More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0266 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0266  small-conductance mechanosensitive channel-like  100 
 
 		 505 aa  1030    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0068339 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3072  MscS mechanosensitive ion channel  40.86 
 
 		 773 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.718015  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3994  hypothetical protein  51.88 
 
 		 792 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.386715 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1895  small-conductance mechanosensitive ion channel  42.5 
 
 		 787 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0544  MscS mechanosensitive ion channel  42.5 
 
 		 787 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0901  MscS Mechanosensitive ion channel  38.04 
 
 		 766 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1802  MscS Mechanosensitive ion channel  37.05 
 
 		 753 aa  246  6.999999999999999e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.135784  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0349  MscS Mechanosensitive ion channel  46.74 
 
 		 759 aa  241  2e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2784  MscS mechanosensitive ion channel  36.45 
 
 		 801 aa  239  5.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2998  putative mechanosensitive ion channel  44.17 
 
 		 826 aa  236  6e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0499  mechanosensitive ion channel  41.77 
 
 		 321 aa  229  8e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.979826 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0181  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 707 aa  228  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3104  MscS mechanosensitive ion channel  36.03 
 
 		 790 aa  223  9e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1457  MscS mechanosensitive ion channel  36.32 
 
 		 768 aa  220  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2861  small conductance mechanosensitive channel ion channel  36.83 
 
 		 767 aa  216  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.753072  normal  0.757549 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1754  MscS mechanosensitive ion channel  41.05 
 
 		 879 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1608  MscS Mechanosensitive ion channel  37.23 
 
 		 876 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0950  MscS mechanosensitive ion channel  32.55 
 
 		 787 aa  206  8e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1277  MscS mechanosensitive ion channel  37.21 
 
 		 718 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.175782  normal  0.44534 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0186  MscS Mechanosensitive ion channel  44.57 
 
 		 304 aa  197  3e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3624  MscS mechanosensitive ion channel  33.43 
 
 		 822 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749548 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4463  MscS mechanosensitive ion channel  33.43 
 
 		 822 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3903  MscS mechanosensitive ion channel  33.43 
 
 		 822 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5854  hypothetical protein  41.27 
 
 		 735 aa  196  9e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5420  MscS Mechanosensitive ion channel  32.51 
 
 		 889 aa  195  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67630  hypothetical protein  42.27 
 
 		 735 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1320  MscS mechanosensitive ion channel  35.89 
 
 		 717 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1688  MscS mechanosensitive ion channel  31.96 
 
 		 719 aa  193  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.265093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3278  MscS mechanosensitive ion channel  33.23 
 
 		 864 aa  193  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1181  hypothetical protein  33.85 
 
 		 884 aa  193  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.40697 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3797  MscS mechanosensitive ion channel  33.23 
 
 		 871 aa  192  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198076  normal  0.260408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1728  hypothetical protein  36.33 
 
 		 717 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784062  normal  0.0313644 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3563  MscS mechanosensitive ion channel  38.15 
 
 		 762 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3991  MscS mechanosensitive ion channel  36.33 
 
 		 715 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0693455  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1412  MscS Mechanosensitive ion channel  35.41 
 
 		 550 aa  190  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4680  MscS mechanosensitive ion channel  33.1 
 
 		 837 aa  189  7e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3908  putative small-conductance mechanosensitive channel transmembrane protein  40.09 
 
 		 771 aa  187  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.385979 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2189  MscS mechanosensitive ion channel  34.84 
 
 		 821 aa  186  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5311  MscS mechanosensitive ion channel  33.45 
 
 		 858 aa  181  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5033  MscS mechanosensitive ion channel  34.34 
 
 		 701 aa  179  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.149124 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0676  mechanosensitive ion channel family protein  39.51 
 
 		 767 aa  178  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3871  MscS mechanosensitive ion channel  34.07 
 
 		 674 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1487  MscS mechanosensitive ion channel  39.11 
 
 		 796 aa  177  4e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3962  MscS mechanosensitive ion channel  37.61 
 
 		 538 aa  176  7e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000243935  hitchhiker  0.0037815 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4477  MscS mechanosensitive ion channel  39.15 
 
 		 772 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3068  hypothetical protein  41.74 
 
 		 756 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.36924 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3373  MscS Mechanosensitive ion channel  32.61 
 
 		 528 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2062  MscS mechanosensitive ion channel  37.78 
 
 		 747 aa  175  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237724 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2729  MscS Mechanosensitive ion channel  32.61 
 
 		 528 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0602  MscS mechanosensitive ion channel  37.26 
 
 		 568 aa  172  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0823902  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1801  MscS Mechanosensitive ion channel  37.89 
 
