153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1489 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A4731  putative transporter  96.02 
 
 		 352 aa  640    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.908679  normal  0.675732 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1113  permease  96.31 
 
 		 352 aa  642    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1489  permease  100 
 
 		 352 aa  686    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.283675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1593  permease  96.31 
 
 		 352 aa  642    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1509  permease  98.3 
 
 		 352 aa  678    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0642065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1570  permease  96.31 
 
 		 352 aa  642    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.993908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1644  permease  96.02 
 
 		 352 aa  634    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2489  transporter, putative  81.87 
 
 		 376 aa  546  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.408266  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1837  permease  81.02 
 
 		 353 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1850  putative permease  81.02 
 
 		 353 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1221  transporter, putative  80.74 
 
 		 353 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644067  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1706  putative transporter  80.74 
 
 		 353 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0363  putative transporter  80.74 
 
 		 353 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0798  putative transporter  80.74 
 
 		 353 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.399368  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3329  permease  76 
 
 		 350 aa  513  1e-144  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.598545 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1637  permease  74.79 
 
 		 354 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577738 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2557  membrane protein, YraQ- like  70.17 
 
 		 351 aa  474  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6565  permease  71.02 
 
 		 351 aa  474  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.200015  hitchhiker  0.00274163 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2005  hypothetical protein  82.39 
 
 		 301 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3343  putative permease  51.16 
 
 		 346 aa  308  8e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0554  permease  51.16 
 
 		 346 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0547  permease  51.16 
 
 		 346 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.713723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4470  putative permease  51.16 
 
 		 346 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0523  permease  50.14 
 
 		 373 aa  308  1.0000000000000001e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21531  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03018  predicted permease  50.87 
 
 		 346 aa  306  3e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3446  putative permease  51.17 
 
 		 346 aa  306  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02969  hypothetical protein  50.87 
 
 		 346 aa  306  3e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3621  putative permease  50.58 
 
 		 346 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3588  permease  49.71 
 
 		 345 aa  303  4.0000000000000003e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.573988  normal  0.197567 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2078  permease  49.69 
 
 		 354 aa  241  9e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  26.85 
 
 		 356 aa  70.9  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  23.44 
 
 		 363 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  22.97 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0944  transporter  25 
 
 		 347 aa  63.9  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  27.57 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  35.96 
 
 		 359 aa  62.8  0.000000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  25.58 
 
 		 352 aa  62.4  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  22.73 
 
 		 317 aa  62  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  25.64 
 
 		 363 aa  60.8  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  25.19 
 
 		 350 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  25.93 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0315  permease  22.88 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  25 
 
 		 353 aa  59.7  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  25.68 
 
 		 351 aa  59.7  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  23.66 
 
 		 331 aa  59.7  0.00000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  25.78 
 
 		 338 aa  57.8  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  26.67 
 
 		 353 aa  57.4  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1855  permease  29.12 
 
 		 489 aa  56.6  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.146115  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  26.09 
 
 		 364 aa  56.6  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  25.1 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  25.97 
 
 		 352 aa  56.2  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  26.97 
 
 		 345 aa  56.2  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  23.1 
 
 		 356 aa  55.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1748  permease  22.83 
 
 		 362 aa  55.5  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000179413  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  22.12 
 
 		 323 aa  54.7  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1870  permease  23.11 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.788351  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  24.89 
 
 		 349 aa  55.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  26.25 
 
 		 377 aa  54.3  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  24.81 
 
 		 350 aa  53.9  0.000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  24.71 
 
 		 341 aa  53.5  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  26.07 
 
 		 348 aa  53.5  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3620  permease  25.31 
 
 		 351 aa  53.5  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  24.42 
 
 		 324 aa  53.1  0.000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0862  permease  25.81 
 
 		 356 aa  52.8  0.000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.254841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  21.36 
 
 		 323 aa  52.4  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  24.07 
 
 		 330 aa  52.4  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1859  permease  31.15 
 
 		 342 aa  52.4  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0804038  hitchhiker  0.00708379 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  25.99 
 
 		 330 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  39.13 
 
 		 352 aa  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0828  permease  22.7 
 
 		 361 aa  51.6  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000427926  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  23.02 
 
 		 337 aa  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  22.22 
 
 		 334 aa  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  24.4 
 
 		 332 aa  50.8  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  25.75 
 
 		 349 aa  50.4  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1107  permease  22.71 
 
 		 350 aa  50.8  0.00004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  24.8 
 
 		 332 aa  50.4  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  20.73 
 
 		 336 aa  50.8  0.00004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  24.8 
 
 		 332 aa  50.4  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  23.55 
 
 		 354 aa  50.4  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  23.15 
 
 		 331 aa  50.4  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  21.71 
 
 		 337 aa  50.1  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0556  permease  35.29 
 
 		 390 aa  50.1  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0378038  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  26.47 
 
 		 301 aa  50.1  0.00006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  22.89 
 
 		 367 aa  49.7  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  23.83 
 
 		 351 aa  49.7  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  26.92 
 
 		 381 aa  49.7  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  26.89 
 
 		 354 aa  49.7  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0954  hypothetical protein  27.21 
 
 		 359 aa  49.3  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.416811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1323  permease  29.81 
 
 		 452 aa  48.9  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  22.82 
 
 		 315 aa  49.3  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  20.49 
 
 		 335 aa  49.3  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  23.65 
 
 		 311 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0397  hypothetical protein  22.6 
 
 		 490 aa  48.5  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0422  permease  25.18 
 
 		 503 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  22.69 
 
 		 331 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0584  permease, putative  27.95 
 
 		 312 aa  47.8  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  24.35 
 
 		 352 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2072  permease  35.56 
 
 		 392 aa  47.8  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  24.22 
 
 		 338 aa  47.8  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1323  permease  35.56 
 
 		 389 aa  47.8  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>