232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0298 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0434  permease  75 
 
 		 461 aa  662    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0446  permease  80.82 
 
 		 433 aa  675    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302988 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0298  permease  100 
 
 		 423 aa  852    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3410  permease  69.54 
 
 		 474 aa  631  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0444  hypothetical protein  65.99 
 
 		 491 aa  587  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0443  permease  65.06 
 
 		 497 aa  587  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3399  permease  65.12 
 
 		 495 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0447  permease  65.59 
 
 		 496 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3582  permease  63.94 
 
 		 501 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0422  permease  64.02 
 
 		 503 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4034  permease  63.8 
 
 		 500 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3911  permease  61.79 
 
 		 513 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3838  permease  62.04 
 
 		 511 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.446121 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3409  permease  61.06 
 
 		 509 aa  554  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0495  permease  60.43 
 
 		 510 aa  542  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0397  hypothetical protein  60.74 
 
 		 490 aa  526  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1997  permease  43.19 
 
 		 365 aa  303  5.000000000000001e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03565  permease  44.78 
 
 		 391 aa  298  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4074  putative permease  43.86 
 
 		 366 aa  266  5e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  38.99 
 
 		 451 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  38.44 
 
 		 356 aa  254  3e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  37.72 
 
 		 402 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1797  permease  41.69 
 
 		 406 aa  248  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000323943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  37.44 
 
 		 358 aa  238  1e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0580  hypothetical protein  34.56 
 
 		 475 aa  238  2e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  35.85 
 
 		 363 aa  238  2e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1382  permease  38.25 
 
 		 362 aa  226  6e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.462669  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0757  permease  34.78 
 
 		 367 aa  219  1e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0526  permease  35.33 
 
 		 350 aa  189  7e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2651  permease  34.14 
 
 		 355 aa  164  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371621 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  48.94 
 
 		 357 aa  143  5e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  42.67 
 
 		 352 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1966  hypothetical protein  49.17 
 
 		 378 aa  125  2e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6834  permease  33.51 
 
 		 620 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  22.82 
 
 		 356 aa  92.4  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3823  permease  24.86 
 
 		 358 aa  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2338  permease  24.86 
 
 		 358 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.677868  normal  0.0877008 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0503  hypothetical protein  23.06 
 
 		 358 aa  89.4  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05267  hypothetical protein  23.7 
 
 		 378 aa  88.6  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3797  putative permease  24.14 
 
 		 333 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.236031 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  35.2 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3989  putative permease  23.12 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.531766  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3596  hypothetical protein  22.86 
 
 		 373 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  22.6 
 
 		 332 aa  82  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1730  permease, putative  20 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.157468  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0456  permease  22.07 
 
 		 367 aa  76.3  0.000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.349904  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08200  permease  23.36 
 
 		 345 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119775  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0828  permease  22.22 
 
 		 361 aa  74.7  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000427926  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  35.38 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0907  permease  36.89 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000511133  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0147  putative permease  21.9 
 
 		 359 aa  70.5  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0944  transporter  21.94 
 
 		 347 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0563  permease  23.62 
 
 		 633 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1748  permease  22.02 
 
 		 362 aa  68.2  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000179413  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0158  permease  23.33 
 
 		 343 aa  68.2  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  28.48 
 
 		 318 aa  66.2  0.0000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1802  permease  22.02 
 
 		 362 aa  65.5  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1544  hypothetical protein  22.34 
 
 		 213 aa  65.9  0.000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000224631  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0785  hypothetical protein  34.45 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000784162 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3634  permease  33.58 
 
 		 714 aa  64.3  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1479  permease  21.16 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1506  permease  21.16 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  32.5 
 
 		 322 aa  63.5  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  21.97 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  23.08 
 
 		 345 aa  62  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  23.08 
 
 		 345 aa  62  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1904  permease  31.54 
 
 		 433 aa  61.2  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.560761  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  33.63 
 
 		 363 aa  61.2  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3654  permease  26.18 
 
 		 341 aa  61.2  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839158  normal  0.0586592 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  24.6 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  33.33 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3208  permease  19.55 
 
 		 350 aa  61.2  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.757693  normal  0.643119 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  30.17 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  21.93 
 
 		 359 aa  60.5  0.00000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4808  permease  19.55 
 
 		 350 aa  60.1  0.00000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0184  hypothetical protein  31.72 
 
 		 437 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2236  permease  33.57 
 
 		 526 aa  58.5  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  27.78 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3199  permease  31.21 
 
 		 370 aa  58.2  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  28.3 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0665  conserved hypothetical integral membrane protein (DUF318 domain protein)  18.72 
 
 		 324 aa  57.8  0.0000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  27.74 
 
 		 337 aa  57.8  0.0000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  23.05 
 
 		 354 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1140  permease  20.82 
 
 		 336 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.3687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0586  capsule polysaccharide transport  35.85 
 
 		 348 aa  57  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  21.08 
 
 		 316 aa  57  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  30.58 
 
 		 315 aa  57  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20090  permease  32.5 
 
 		 393 aa  56.6  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0523  permease  28.57 
 
 		 373 aa  56.6  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2877  permease  33.33 
 
 		 390 aa  57  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2907  hypothetical protein  29.57 
 
 		 611 aa  56.2  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1485  permease  31.09 
 
 		 393 aa  56.2  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.363242  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1359  permease  29.89 
 
 		 323 aa  55.8  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  29.06 
 
 		 337 aa  56.2  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  30 
 
 		 308 aa  56.2  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4946  permease  20.29 
 
 		 341 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.999953 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  30.38 
 
 		 354 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1107  permease  22.01 
 
 		 350 aa  55.1  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  32.62 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  32.54 
 
 		 324 aa  54.7  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>