198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3597 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_3597  permease  100 
 
 
461 aa  915    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.755829  normal  0.306889 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1904  permease  63.72 
 
 
433 aa  513  1e-144  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.560761  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0184  hypothetical protein  61.7 
 
 
437 aa  504  1e-141  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0556  permease  58.39 
 
 
390 aa  463  1e-129  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0378038  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1323  permease  52.59 
 
 
389 aa  434  1e-120  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2072  permease  52.59 
 
 
392 aa  434  1e-120  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1478  permease  55.18 
 
 
389 aa  409  1e-113  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.177676  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1485  permease  54.23 
 
 
393 aa  410  1e-113  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.363242  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0753  permease  50.47 
 
 
389 aa  377  1e-103  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0377989 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2877  permease  50.23 
 
 
390 aa  372  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20090  permease  51.54 
 
 
393 aa  365  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0828  permease  36.52 
 
 
361 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000427926  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0862  permease  39.9 
 
 
356 aa  268  1e-70  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.254841  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1802  permease  37.44 
 
 
362 aa  262  8.999999999999999e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0816  membrane protein-like protein  37.78 
 
 
357 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.435771  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1107  permease  40.26 
 
 
350 aa  234  3e-60  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1899  permease  43.75 
 
 
350 aa  231  2e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  38.52 
 
 
359 aa  228  2e-58  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0456  permease  35.68 
 
 
367 aa  225  1e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.349904  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0016  permease  40.99 
 
 
359 aa  223  7e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0664  permease  39.52 
 
 
386 aa  220  3.9999999999999997e-56  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.7223  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1006  permease, putative  54.17 
 
 
343 aa  184  3e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0459509  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_877  permease  54.17 
 
 
343 aa  182  1e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1748  permease  41.84 
 
 
362 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000179413  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0893  permease  54.76 
 
 
343 aa  163  6e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0944  transporter  59.42 
 
 
347 aa  159  1e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1855  permease  49.23 
 
 
489 aa  133  7.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.146115  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1323  permease  47.69 
 
 
452 aa  126  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0701  permease  53.73 
 
 
479 aa  123  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1936  putative permease  51.95 
 
 
111 aa  89.4  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0118434  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  29.43 
 
 
368 aa  67  0.0000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0580  hypothetical protein  32.2 
 
 
475 aa  63.2  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  32.54 
 
 
294 aa  61.6  0.00000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0523  permease  33.81 
 
 
373 aa  60.8  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21531  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0298  permease  23.37 
 
 
423 aa  59.7  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  32.12 
 
 
363 aa  59.7  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1966  hypothetical protein  28.77 
 
 
378 aa  55.1  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  26.71 
 
 
316 aa  55.1  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0526  permease  31.73 
 
 
350 aa  55.1  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  32.37 
 
 
352 aa  54.3  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  33 
 
 
334 aa  53.9  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  30.61 
 
 
451 aa  53.5  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3446  putative permease  38.55 
 
 
346 aa  53.5  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1408  permease  31.63 
 
 
332 aa  53.1  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598043  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3621  putative permease  34.65 
 
 
346 aa  52.4  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  28.67 
 
 
349 aa  53.1  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  31.31 
 
 
331 aa  52.8  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  23.31 
 
 
307 aa  53.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0907  permease  28.24 
 
 
298 aa  52.8  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000511133  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  27.69 
 
 
332 aa  53.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03018  predicted permease  34.65 
 
 
346 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0554  permease  37.35 
 
 
346 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0503  hypothetical protein  24.81 
 
 
358 aa  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  30.33 
 
 
356 aa  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  26.14 
 
 
306 aa  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  30.3 
 
 
331 aa  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0547  permease  37.35 
 
 
346 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.713723  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3343  putative permease  37.35 
 
 
346 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4470  putative permease  37.35 
 
 
346 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0397  hypothetical protein  27.66 
 
 
490 aa  52.4  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02969  hypothetical protein  34.65 
 
 
346 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0721  permease  26.61 
 
 
302 aa  52  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  26.92 
 
 
304 aa  51.6  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  30.3 
 
 
331 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  30.3 
 
 
331 aa  51.6  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  30.3 
 
 
331 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  27.66 
 
 
348 aa  51.2  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  27.07 
 
 
335 aa  51.6  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  30.3 
 
 
331 aa  51.6  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3588  permease  37.65 
 
 
345 aa  51.6  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.573988  normal  0.197567 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  29.46 
 
 
358 aa  51.2  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  25.15 
 
 
356 aa  51.2  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  29.52 
 
 
336 aa  51.2  0.00004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1797  permease  31.48 
 
 
406 aa  51.2  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000323943  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  25.36 
 
 
293 aa  50.8  0.00004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  28.57 
 
 
338 aa  51.2  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  29.66 
 
 
402 aa  50.8  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05267  hypothetical protein  25.95 
 
 
378 aa  50.8  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  27.11 
 
 
353 aa  50.8  0.00005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  39.68 
 
 
331 aa  50.8  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  33.61 
 
 
323 aa  50.8  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  28.03 
 
 
318 aa  50.8  0.00006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  34.94 
 
 
338 aa  50.8  0.00006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  26.67 
 
 
318 aa  50.4  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1730  permease, putative  24.6 
 
 
315 aa  50.4  0.00007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.157468  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1540  permease  25.53 
 
 
298 aa  50.4  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000982093  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  26.42 
 
 
319 aa  50.4  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  29.23 
 
 
344 aa  50.4  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  34.94 
 
 
338 aa  50.4  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  28.48 
 
 
350 aa  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  28 
 
 
337 aa  50.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1109  permease  25.15 
 
 
284 aa  50.4  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1204  permease  31.96 
 
 
318 aa  50.4  0.00007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  32.56 
 
 
357 aa  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  30 
 
 
311 aa  50.1  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  24.63 
 
 
345 aa  50.1  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2338  permease  25.56 
 
 
358 aa  50.1  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.677868  normal  0.0877008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3823  permease  25.56 
 
 
358 aa  50.1  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  24.63 
 
 
345 aa  50.1  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0315  permease  24.84 
 
 
296 aa  50.1  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>