220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_877 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_877  permease  100 
 
 		 343 aa  661    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1006  permease, putative  89.5 
 
 		 343 aa  551  1e-156  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0459509  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0893  permease  90.38 
 
 		 343 aa  525  1e-148  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0556  permease  49.44 
 
 		 390 aa  311  6.999999999999999e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0378038  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0944  transporter  44.9 
 
 		 347 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1323  permease  47.44 
 
 		 389 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2072  permease  47.44 
 
 		 392 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1107  permease  47.14 
 
 		 350 aa  296  3e-79  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1748  permease  48.21 
 
 		 362 aa  293  2e-78  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000179413  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1802  permease  48.07 
 
 		 362 aa  293  3e-78  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1485  permease  49.58 
 
 		 393 aa  293  3e-78  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.363242  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2877  permease  48.73 
 
 		 390 aa  291  9e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0828  permease  47.4 
 
 		 361 aa  291  1e-77  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000427926  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0456  permease  45.74 
 
 		 367 aa  285  9e-76  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.349904  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0862  permease  46.02 
 
 		 356 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.254841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1899  permease  48.15 
 
 		 350 aa  277  2e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0816  membrane protein-like protein  45.92 
 
 		 357 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.435771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1478  permease  46.26 
 
 		 389 aa  272  7e-72  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.177676  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20090  permease  47.88 
 
 		 393 aa  271  1e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0753  permease  45.89 
 
 		 389 aa  268  1e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0377989 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0184  hypothetical protein  42.05 
 
 		 437 aa  261  1e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  45.71 
 
 		 359 aa  260  3e-68  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0664  permease  41.84 
 
 		 386 aa  252  8.000000000000001e-66  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.7223  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1904  permease  40.83 
 
 		 433 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.560761  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0016  permease  44.03 
 
 		 359 aa  235  8e-61  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3597  permease  54.17 
 
 		 461 aa  182  8.000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.755829  normal  0.306889 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1323  permease  43.16 
 
 		 452 aa  153  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1855  permease  52.14 
 
 		 489 aa  143  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.146115  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0701  permease  47.88 
 
 		 479 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  27.48 
 
 		 402 aa  93.2  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  24.17 
 
 		 348 aa  93.2  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  26.32 
 
 		 368 aa  91.3  2e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  25.15 
 
 		 294 aa  90.5  4e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  24.91 
 
 		 321 aa  89.7  7e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  25.87 
 
 		 363 aa  89  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  23.12 
 
 		 332 aa  88.6  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  24.46 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  20.49 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  23.26 
 
 		 348 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  25.84 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0503  hypothetical protein  22.42 
 
 		 358 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  25.57 
 
 		 358 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  25.08 
 
 		 357 aa  83.6  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  23.55 
 
 		 344 aa  82.4  0.000000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1997  permease  25.68 
 
 		 365 aa  81.6  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  22.32 
 
 		 356 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  23.48 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  21.78 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  21.18 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  21.75 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2338  permease  22.87 
 
 		 358 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.677868  normal  0.0877008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3823  permease  22.87 
 
 		 358 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03565  permease  26.97 
 
 		 391 aa  79.3  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  23.95 
 
 		 324 aa  79  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  23.69 
 
 		 351 aa  77.8  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  22.96 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  22.36 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  23.71 
 
 		 353 aa  77.8  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  23.14 
 
 		 345 aa  77.8  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  23.14 
 
 		 345 aa  77.8  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  22.8 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  22.59 
 
 		 349 aa  77  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  21.24 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  23.33 
 
 		 349 aa  76.6  0.0000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08200  permease  21.43 
 
 		 345 aa  77  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119775  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  25.8 
 
 		 356 aa  76.6  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  22.56 
 
 		 354 aa  76.6  0.0000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  22.75 
 
 		 352 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  23.08 
 
 		 356 aa  76.3  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  21.71 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  23.77 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  24.24 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  24.13 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  24.11 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2640  permease  23.2 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  23.59 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  21.58 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  24.76 
 
 		 352 aa  73.6  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  25 
 
 		 370 aa  73.2  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  21.21 
 
 		 367 aa  72.8  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  21.22 
 
 		 353 aa  72  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  20.89 
 
 		 338 aa  72  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  21.67 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  21.28 
 
 		 341 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05267  hypothetical protein  21.55 
 
 		 378 aa  71.2  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  23.4 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1935  permease  24.59 
 
 		 353 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  23.26 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3596  hypothetical protein  20.45 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  24.02 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  22.15 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0147  putative permease  22.44 
 
 		 359 aa  69.7  0.00000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  24.53 
 
 		 323 aa  69.3  0.00000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  21.58 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  22.36 
 
 		 331 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  21.93 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  22.32 
 
 		 353 aa  68.9  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0173  hypothetical protein  22.63 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.589564  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  22.32 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  21.95 
 
 		 352 aa  68.2  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>