More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2156 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_2593  alpha amylase, catalytic region  56.2 
 
 		 610 aa  736    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.143238  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2156  alpha amylase family protein  100 
 
 		 673 aa  1396    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1900  alpha amylase catalytic region  53.45 
 
 		 581 aa  640    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0705121  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2082  alpha amylase catalytic region  72.93 
 
 		 766 aa  1001    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.241843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2303  alpha amylase catalytic region  73.79 
 
 		 761 aa  1000    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.283065  normal  0.0722079 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0556  alpha amylase domain-containing protein  57.92 
 
 		 624 aa  739    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.120773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2032  alpha amylase, catalytic region  58.12 
 
 		 653 aa  753    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.324011  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2035  alpha amylase catalytic region  73.17 
 
 		 736 aa  1009    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2340  alpha amylase, catalytic region  57.88 
 
 		 650 aa  741    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2136  alpha amylase, catalytic region  82.77 
 
 		 704 aa  1173    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2212  alpha amylase, catalytic region  84.09 
 
 		 709 aa  1191    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.636451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1784  alpha amylase, catalytic region  61.4 
 
 		 676 aa  808    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519611  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2206  alpha amylase catalytic region  59.9 
 
 		 668 aa  754    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370981  hitchhiker  0.00000519248 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01887  putative glycosidase  53.78 
 
 		 630 aa  695    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2314  alpha amylase, catalytic region  84.17 
 
 		 709 aa  1184    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.169067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2290  alpha amylase catalytic region  72.81 
 
 		 715 aa  1010    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1886  alpha amylase, catalytic region  59.61 
 
 		 667 aa  784    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1659  glycosidase  52.2 
 
 		 626 aa  523  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.763441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2758  alpha amylase catalytic region  43.6 
 
 		 579 aa  491  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.435679  normal  0.479819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2884  alpha amylase catalytic region  43.38 
 
 		 565 aa  473  1e-132  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0897  alpha-amylase family protein  37.48 
 
 		 534 aa  362  2e-98  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1637  alpha amylase catalytic region  30.95 
 
 		 574 aa  252  1e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  25.4 
 
 		 459 aa  92  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4392  alpha amylase, catalytic region  25.2 
 
 		 493 aa  75.1  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.47907 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  25 
 
 		 467 aa  73.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  22.22 
 
 		 1855 aa  67  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2798  alpha amylase, catalytic region  28.81 
 
 		 433 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.242606  normal  0.972653 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2152  alpha amylase catalytic region  24.53 
 
 		 493 aa  65.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.866439 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2771  alpha amylase, catalytic region  28.81 
 
 		 433 aa  65.5  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.473519  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2108  alpha amylase catalytic region  24.53 
 
 		 493 aa  65.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2815  alpha amylase, catalytic region  28.81 
 
 		 433 aa  65.5  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.896664  normal  0.115274 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01125  alpha-amylase, putative  35.61 
 
 		 434 aa  65.1  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1431  alpha amylase catalytic region  27.67 
 
 		 663 aa  64.3  0.000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.246388  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4463  alpha amylase catalytic region  27.14 
 
 		 442 aa  63.5  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.469495 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1713  alpha amylase catalytic region  33.33 
 
 		 426 aa  63.9  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0746329  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0544  alpha amylase catalytic region  24.16 
 
 		 758 aa  62.8  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2017  Alpha amylase, catalytic region  23.24 
 
 		 488 aa  62.8  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00107336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0869  alpha amylase catalytic region  32.3 
 
 		 459 aa  62.4  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1458  alpha amylase, catalytic region  24.93 
 
 		 644 aa  62  0.00000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.628846  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3333  alpha amylase, catalytic region  28.57 
 
 		 434 aa  62.4  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.320284  normal  0.0371883 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1944  alpha amylase catalytic region  24.37 
 
 		 486 aa  62  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1604  Alpha amylase, catalytic region  32.69 
 
 		 688 aa  60.8  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1727  alpha amylase catalytic region  24.11 
 
 		 493 aa  60.8  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24550  glycosidase  28.26 
 
 		 464 aa  60.5  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.665242 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0695  alpha amylase catalytic region  25.26 
 
 		 533 aa  60.5  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.497083 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2834  alpha amylase catalytic region  24.53 
 
 		 1124 aa  59.7  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0564528 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05105  alpha-amylase, putative  31.25 
 
 		 478 aa  59.3  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.289074  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4031  alpha amylase catalytic region  27.52 
 
 		 413 aa  59.7  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1210  alpha amylase, catalytic region  51.85 
 
 		 460 aa  58.5  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23200  alpha amylase  22.01 
 
 		 654 aa  58.9  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000149088  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1599  alpha amylase catalytic region  31.07 
 
