More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_1982 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_1982  PAS fold-3 domain protein  100 
 
 
174 aa  361  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.282752  normal  0.0152652 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1795  PAS fold-3 domain protein  80 
 
 
162 aa  273  8e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.591789  normal  0.0452866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.69 
 
 
845 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 
1215 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  39.22 
 
 
1225 aa  78.2  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 
1224 aa  78.2  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.22 
 
 
1225 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
674 aa  76.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  30.89 
 
 
691 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.33 
 
 
943 aa  76.3  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  32.52 
 
 
691 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  32.12 
 
 
202 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.88 
 
 
703 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
603 aa  73.2  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  37.14 
 
 
202 aa  72  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 
686 aa  71.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  31.33 
 
 
223 aa  70.9  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  32.71 
 
 
847 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.31 
 
 
977 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.79 
 
 
1103 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  29.79 
 
 
1092 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  31.71 
 
 
956 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
922 aa  68.2  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  30.99 
 
 
547 aa  67.4  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
582 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 
810 aa  66.6  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.16 
 
 
998 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  29.25 
 
 
199 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.06 
 
 
830 aa  65.1  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
793 aa  65.1  0.0000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.25 
 
 
689 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.67 
 
 
575 aa  64.7  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 
519 aa  64.3  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  28.69 
 
 
827 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  27.54 
 
 
206 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  27.42 
 
 
759 aa  63.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  29.66 
 
 
2279 aa  63.9  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  27.68 
 
 
1654 aa  62.8  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 
938 aa  62.8  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
512 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 
685 aa  62.4  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.31 
 
 
883 aa  62  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
1669 aa  61.6  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  28.37 
 
 
1182 aa  61.6  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.38 
 
 
1116 aa  61.6  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.31 
 
 
767 aa  61.2  0.000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  27.74 
 
 
186 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.59 
 
 
789 aa  59.7  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 
695 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.17 
 
 
551 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.46 
 
 
1147 aa  59.7  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.01 
 
 
1532 aa  60.1  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.17 
 
 
858 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  27.19 
 
 
2303 aa  58.9  0.00000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2805  putative PAS/PAC sensor protein  30.19 
 
 
658 aa  58.9  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.126133 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2804  putative PAS/PAC sensor protein  30.19 
 
 
711 aa  58.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0770283 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2078  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.3 
 
 
511 aa  58.5  0.00000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0103276  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.61 
 
 
527 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.66 
 
 
1274 aa  58.2  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0613664  normal  0.609464 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.43 
 
 
887 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  28.26 
 
 
760 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5643  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 
989 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  31.82 
 
 
512 aa  57.8  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 
1122 aa  57.4  0.00000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  28.83 
 
 
956 aa  57  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.03 
 
 
513 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  24.59 
 
 
2693 aa  57  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  27.68 
 
 
936 aa  56.2  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.4 
 
 
954 aa  56.2  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2066  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.14 
 
 
1167 aa  56.2  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.082343  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.17 
 
 
1193 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.17 
 
 
1193 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.12 
 
 
815 aa  56.2  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2313  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.4 
 
 
981 aa  56.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.762814  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
515 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.17 
 
 
960 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 
817 aa  55.8  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.194507 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.49 
 
 
1118 aa  55.8  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.19 
 
 
1501 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0376  hypothetical protein  27.54 
 
 
760 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.523743  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.07 
 
 
896 aa  55.1  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.942872  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 
987 aa  55.1  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.88 
 
 
1344 aa  54.7  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.85 
 
 
1275 aa  54.3  0.0000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  28.28 
 
 
914 aa  54.3  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2084  sensor for ctr capsule biosynthesis; sensor histidine kinase  25 
 
 
660 aa  54.3  0.0000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.09 
 
 
1064 aa  53.5  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0367  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.35 
 
 
526 aa  53.9  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0802684  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  28.57 
 
 
685 aa  53.5  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  28.43 
 
 
449 aa  53.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.73 
 
 
958 aa  53.1  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3763  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 
1255 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.91 
 
 
745 aa  53.1  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2750  putative PAS/PAC sensor protein  33.65 
 
 
883 aa  53.5  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  27.05 
 
 
1202 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  25.34 
 
 
1289 aa  52.4  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3819  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.2 
 
 
1297 aa  52.4  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11644  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  29.06 
 
 
930 aa  52.4  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
875 aa  52.4  0.000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3451  GGDEF family protein  27.47 
 
 
909 aa  52.8  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>