36 
 
 
297 aa  67  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  25.16 
 
 
316 aa  66.6  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  25.57 
 
 
349 aa  66.6  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0584  permease, putative  24.67 
 
 
312 aa  66.2  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4946  permease  23.8 
 
 
341 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.999953 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  22.36 
 
 
357 aa  65.5  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  21.52 
 
 
352 aa  65.1  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3268  hypothetical protein  23.26 
 
 
298 aa  65.1  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.685443  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3797  putative permease  22.73 
 
 
333 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.236031 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0751  permease  23.65 
 
 
318 aa  65.1  0.000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1506  permease  23.48 
 
 
343 aa  64.7  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1479  permease  23.48 
 
 
343 aa  64.7  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  24.48 
 
 
304 aa  64.3  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  21.95 
 
 
345 aa  64.3  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0785  hypothetical protein  25.89 
 
 
300 aa  64.3  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.000784162 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  24.41 
 
 
352 aa  64.3  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  21.9 
 
 
402 aa  64.3  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2041  hypothetical protein  23.08 
 
 
298 aa  64.3  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0774693  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1997  permease  21.38 
 
 
365 aa  63.9  0.000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2084  hypothetical protein  23.08 
 
 
298 aa  63.9  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1109  permease  20.58 
 
 
284 aa  63.9  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0173  hypothetical protein  23.14 
 
 
300 aa  63.9  0.000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.589564  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  23.75 
 
 
353 aa  63.9  0.000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  20.89 
 
 
334 aa  63.9  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3620  permease  21.13 
 
 
351 aa  63.9  0.000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  19.03 
 
 
315 aa  63.9  0.000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>