 		 1126 aa  58.9  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863275  hitchhiker  0.00182412 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5491  alpha amylase catalytic region  28.7 
 
 		 1131 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105634 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0833  alpha-glucosidase  24.58 
 
 		 544 aa  58.2  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1856  Alpha amylase, catalytic region  26.79 
 
 		 586 aa  57.8  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4625  alpha amylase catalytic region  26.94 
 
 		 481 aa  57.8  0.0000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0802  glycosy hydrolase family protein  27.37 
 
 		 610 aa  57.8  0.0000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.124248  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0789  cymH protein  26.49 
 
 		 610 aa  58.2  0.0000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2939  alpha amylase catalytic region  30.1 
 
 		 1124 aa  57.8  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000998182 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2712  alpha amylase catalytic region  30.1 
 
 		 1124 aa  57.8  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576573  normal  0.0633095 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6088  alpha amylase catalytic region  26.26 
 
 		 1130 aa  57  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984614  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3419  hypothetical protein  22.55 
 
 		 481 aa  57  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3720  alpha amylase, catalytic region  25.97 
 
 		 468 aa  56.6  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6499  alpha amylase, catalytic region  26.26 
 
 		 1130 aa  57  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.145776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3059  alpha amylase, catalytic region  27.43 
 
 		 434 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50616 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21691  glycoside hydrolase family protein  46 
 
 		 483 aa  56.6  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0470032 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09700  alpha amylase  36.17 
 
 		 426 aa  56.6  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1738  alpha amylase domain-containing protein  25.84 
 
 		 1148 aa  56.2  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257385  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0965  alpha amylase, catalytic region  25 
 
 		 555 aa  56.2  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000585421  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3476  alpha amylase catalytic region  30.15 
 
 		 413 aa  56.2  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.179577  normal  0.326208 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1330  alpha amylase, catalytic region  26.92 
 
 		 1130 aa  56.2  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.460745  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  28.08 
 
 		 532 aa  55.8  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0983  alpha amylase catalytic region  25 
 
 		 555 aa  56.2  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000965574  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1341  alpha amylase family protein  25.84 
 
 		 1136 aa  56.2  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0533  alpha amylase family protein  25.84 
 
 		 1115 aa  56.2  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1545  alpha amylase family protein  25.84 
 
 		 1115 aa  56.2  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1568  glycosy hydrolase family protein  25.84 
 
 		 1115 aa  56.2  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0622  alpha amylase family protein  25.84 
 
 		 1115 aa  56.2  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4814  putative pullulanase  38.2 
 
 		 713 aa  55.5  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1971  alpha amylase catalytic region  26.46 
 
 		 486 aa  55.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0248141  normal  0.0160527 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0534  alpha amylase catalytic region  23.14 
 
 		 487 aa  55.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.595542  normal  0.941542 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5097  alpha amylase catalytic region  25.3 
 
 		 1074 aa  55.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.511822  normal  0.0191149 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0161  alpha amylase, catalytic region  24.14 
 
 		 637 aa  55.5  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00960046  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0143  alpha amylase catalytic sub domain protein  24.73 
 
 		 692 aa  55.5  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0052779  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8729  alpha amylase catalytic region  26.29 
 
 		 441 aa  55.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.150253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0159  hypothetical protein  24.14 
 
 		 637 aa  55.5  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00185609  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0568  alpha amylase catalytic region  21.59 
 
 		 441 aa  55.1  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.489897  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4343  alpha amylase catalytic region  27.14 
 
 		 481 aa  55.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3302  alpha amylase catalytic region  30 
 
 		 566 aa  55.5  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.15105  normal  0.0149256 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2111  alpha amylase catalytic region  25.42 
 
 		 555 aa  55.1  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1342  alpha amylase catalytic region  20.57 
 
 		 493 aa  54.7  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6821  alpha amylase catalytic region  26.98 
 
 		 1151 aa  54.3  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.137668  normal  0.518409 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2861  putative alpha-amylase-related protein  27.78 
 
 		 1146 aa  54.7  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1419  alpha amylase, catalytic region  28.04 
 
 		 708 aa  54.3  0.000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.624823 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2425  alpha amylase catalytic region  20.27 
 
 		 509 aa  54.3  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1378  alpha amylase catalytic region  29.71 
 
 		 553 aa  53.9  0.000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000100533  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7034  Alpha amylase like protein  25.14 
 
 		 1130 aa  53.9  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.673665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1739  alpha amylase catalytic region  27.14 
 
 		 550 aa  53.9  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3748  alpha amylase catalytic region  23.58 
 
 		 484 aa  53.1  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2534  Alpha amylase, catalytic region  29.73 
 
 		 664 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6320  alpha amylase catalytic region  25.14 
 
 		 1133 aa  53.9  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330794  normal  0.20234 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>