225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0158 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0158  permease  100 
 
 		 343 aa  662    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0586  capsule polysaccharide transport  57.23 
 
 		 348 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3654  permease  55.21 
 
 		 341 aa  295  6e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839158  normal  0.0586592 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  26.88 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  26.59 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  28.46 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2907  hypothetical protein  27.13 
 
 		 611 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  28.42 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  27.27 
 
 		 308 aa  99.4  8e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  28.57 
 
 		 317 aa  99  9e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  27.84 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  25.59 
 
 		 335 aa  97.1  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0563  permease  29.26 
 
 		 633 aa  96.7  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  24.51 
 
 		 318 aa  96.3  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1730  permease, putative  23.82 
 
 		 315 aa  95.9  9e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.157468  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  24.33 
 
 		 336 aa  95.9  1e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  28.11 
 
 		 331 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  27.41 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  30.61 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  28.31 
 
 		 351 aa  94.4  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  25.72 
 
 		 363 aa  94  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  27.71 
 
 		 331 aa  94  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1408  permease  30.43 
 
 		 332 aa  92.8  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  26.35 
 
 		 330 aa  92.8  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  26.74 
 
 		 311 aa  92.4  9e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  25 
 
 		 353 aa  92.4  9e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  26.56 
 
 		 350 aa  92.8  9e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1810  permease  24.91 
 
 		 328 aa  92.4  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  26.12 
 
 		 294 aa  92.4  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3797  putative permease  26.95 
 
 		 333 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.236031 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  27.27 
 
 		 341 aa  92  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  25.46 
 
 		 332 aa  91.3  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3859  permease  30.94 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.210987  normal  0.0366228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  25.46 
 
 		 332 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  25.8 
 
 		 331 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  27.7 
 
 		 322 aa  90.9  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  27.98 
 
 		 331 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1783  permease  25.38 
 
 		 362 aa  91.3  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  29.63 
 
 		 352 aa  90.5  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  27.98 
 
 		 331 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  29.84 
 
 		 301 aa  90.5  4e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  25.09 
 
 		 331 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  26.95 
 
 		 331 aa  90.1  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3620  permease  27.94 
 
 		 351 aa  90.1  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  23.05 
 
 		 367 aa  89.7  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  28.62 
 
 		 321 aa  89.7  7e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  27.34 
 
 		 350 aa  89.7  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  24.48 
 
 		 323 aa  89.4  8e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  26.89 
 
 		 352 aa  89.4  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  26.39 
 
 		 315 aa  89.4  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  24.35 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  25.69 
 
 		 356 aa  89  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3989  putative permease  26.37 
 
 		 333 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.531766  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  27.17 
 
 		 348 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  24.58 
 
 		 338 aa  87.8  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  26.3 
 
 		 332 aa  87  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  24.91 
 
 		 315 aa  87  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  23.83 
 
 		 337 aa  87  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  27.73 
 
 		 324 aa  86.7  6e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  26.77 
 
 		 348 aa  86.3  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0503  hypothetical protein  26.47 
 
 		 358 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0665  conserved hypothetical integral membrane protein (DUF318 domain protein)  25.19 
 
 		 324 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  25.42 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  26.09 
 
 		 351 aa  84.7  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  25.3 
 
 		 352 aa  85.1  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1725  permease  24.06 
 
 		 337 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  23.57 
 
 		 336 aa  84  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  26.09 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  28.91 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  27.13 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  25.19 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  24.11 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0357  permease  31.13 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  26.25 
 
 		 377 aa  82.8  0.000000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0819  permease  24.51 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.350869  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  27.56 
 
 		 318 aa  82.4  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  23.23 
 
 		 353 aa  81.3  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1997  permease  24.73 
 
 		 365 aa  81.3  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  25.28 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  26.92 
 
 		 358 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  26.25 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2640  permease  24.45 
 
 		 323 aa  80.5  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0315  permease  24.92 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  24.51 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  25.08 
 
 		 356 aa  80.1  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  27.22 
 
 		 402 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  24.42 
 
 		 356 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  25.56 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  22.3 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  25.66 
 
 		 315 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0907  permease  29.09 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000511133  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1204  permease  24.51 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  25.58 
 
 		 364 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0751  permease  24.81 
 
 		 318 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  22.81 
 
 		 345 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  25.34 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  24.71 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  25.77 
 
 		 366 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  25.64 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0147  putative permease  23.46 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>