221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1408 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1408  permease  100 
 
 
332 aa  646    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598043  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  67.28 
 
 
334 aa  419  1e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  57.96 
 
 
336 aa  403  1e-111  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  57.41 
 
 
331 aa  378  1e-104  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  59.42 
 
 
338 aa  372  1e-102  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  58.54 
 
 
337 aa  374  1e-102  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  58.13 
 
 
337 aa  355  7.999999999999999e-97  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  56.96 
 
 
337 aa  353  2e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  59.74 
 
 
338 aa  352  5.9999999999999994e-96  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  56.7 
 
 
337 aa  345  8.999999999999999e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1109  permease  59.93 
 
 
284 aa  343  2e-93  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  51.44 
 
 
318 aa  323  3e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  51.96 
 
 
348 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  51.16 
 
 
315 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  49.83 
 
 
315 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  52.98 
 
 
352 aa  306  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  51.27 
 
 
348 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  49.34 
 
 
345 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  51.97 
 
 
351 aa  300  2e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  48.84 
 
 
315 aa  295  7e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  47.25 
 
 
344 aa  295  1e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  47.52 
 
 
330 aa  294  2e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3620  permease  50.66 
 
 
351 aa  293  3e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  46.08 
 
 
356 aa  290  2e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  50.65 
 
 
322 aa  289  4e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  44.72 
 
 
323 aa  288  6e-77  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  49.06 
 
 
324 aa  288  9e-77  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  46.67 
 
 
349 aa  288  9e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  50.33 
 
 
315 aa  287  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  47.39 
 
 
350 aa  287  2e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  48.34 
 
 
381 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  50 
 
 
317 aa  286  4e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  46.23 
 
 
364 aa  286  4e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  48.69 
 
 
341 aa  285  5.999999999999999e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  47.52 
 
 
350 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  47.19 
 
 
352 aa  283  3.0000000000000004e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  48.18 
 
 
352 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  50 
 
 
315 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  46.67 
 
 
367 aa  283  4.0000000000000003e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  47.51 
 
 
353 aa  282  5.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  45.45 
 
 
353 aa  282  5.000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  48.68 
 
 
354 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  48.68 
 
 
354 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0857  permease  49.5 
 
 
315 aa  279  4e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.398013  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  46.84 
 
 
351 aa  278  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1783  permease  48.51 
 
 
362 aa  276  3e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3415  permease  47.3 
 
 
351 aa  275  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2181  permease  44.59 
 
 
319 aa  275  9e-73  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000463978  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  46.38 
 
 
363 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  42.55 
 
 
323 aa  273  3e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1204  permease  47.53 
 
 
318 aa  273  3e-72  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  46.75 
 
 
321 aa  272  6e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0751  permease  47.53 
 
 
318 aa  269  5e-71  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  47.54 
 
 
377 aa  267  2e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0819  permease  46.6 
 
 
318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.350869  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  46.08 
 
 
366 aa  265  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1645  permease  47.23 
 
 
350 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  45.75 
 
 
366 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  48.51 
 
 
349 aa  260  3e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  41.67 
 
 
319 aa  257  2e-67  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4076  permease  47.7 
 
 
349 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0164237  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  49.01 
 
 
370 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1870  permease  41.59 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.788351  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1935  permease  47.85 
 
 
353 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  43.6 
 
 
354 aa  249  6e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  40.13 
 
 
335 aa  246  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2640  permease  42.52 
 
 
323 aa  243  3e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  41.56 
 
 
331 aa  241  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  41.88 
 
 
331 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  39.94 
 
 
332 aa  239  4e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  41.23 
 
 
331 aa  239  4e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  41.23 
 
 
331 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  41.23 
 
 
331 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  38.94 
 
 
330 aa  238  9e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  42.14 
 
 
353 aa  238  1e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  41.56 
 
 
331 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  41.23 
 
 
331 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  40.58 
 
 
332 aa  236  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  40.58 
 
 
332 aa  236  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1725  permease  39.68 
 
 
337 aa  229  4e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1810  permease  39.93 
 
 
328 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1442  permease  40.56 
 
 
371 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  37.58 
 
 
336 aa  223  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  38.91 
 
 
338 aa  219  6e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0589  permease  37.79 
 
 
332 aa  204  1e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  38.8 
 
 
318 aa  199  7e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0849  permease  34.09 
 
 
316 aa  199  7.999999999999999e-50  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000568724 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  35.62 
 
 
318 aa  172  5e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  31.4 
 
 
311 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  32.99 
 
 
301 aa  155  6e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  30.61 
 
 
308 aa  149  6e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  31.14 
 
 
293 aa  147  3e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0357  permease  34.19 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  28.43 
 
 
316 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  29.47 
 
 
306 aa  138  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0315  permease  29.2 
 
 
296 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  27.97 
 
 
304 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  27.1 
 
 
332 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3797  putative permease  30.45 
 
 
333 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.236031 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  27.59 
 
 
307 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>