More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3558 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 		 360 aa  699    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  96.67 
 
 		 360 aa  660    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  99.44 
 
 		 360 aa  697    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  78.53 
 
 		 361 aa  533  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  74.65 
 
 		 360 aa  521  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  72.3 
 
 		 361 aa  490  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  67.14 
 
 		 356 aa  413  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  52.65 
 
 		 364 aa  315  8e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  48.16 
 
 		 360 aa  309  5e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  48.31 
 
 		 361 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  46.46 
 
 		 361 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  46.74 
 
 		 361 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  47.88 
 
 		 358 aa  300  3e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  47.75 
 
 		 351 aa  296  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  47.44 
 
 		 364 aa  292  6e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  47.65 
 
 		 369 aa  283  2.0000000000000002e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  46.46 
 
 		 367 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  43.14 
 
 		 355 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  50.42 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  47.14 
 
 		 359 aa  279  5e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  47.61 
 
 		 360 aa  277  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  45.89 
 
 		 366 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  47.31 
 
 		 363 aa  275  9e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  46.35 
 
 		 368 aa  275  9e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  45.04 
 
 		 368 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  44.85 
 
 		 368 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1484  inner-membrane translocator  45.22 
 
 		 370 aa  273  5.000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0529848 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  46.35 
 
 		 383 aa  272  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  44.29 
 
 		 368 aa  271  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  43.5 
 
 		 364 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  45.04 
 
 		 366 aa  269  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  46.46 
 
 		 367 aa  268  8e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  44.1 
 
 		 369 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  46.22 
 
 		 369 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  46.22 
 
 		 369 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  47.22 
 
 		 363 aa  265  7e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  44.73 
 
 		 363 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2446  inner-membrane translocator  45.92 
 
 		 357 aa  264  2e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5004  inner-membrane translocator  47.47 
 
 		 357 aa  260  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  46.07 
 
 		 369 aa  259  6e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  44.06 
 
 		 350 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  42.06 
 
 		 387 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  45.33 
 
 		 365 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  43.36 
 
 		 355 aa  249  7e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  44.57 
 
 		 362 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3456  inner-membrane translocator  44.88 
 
 		 361 aa  245  8e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0696875 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  43.7 
 
 		 362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  46.32 
 
 		 363 aa  241  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  46.01 
 
 		 364 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  45.71 
 
 		 363 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  43.73 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  44.01 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  45.66 
 
 		 362 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  45.89 
 
 		 365 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  43.42 
 
 		 366 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 366 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  38.27 
 
 		 373 aa  220  3e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4467  inner-membrane translocator  41.1 
 
 		 366 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.187489 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 352 aa  193  3e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  34.07 
 
 		 364 aa  193  4e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  35.98 
 
 		 355 aa  192  6e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  37.6 
 
 		 358 aa  191  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  33.15 
 
 		 359 aa  189  4e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.23 
 
 		 360 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 365 aa  187  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  34.28 
 
 		 349 aa  179  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.93 
 
 		 355 aa  178  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  32.48 
 
 		 349 aa  176  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 347 aa  175  9e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  33.14 
 
 		 357 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 349 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  31.83 
 
 		 365 aa  173  5e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  31.27 
 
 		 365 aa  172  9e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 349 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4621  putative ABC transporter (permease protein)  38.21 
 
 		 369 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  33.61 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  32.48 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  29.72 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  33.15 
 
 		 347 aa  159  5e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  28.69 
 
 		 349 aa  158  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  30.64 
 
 		 352 aa  156  6e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 349 aa  155  7e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5335  inner-membrane translocator  34.65 
 
 		 349 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 347 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  31.2 
 
 		 344 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  31.2 
 
 		 344 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  31.87 
 
 		 371 aa  152  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4143  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 382 aa  151  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 365 aa  149  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  29.57 
 
 		 365 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1003  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 369 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 451 aa  145  7.0000000000000006e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3577  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  33.14 
 
 		 371 aa  143  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1154  inner-membrane translocator  30.87 
 
 		 367 aa  143  5e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.426445  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 338 aa  142  6e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2844  integral inner-membrane protein  28.13 
 
 		 372 aa  142  7e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.746022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5418  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.52 
 
 		 348 aa  140  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0748326  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>