134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3329 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3329  permease  100 
 
 		 350 aa  682    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.598545 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4731  putative transporter  76.86 
 
 		 352 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.908679  normal  0.675732 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1113  permease  76.57 
 
 		 352 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1593  permease  76.57 
 
 		 352 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1570  permease  76.29 
 
 		 352 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.993908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1509  permease  74.29 
 
 		 352 aa  511  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0642065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1489  permease  74.86 
 
 		 352 aa  511  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.283675  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1644  permease  74.57 
 
 		 352 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1637  permease  74 
 
 		 354 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577738 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2489  transporter, putative  74.71 
 
 		 376 aa  476  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.408266  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1221  transporter, putative  74.13 
 
 		 353 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644067  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1706  putative transporter  74.13 
 
 		 353 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0363  putative transporter  74.13 
 
 		 353 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1837  permease  74.42 
 
 		 353 aa  473  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1850  putative permease  74.42 
 
 		 353 aa  473  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0798  putative transporter  74.13 
 
 		 353 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.399368  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2557  membrane protein, YraQ- like  68.77 
 
 		 351 aa  462  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6565  permease  69.34 
 
 		 351 aa  463  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.200015  hitchhiker  0.00274163 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2005  hypothetical protein  75.08 
 
 		 301 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0523  permease  49.71 
 
 		 373 aa  312  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21531  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03018  predicted permease  49.86 
 
 		 346 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02969  hypothetical protein  49.86 
 
 		 346 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3343  putative permease  49.86 
 
 		 346 aa  309  5e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0554  permease  49.86 
 
 		 346 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0547  permease  49.86 
 
 		 346 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.713723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4470  putative permease  49.86 
 
 		 346 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3446  putative permease  49.86 
 
 		 346 aa  308  9e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3621  putative permease  49.57 
 
 		 346 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3588  permease  48.41 
 
 		 345 aa  303  3.0000000000000004e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.573988  normal  0.197567 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2078  permease  47.5 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  25.95 
 
 		 344 aa  63.5  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  22.88 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  26.02 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  27.48 
 
 		 330 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  23.46 
 
 		 363 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  23.26 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  24.14 
 
 		 353 aa  61.2  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0816  membrane protein-like protein  23.92 
 
 		 357 aa  60.8  0.00000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.435771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  26.95 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  44.93 
 
 		 352 aa  60.1  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1870  permease  25.68 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.788351  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  22.92 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0315  permease  22 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  20.39 
 
 		 338 aa  58.9  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  22.87 
 
 		 317 aa  58.2  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  25.81 
 
 		 353 aa  58.2  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  23.72 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  24.01 
 
 		 350 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  24.6 
 
 		 352 aa  58.5  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  22.34 
 
 		 368 aa  57.8  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  25.48 
 
 		 351 aa  57.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  27.34 
 
 		 366 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0828  permease  25.1 
 
 		 361 aa  56.6  0.0000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000427926  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  24.6 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0862  permease  25.26 
 
 		 356 aa  56.2  0.0000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.254841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3620  permease  24.46 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  23.08 
 
 		 331 aa  55.8  0.0000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  25.53 
 
 		 341 aa  55.8  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  26.95 
 
 		 366 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  23.81 
 
 		 315 aa  54.7  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0944  transporter  23.81 
 
 		 347 aa  54.3  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  25.19 
 
 		 334 aa  54.3  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  24 
 
 		 315 aa  54.3  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  26.27 
 
 		 350 aa  53.9  0.000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  20.22 
 
 		 323 aa  53.9  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  21.38 
 
 		 367 aa  53.5  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  24.52 
 
 		 315 aa  52.8  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  24.45 
 
 		 306 aa  52.4  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  35.53 
 
 		 359 aa  51.6  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  23.35 
 
 		 364 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  20.72 
 
 		 337 aa  51.6  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1802  permease  23.64 
 
 		 362 aa  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  26.1 
 
 		 315 aa  51.2  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  21.31 
 
 		 311 aa  50.8  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  24.89 
 
 		 318 aa  50.8  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  24.07 
 
 		 377 aa  50.4  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1382  permease  29.57 
 
 		 362 aa  50.4  0.00005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.462669  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  22.81 
 
 		 318 aa  50.1  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  24.21 
 
 		 324 aa  50.1  0.00006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  20.39 
 
 		 338 aa  49.7  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  23.9 
 
 		 304 aa  49.7  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  26.89 
 
 		 308 aa  49.7  0.00008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1408  permease  24.81 
 
 		 332 aa  49.7  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  24 
 
 		 322 aa  48.9  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  24.53 
 
 		 381 aa  48.9  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0397  hypothetical protein  25.37 
 
 		 490 aa  48.9  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1855  permease  28.41 
 
 		 489 aa  49.3  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.146115  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  24.66 
 
 		 345 aa  48.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  25 
 
 		 321 aa  48.5  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0857  permease  22.59 
 
 		 315 aa  48.1  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.398013  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  26.32 
 
 		 348 aa  48.1  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1783  permease  23.97 
 
 		 362 aa  47.8  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1748  permease  22.75 
 
 		 362 aa  47.8  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000179413  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0751  permease  23.51 
 
 		 318 aa  47.4  0.0004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  22.52 
 
 		 315 aa  46.6  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  24.4 
 
 		 351 aa  46.6  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0434  permease  25.93 
 
 		 461 aa  46.6  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  35.21 
 
 		 451 aa  46.2  0.0007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1859  permease  29.37 
 
 		 342 aa  46.6  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0804038  hitchhiker  0.00708379 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  31.88 
 
 		 358 aa  46.2  0.0007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>