More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6172 on replicon NC_012852
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 290 aa  578  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 289 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  51.07 
 
 		 291 aa  293  2e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 293 aa  292  5e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 293 aa  292  5e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 295 aa  288  8e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 321 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  48.42 
 
 		 305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  45.8 
 
 		 304 aa  262  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 296 aa  255  5e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 292 aa  233  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 291 aa  233  4.0000000000000004e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 284 aa  202  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  42.5 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  40.44 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  40.76 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  40.76 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  38.96 
 
 		 288 aa  159  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.46 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 281 aa  157  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 286 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.12 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 292 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 316 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  37.39 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 386 aa  135  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 318 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 318 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 292 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 291 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4467  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4410  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 318 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.63 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.63 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.63 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.63 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.63 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 343 aa  99.8  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 299 aa  99.4  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.32 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  30.32 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.32 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.32 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.32 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.32 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.32 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.32 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 288 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>