249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3641 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3641  permease  100 
 
 		 348 aa  680    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  88.79 
 
 		 348 aa  608  1e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  80.84 
 
 		 345 aa  541  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  69.47 
 
 		 354 aa  444  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  70.4 
 
 		 354 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  68.39 
 
 		 352 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  69.42 
 
 		 351 aa  426  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  67.17 
 
 		 341 aa  426  1e-118  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  66.98 
 
 		 353 aa  425  1e-118  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1645  permease  64.47 
 
 		 350 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  67.52 
 
 		 344 aa  420  1e-116  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3415  permease  66.09 
 
 		 351 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  64.08 
 
 		 350 aa  416  9.999999999999999e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  66.25 
 
 		 350 aa  416  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  62.8 
 
 		 356 aa  411  1e-114  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  61.7 
 
 		 351 aa  412  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  61.78 
 
 		 367 aa  414  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  68.12 
 
 		 364 aa  413  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  62.96 
 
 		 330 aa  409  1e-113  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1935  permease  66.27 
 
 		 353 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1783  permease  66.36 
 
 		 362 aa  411  1e-113  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  65.61 
 
 		 377 aa  404  1.0000000000000001e-112  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  60.55 
 
 		 352 aa  401  1e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  61.06 
 
 		 352 aa  401  9.999999999999999e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  61.16 
 
 		 353 aa  401  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  63.69 
 
 		 381 aa  396  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  59.82 
 
 		 363 aa  393  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  63.78 
 
 		 366 aa  391  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3620  permease  58.33 
 
 		 351 aa  390  1e-107  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  66.67 
 
 		 366 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4076  permease  67.62 
 
 		 349 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0164237  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  60.07 
 
 		 315 aa  358  7e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  60.13 
 
 		 315 aa  351  1e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  60.13 
 
 		 315 aa  345  8.999999999999999e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  58.39 
 
 		 315 aa  344  2e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  58.05 
 
 		 315 aa  342  4e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  53.47 
 
 		 349 aa  325  5e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  56.67 
 
 		 317 aa  324  1e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0857  permease  59.73 
 
 		 315 aa  324  1e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.398013  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2181  permease  49.01 
 
 		 319 aa  318  1e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000463978  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  54.88 
 
 		 324 aa  310  2e-83  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  47.99 
 
 		 323 aa  301  2e-80  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2640  permease  48.36 
 
 		 323 aa  300  2e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  51.86 
 
 		 318 aa  300  3e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  52.2 
 
 		 322 aa  299  5e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  49.55 
 
 		 349 aa  298  7e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  45.95 
 
 		 336 aa  295  9e-79  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1408  permease  51.27 
 
 		 332 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  48.24 
 
 		 331 aa  292  5e-78  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  48.45 
 
 		 319 aa  290  2e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  49.03 
 
 		 321 aa  288  1e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  47.47 
 
 		 334 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  44.3 
 
 		 323 aa  279  6e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  48.67 
 
 		 337 aa  278  9e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1870  permease  46.08 
 
 		 319 aa  276  3e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.788351  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  44.19 
 
 		 338 aa  268  1e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  47.19 
 
 		 370 aa  267  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  46.03 
 
 		 337 aa  266  5e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  42.99 
 
 		 354 aa  265  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  39.33 
 
 		 335 aa  260  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0751  permease  47.32 
 
 		 318 aa  258  1e-67  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  41.98 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  44.85 
 
 		 338 aa  257  2e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1204  permease  46.36 
 
 		 318 aa  252  6e-66  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0819  permease  45.72 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.350869  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  38.96 
 
 		 331 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  38.15 
 
 		 331 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  44.23 
 
 		 337 aa  250  3e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  37.85 
 
 		 331 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  38.65 
 
 		 331 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  37.85 
 
 		 331 aa  249  7e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  37.82 
 
 		 336 aa  247  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  36.92 
 
 		 331 aa  247  3e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  38.39 
 
 		 332 aa  245  8e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  36.62 
 
 		 331 aa  245  9e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  43.49 
 
 		 337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1725  permease  37.2 
 
 		 337 aa  240  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  38.06 
 
 		 332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  38.06 
 
 		 332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  36.69 
 
 		 330 aa  238  9e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1442  permease  39.48 
 
 		 371 aa  236  4e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1109  permease  44.53 
 
 		 284 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  36.79 
 
 		 338 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0589  permease  37.66 
 
 		 332 aa  219  3.9999999999999997e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1810  permease  37.05 
 
 		 328 aa  213  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  38.59 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  38.7 
 
 		 318 aa  203  4e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0849  permease  34.19 
 
 		 316 aa  201  1.9999999999999998e-50  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000568724 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  37.25 
 
 		 318 aa  185  8e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  32.29 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  29.59 
 
 		 356 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  30.79 
 
 		 316 aa  169  5e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  31.7 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  31.42 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  30.09 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08200  permease  30.09 
 
 		 345 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119775  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  30.19 
 
 		 311 aa  162  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  32.28 
 
 		 304 aa  162  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  29.48 
 
 		 345 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  29.48 
 
 		 345 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>