228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3620 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3620  permease  100 
 
 
351 aa  676    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  84.29 
 
 
351 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  75.28 
 
 
352 aa  533  1e-150  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  63.92 
 
 
364 aa  404  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  59.04 
 
 
356 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  58.21 
 
 
353 aa  401  1e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  56.94 
 
 
353 aa  401  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  61.81 
 
 
344 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  62.3 
 
 
352 aa  400  9.999999999999999e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1783  permease  59.27 
 
 
362 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  63.04 
 
 
350 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  60.06 
 
 
345 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  61.83 
 
 
366 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  63.82 
 
 
350 aa  397  1e-109  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  58.4 
 
 
351 aa  393  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  59.1 
 
 
341 aa  392  1e-108  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  56.43 
 
 
363 aa  392  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  56.93 
 
 
367 aa  393  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  61.56 
 
 
354 aa  388  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  62.39 
 
 
377 aa  390  1e-107  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  60.88 
 
 
315 aa  388  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  62.85 
 
 
324 aa  391  1e-107  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  61.25 
 
 
354 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  60.49 
 
 
381 aa  386  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  62.86 
 
 
366 aa  385  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  59.02 
 
 
330 aa  387  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  58.33 
 
 
348 aa  381  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  58.17 
 
 
352 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  56.61 
 
 
348 aa  379  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  59.94 
 
 
315 aa  369  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1645  permease  59.63 
 
 
350 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3415  permease  56.9 
 
 
351 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  56.15 
 
 
315 aa  364  2e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  59.12 
 
 
317 aa  360  1e-98  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  55.21 
 
 
315 aa  360  2e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  58.04 
 
 
315 aa  352  4e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2640  permease  52.98 
 
 
323 aa  350  2e-95  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1935  permease  56.97 
 
 
353 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4076  permease  61.56 
 
 
349 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0164237  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  49.84 
 
 
319 aa  329  5.0000000000000004e-89  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  50.63 
 
 
323 aa  328  7e-89  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0857  permease  55.84 
 
 
315 aa  328  7e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.398013  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  50.63 
 
 
323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  51.72 
 
 
318 aa  324  1e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  55.16 
 
 
349 aa  325  1e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2181  permease  50.48 
 
 
319 aa  323  4e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000463978  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  54.13 
 
 
349 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  49.84 
 
 
322 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1870  permease  50 
 
 
319 aa  300  2e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.788351  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  50.97 
 
 
321 aa  297  2e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  45.18 
 
 
336 aa  291  1e-77  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  50 
 
 
370 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  45.08 
 
 
334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0751  permease  49.36 
 
 
318 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1204  permease  48.62 
 
 
318 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0819  permease  49.52 
 
 
318 aa  282  5.000000000000001e-75  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.350869  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1408  permease  50.98 
 
 
332 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598043  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  46.11 
 
 
354 aa  276  5e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  43.69 
 
 
331 aa  275  6e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  45.7 
 
 
331 aa  275  6e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  43.69 
 
 
331 aa  275  7e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  43.69 
 
 
331 aa  275  8e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  43.38 
 
 
331 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  43.38 
 
 
331 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  43.38 
 
 
331 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  42.02 
 
 
335 aa  271  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  40.12 
 
 
332 aa  271  1e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1725  permease  42.02 
 
 
337 aa  271  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  42.9 
 
 
353 aa  270  4e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  41.1 
 
 
332 aa  270  4e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  41.1 
 
 
332 aa  270  4e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  42.46 
 
 
331 aa  268  1e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  42.41 
 
 
336 aa  266  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  46.38 
 
 
337 aa  266  5e-70  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  45.45 
 
 
337 aa  260  2e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  40.43 
 
 
330 aa  260  2e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1442  permease  40.83 
 
 
371 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  41.4 
 
 
338 aa  257  2e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1810  permease  41.05 
 
 
328 aa  253  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  41.72 
 
 
338 aa  249  5e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  40.98 
 
 
338 aa  249  5e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  44.92 
 
 
337 aa  245  8e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  44.59 
 
 
337 aa  243  3e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1109  permease  41.95 
 
 
284 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0589  permease  38.82 
 
 
332 aa  227  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0849  permease  35.29 
 
 
316 aa  216  5.9999999999999996e-55  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000568724 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  36.99 
 
 
318 aa  188  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  37.46 
 
 
318 aa  182  7e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  32.19 
 
 
308 aa  172  1e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  33.33 
 
 
301 aa  171  1e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  29.04 
 
 
311 aa  161  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  31.86 
 
 
307 aa  159  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  29.41 
 
 
332 aa  157  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  27.22 
 
 
356 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  29.88 
 
 
345 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  30.95 
 
 
306 aa  152  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  29.88 
 
 
345 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08200  permease  29.59 
 
 
345 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119775  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  30.65 
 
 
293 aa  151  2e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  29.1 
 
 
316 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>