152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1323 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1323  permease  100 
 
 		 452 aa  877    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1855  permease  68.08 
 
 		 489 aa  521  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.146115  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0701  permease  59.96 
 
 		 479 aa  412  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1904  permease  33.11 
 
 		 433 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.560761  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0944  transporter  48.15 
 
 		 347 aa  158  2e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_877  permease  35.89 
 
 		 343 aa  156  6e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1006  permease, putative  35.89 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0459509  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0862  permease  42.11 
 
 		 356 aa  147  3e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.254841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1107  permease  42.49 
 
 		 350 aa  145  2e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20090  permease  48.53 
 
 		 393 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2877  permease  45.34 
 
 		 390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0893  permease  39.35 
 
 		 343 aa  139  8.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0816  membrane protein-like protein  49.32 
 
 		 357 aa  139  1e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.435771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1478  permease  48.57 
 
 		 389 aa  137  5e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.177676  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1802  permease  43.37 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1323  permease  46.04 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2072  permease  46.04 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1748  permease  43.37 
 
 		 362 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000179413  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0184  hypothetical protein  50 
 
 		 437 aa  134  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1485  permease  45.59 
 
 		 393 aa  134  3e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.363242  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1899  permease  41.58 
 
 		 350 aa  134  3.9999999999999996e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  44.59 
 
 		 359 aa  133  5e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0828  permease  43.03 
 
 		 361 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000427926  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0556  permease  47.1 
 
 		 390 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0378038  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0016  permease  53.15 
 
 		 359 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3597  permease  47.69 
 
 		 461 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.755829  normal  0.306889 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0456  permease  42.77 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.349904  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0753  permease  40.96 
 
 		 389 aa  126  8.000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0377989 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0664  permease  35.84 
 
 		 386 aa  120  4.9999999999999996e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.7223  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  24.83 
 
 		 451 aa  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  30 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  31.4 
 
 		 336 aa  58.9  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  32.71 
 
 		 356 aa  57.4  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  24.06 
 
 		 294 aa  55.5  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2338  permease  25.84 
 
 		 358 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.677868  normal  0.0877008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3823  permease  25.84 
 
 		 358 aa  55.8  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4034  permease  22.85 
 
 		 500 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0526  permease  35.43 
 
 		 350 aa  54.7  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3911  permease  22.01 
 
 		 513 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  32.54 
 
 		 352 aa  53.9  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  30.41 
 
 		 321 aa  53.5  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  28.78 
 
 		 358 aa  53.1  0.000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  30.23 
 
 		 357 aa  53.1  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  33.33 
 
 		 306 aa  52.8  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  30.57 
 
 		 318 aa  52  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  32.2 
 
 		 315 aa  52.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  27.1 
 
 		 356 aa  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  28.26 
 
 		 323 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0443  permease  21.72 
 
 		 497 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  29.84 
 
 		 338 aa  51.2  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  22.49 
 
 		 332 aa  51.6  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  26.4 
 
 		 335 aa  51.6  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1966  hypothetical protein  29.01 
 
 		 378 aa  51.2  0.00004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  27.03 
 
 		 293 aa  51.2  0.00004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  29.2 
 
 		 301 aa  51.2  0.00004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3838  permease  21.53 
 
 		 511 aa  50.4  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.446121 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1637  permease  32.14 
 
 		 354 aa  50.1  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577738 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  32.2 
 
 		 363 aa  50.1  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  29.1 
 
 		 356 aa  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  25 
 
 		 331 aa  50.1  0.00009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0503  hypothetical protein  23.36 
 
 		 358 aa  49.3  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  26.09 
 
 		 323 aa  49.7  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  28.45 
 
 		 337 aa  49.7  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  29.66 
 
 		 337 aa  49.7  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  30.11 
 
 		 316 aa  49.7  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  34.4 
 
 		 353 aa  49.3  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  33.88 
 
 		 350 aa  49.7  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03565  permease  27.19 
 
 		 391 aa  49.7  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  32.38 
 
 		 322 aa  48.9  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  31.25 
 
 		 341 aa  48.5  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1645  permease  28.81 
 
 		 350 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0447  permease  22.22 
 
 		 496 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1509  permease  32.52 
 
 		 352 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0642065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  30.23 
 
 		 315 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1570  permease  31.71 
 
 		 352 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.993908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  32.81 
 
 		 344 aa  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1113  permease  31.71 
 
 		 352 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1593  permease  31.71 
 
 		 352 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  27.05 
 
 		 332 aa  48.5  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  33.06 
 
 		 354 aa  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1644  permease  31.71 
 
 		 352 aa  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0444  hypothetical protein  21.26 
 
 		 491 aa  47.8  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4731  putative transporter  31.71 
 
 		 352 aa  47.8  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.908679  normal  0.675732 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  28.57 
 
 		 402 aa  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  26.89 
 
 		 319 aa  47.8  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3596  hypothetical protein  26.32 
 
 		 373 aa  47.8  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0580  hypothetical protein  28.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  36.46 
 
 		 352 aa  47.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  27.12 
 
 		 331 aa  47.4  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  28 
 
 		 352 aa  47.8  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6834  permease  25.36 
 
 		 620 aa  47.4  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  27.2 
 
 		 337 aa  47.4  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  29.52 
 
 		 304 aa  47.4  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  25.42 
 
 		 311 aa  47.4  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  27.96 
 
 		 345 aa  47  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  27.96 
 
 		 345 aa  47  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1489  permease  30.89 
 
 		 352 aa  47  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.283675  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  26.47 
 
 		 368 aa  47  0.0007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  29.46 
 
 		 315 aa  46.6  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1935  permease  31.25 
 
 		 353 aa  46.6  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>