More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02378 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  100 
 
 		 382 aa  763    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  72.42 
 
 		 385 aa  519  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.44 
 
 		 376 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  48.96 
 
 		 371 aa  314  9.999999999999999e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  46.75 
 
 		 402 aa  288  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0686  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.78 
 
 		 380 aa  198  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00268178 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  35.29 
 
 		 410 aa  169  6e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  36.28 
 
 		 418 aa  168  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  34.3 
 
 		 386 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  36.83 
 
 		 423 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  34.26 
 
 		 424 aa  166  9e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  33.63 
 
 		 384 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  33.51 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.25 
 
 		 428 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.69 
 
 		 427 aa  155  9e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  31.96 
 
 		 379 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1177  secretion protein HlyD  34.05 
 
 		 397 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.66 
 
 		 400 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  33.22 
 
 		 398 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  32.57 
 
 		 540 aa  136  7.000000000000001e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  33.98 
 
 		 405 aa  136  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  29.97 
 
 		 399 aa  135  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  32.52 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.53 
 
 		 421 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  33.2 
 
 		 253 aa  134  3e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  30.67 
 
 		 440 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.51 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 402 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  31.67 
 
 		 415 aa  130  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1876  secretion protein HlyD  32.09 
 
 		 375 aa  129  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.2 
 
 		 412 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  29 
 
 		 416 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  33.23 
 
 		 421 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  31.97 
 
 		 413 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0747  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.42 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.413213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  28.23 
 
 		 382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  28.66 
 
 		 390 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 538 aa  126  7e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  28.19 
 
 		 388 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  32.12 
 
 		 375 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1239  RND family efflux transporter MFP subunit  35.13 
 
 		 451 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0918  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.23 
 
 		 366 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.581959 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0830  cation eflux system protein  27.88 
 
 		 368 aa  124  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0187806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.6 
 
 		 417 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  33.22 
 
 		 537 aa  123  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  29.6 
 
 		 417 aa  123  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.25 
 
 		 526 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 		 538 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.15 
 
 		 459 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1812  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5714  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.88 
 
 		 420 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.89 
 
 		 568 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  31.63 
 
 		 468 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.79 
 
 		 537 aa  119  6e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0039  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 403 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 537 aa  119  9e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.17 
 
 		 465 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.22 
 
 		 512 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  31.69 
 
 		 504 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2746  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.9 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.23 
 
 		 587 aa  117  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  36.11 
 
 		 472 aa  116  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0579  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 		 362 aa  116  7.999999999999999e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.087454  normal  0.0363138 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.17 
 
 		 456 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1342  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.51 
 
 		 365 aa  114  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.754197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  33.2 
 
 		 466 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  28.95 
 
 		 503 aa  113  5e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  32.45 
 
 		 517 aa  113  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  33.81 
 
 		 527 aa  112  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  28.9 
 
 		 418 aa  113  7.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  29.57 
 
 		 422 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  29.45 
 
 		 383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 		 454 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.08 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0105666  normal  0.0985719 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.34 
 
 		 373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  30.16 
 
 		 404 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 459 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 		 404 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 		 404 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.9 
 
 		 390 aa  110  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000873754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  30.9 
 
 		 546 aa  110  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  31.08 
 
 		 397 aa  110  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  28.28 
 
 		 509 aa  109  8.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.01 
 
 		 531 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  28.16 
 
 		 424 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1766  heavy metal efflux system protein, putative  29.12 
 
 		 376 aa  108  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.03 
 
 		 374 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  30.09 
 
 		 489 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  30.34 
 
 		 484 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  29.13 
 
 		 456 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  30.09 
 
 		 489 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  27.33 
 
 		 418 aa  107  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  36.67 
 
 		 455 aa  107  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.62 
 
 		 353 aa  107  4e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  28.84 
 
 		 502 aa  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  29.75 
 
 		 571 aa  107  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.56 
 
 		 457 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 405 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>