245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1427 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  100 
 
 		 322 aa  631  1e-180  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  57.78 
 
 		 321 aa  345  4e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1870  permease  51.89 
 
 		 319 aa  338  9e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.788351  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  50.98 
 
 		 344 aa  319  3e-86  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  52.72 
 
 		 351 aa  317  2e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  50.16 
 
 		 315 aa  315  7e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  50.79 
 
 		 367 aa  315  9e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  50.48 
 
 		 315 aa  311  1e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  51.44 
 
 		 352 aa  310  2e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  51.3 
 
 		 356 aa  305  5.0000000000000004e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  51.14 
 
 		 350 aa  305  5.0000000000000004e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  48.89 
 
 		 315 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  50.97 
 
 		 341 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  46.96 
 
 		 323 aa  302  6.000000000000001e-81  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  49.68 
 
 		 353 aa  302  6.000000000000001e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  50.66 
 
 		 352 aa  301  7.000000000000001e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  51.79 
 
 		 363 aa  300  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  51.27 
 
 		 381 aa  300  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  52.03 
 
 		 348 aa  300  2e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  50.79 
 
 		 315 aa  297  1e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  50.67 
 
 		 350 aa  297  2e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3620  permease  48.89 
 
 		 351 aa  296  2e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  48.87 
 
 		 330 aa  295  8e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  46.01 
 
 		 323 aa  294  1e-78  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  48.14 
 
 		 331 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  48.45 
 
 		 331 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  46.32 
 
 		 335 aa  294  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  48.14 
 
 		 331 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  51.45 
 
 		 353 aa  293  3e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  48.25 
 
 		 318 aa  292  4e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  48.14 
 
 		 331 aa  292  5e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  47.83 
 
 		 331 aa  292  6e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  51.99 
 
 		 354 aa  292  6e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  51.66 
 
 		 354 aa  291  8e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  50.34 
 
 		 352 aa  291  1e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  51.75 
 
 		 317 aa  291  1e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  47.52 
 
 		 331 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0857  permease  51.1 
 
 		 315 aa  291  1e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.398013  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  52.03 
 
 		 348 aa  289  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  52.08 
 
 		 366 aa  288  6e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  47.2 
 
 		 331 aa  288  8e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  51.02 
 
 		 345 aa  287  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  51.76 
 
 		 366 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  49.36 
 
 		 364 aa  286  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  46.58 
 
 		 349 aa  286  4e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  43.64 
 
 		 332 aa  286  4e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1725  permease  45.4 
 
 		 337 aa  286  4e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1783  permease  51.46 
 
 		 362 aa  285  5e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3415  permease  50.64 
 
 		 351 aa  285  7e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  45.12 
 
 		 332 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  45.12 
 
 		 332 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  49.84 
 
 		 315 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1935  permease  50.79 
 
 		 353 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  46.73 
 
 		 338 aa  280  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  49.04 
 
 		 324 aa  279  5e-74  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  50.99 
 
 		 349 aa  276  3e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0589  permease  46.89 
 
 		 332 aa  276  3e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  44.72 
 
 		 336 aa  275  1.0000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1645  permease  50.99 
 
 		 350 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  47.65 
 
 		 351 aa  271  8.000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2181  permease  43.81 
 
 		 319 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000463978  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  48.24 
 
 		 370 aa  267  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1408  permease  50.65 
 
 		 332 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2640  permease  41.9 
 
 		 323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  40.32 
 
 		 319 aa  265  7e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1810  permease  44.41 
 
 		 328 aa  264  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  48.26 
 
 		 377 aa  264  2e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  42.46 
 
 		 330 aa  263  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  48.29 
 
 		 354 aa  263  3e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  43.14 
 
 		 331 aa  258  1e-67  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  43 
 
 		 336 aa  254  9e-67  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  43.09 
 
 		 334 aa  252  5.000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  42.09 
 
 		 338 aa  252  6e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  43.96 
 
 		 353 aa  248  1e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4076  permease  49.67 
 
 		 349 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0164237  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0751  permease  45.71 
 
 		 318 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1204  permease  44.76 
 
 		 318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  43.28 
 
 		 337 aa  243  3e-63  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0819  permease  45.08 
 
 		 318 aa  241  9e-63  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.350869  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  42.11 
 
 		 337 aa  240  2e-62  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  44.52 
 
 		 337 aa  239  4e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  42.76 
 
 		 338 aa  238  1e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1442  permease  42.12 
 
 		 371 aa  235  7e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  43.49 
 
 		 337 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1109  permease  40.38 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0849  permease  35.53 
 
 		 316 aa  209  4e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000568724 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  38.02 
 
 		 318 aa  192  5e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  33.33 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  36.11 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  30.13 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  31.08 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  32.88 
 
 		 293 aa  156  6e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  32.2 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  29.89 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  29.35 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  28.38 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  26.69 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  26.18 
 
 		 356 aa  146  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  28.26 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0357  permease  31.6 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>