 		 335 aa  172  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1378  MscS mechanosensitive ion channel  37.18 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586081  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0846  mechanosensitive ion channel protein MscS  37.61 
 
 		 537 aa  171  3e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3348  MscS Mechanosensitive ion channel  41.55 
 
 		 757 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.703913 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3001  MscS Mechanosensitive ion channel  38.71 
 
 		 755 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.996341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0610  hypothetical protein  31.27 
 
 		 599 aa  162  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0435  MscS mechanosensitive ion channel  34.12 
 
 		 288 aa  160  6e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2666  MscS Mechanosensitive ion channel  28.96 
 
 		 911 aa  159  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.232424  normal  0.397707 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3531  MscS Mechanosensitive ion channel  33.75 
 
 		 356 aa  158  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.902273 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3310  MscS mechanosensitive ion channel  34.44 
 
 		 289 aa  158  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.026322  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3001  MscS mechanosensitive ion channel  36 
 
 		 693 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0332  MscS Mechanosensitive ion channel  34.07 
 
 		 773 aa  157  6e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323369  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1579  mechanosensitive ion channel family protein  28.5 
 
 		 455 aa  156  7e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.397271  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2612  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 273 aa  155  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1324  MscS mechanosensitive ion channel  34.91 
 
 		 458 aa  154  4e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00452452  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2401  MscS Mechanosensitive ion channel  33.18 
 
 		 718 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0124939 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1514  MscS mechanosensitive ion channel  31.51 
 
 		 836 aa  153  5.9999999999999996e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.767095  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1456  mechanosensitive ion channel protein  34.96 
 
 		 455 aa  153  7e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000389307  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1224  MscS Mechanosensitive ion channel  30.2 
 
 		 838 aa  152  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2054  MscS Mechanosensitive ion channel  35.71 
 
 		 350 aa  150  7e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1833  MscS mechanosensitive ion channel  36.32 
 
 		 394 aa  150  7e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4049  MscS Mechanosensitive ion channel  32.88 
 
 		 650 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23390  MscS Mechanosensitive ion channel  31.73 
 
 		 299 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350298  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1971  MscS Mechanosensitive ion channel  31.29 
 
 		 716 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0170847  normal  0.348628 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1916  MscS mechanosensitive ion channel  34.25 
 
 		 308 aa  147  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1790  MscS Mechanosensitive ion channel  31.53 
 
 		 716 aa  146  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.192721 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5133  MscS Mechanosensitive ion channel  32.27 
 
 		 658 aa  146  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.538778  normal  0.147558 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1247  MscS Mechanosensitive ion channel  33.88 
 
 		 370 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0540  MscS Mechanosensitive ion channel  29.22 
 
 		 582 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3550  MscS Mechanosensitive ion channel  32.09 
 
 		 294 aa  143  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1334  MscS Mechanosensitive ion channel  36.7 
 
 		 335 aa  143  6e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.158272  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1398  MscS Mechanosensitive ion channel  34.2 
 
 		 266 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3421  MscS Mechanosensitive ion channel  30.45 
 
 		 299 aa  141  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0306302  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2396  MscS mechanosensitive ion channel  33.18 
 
 		 283 aa  141  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000120764  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0410  MscS Mechanosensitive ion channel  36.1 
 
 		 372 aa  140  4.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1803  MscS Mechanosensitive ion channel  33.51 
 
 		 595 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  0.895337 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  32.26 
 
 		 344 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3687  MscS mechanosensitive ion channel  30.58 
 
 		 784 aa  139  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276928  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1154  MscS mechanosensitive ion channel  32.09 
 
 		 442 aa  136  7.000000000000001e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5312  MscS mechanosensitive ion channel  31.16 
 
 		 454 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.262454  normal  0.518656 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4584  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 697 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.99351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1535  MscS Mechanosensitive ion channel  31.51 
 
 		 336 aa  134  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.20239  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1476  hypothetical protein  28.53 
 
 		 737 aa  134  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5772  MscS mechanosensitive ion channel  32.44 
 
 		 705 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429261  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11550  small-conductance mechanosensitive channel  29.21 
 
 		 316 aa  134  6e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1627  MscS mechanosensitive ion channel  29.62 
 
 		 881 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0940  MscS Mechanosensitive ion channel  34.26 
 
 		 293 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.285938  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2549  mechanosensitive ion channel MscS  32.71 
 
 		 342 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5186  MscS Mechanosensitive ion channel  27.74 
 
 		 600 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000148025 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4017  MscS mechanosensitive ion channel  30.48 
 
 		 285 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>