More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2347 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  84.86 
 
 
473 aa  779    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
471 aa  939    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2535  multi-sensor signal transduction histidine kinase  80.04 
 
 
472 aa  720    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.816658  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  55.38 
 
 
461 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.38 
 
 
501 aa  261  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.17 
 
 
630 aa  259  8e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.78 
 
 
501 aa  256  6e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.81 
 
 
513 aa  256  8e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.97 
 
 
513 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51 
 
 
508 aa  253  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.6 
 
 
510 aa  253  7e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.61 
 
 
503 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51 
 
 
510 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.8 
 
 
494 aa  246  6e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.61 
 
 
527 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  48.81 
 
 
511 aa  243  6e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  52.8 
 
 
512 aa  243  6e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.4 
 
 
515 aa  243  7e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
500 aa  243  7.999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.04 
 
 
515 aa  242  9e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.2 
 
 
524 aa  242  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.42 
 
 
519 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.39 
 
 
526 aa  240  5e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.83 
 
 
534 aa  229  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.01 
 
 
514 aa  228  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.22 
 
 
457 aa  224  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.58 
 
 
512 aa  224  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.6 
 
 
509 aa  222  9e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.85 
 
 
608 aa  222  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.34 
 
 
379 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.6 
 
 
634 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.5 
 
 
631 aa  206  9e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.9 
 
 
692 aa  199  9e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2452  multisensor signal transduction histidine kinase  40.08 
 
 
556 aa  192  8e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.413199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.29 
 
 
398 aa  192  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.83 
 
 
799 aa  182  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.89 
 
 
963 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.77 
 
 
902 aa  173  5.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
708 aa  172  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.7 
 
 
710 aa  171  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
680 aa  169  8e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.01 
 
 
495 aa  167  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.06 
 
 
862 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.24 
 
 
662 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  38.22 
 
 
835 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  38.22 
 
 
879 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  38.22 
 
 
879 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  38.22 
 
 
835 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  37.5 
 
 
846 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  38.22 
 
 
885 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  38.22 
 
 
835 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  38.22 
 
 
885 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.08 
 
 
838 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 
810 aa  163  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.69 
 
 
838 aa  162  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.55 
 
 
707 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.31 
 
 
838 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  37.45 
 
 
811 aa  162  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.83 
 
 
838 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.83 
 
 
838 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
553 aa  161  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  39.61 
 
 
857 aa  160  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
838 aa  160  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.72 
 
 
846 aa  158  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145258  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.98 
 
 
838 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4830  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
848 aa  158  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.356174  normal  0.508218 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09680  putative two-component sensor  39.11 
 
 
758 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280017  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5157  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
683 aa  156  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.219035  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.24 
 
 
851 aa  156  7e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.61 
 
 
748 aa  156  7e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.13 
 
 
975 aa  156  8e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 
862 aa  156  9e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508108  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
856 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
841 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.31 
 
 
838 aa  155  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  39.37 
 
 
1845 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 
841 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.53 
 
 
698 aa  154  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.249518 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
858 aa  153  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.26 
 
 
845 aa  153  5.9999999999999996e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
842 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
857 aa  152  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4653  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.2 
 
 
709 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.686575  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 
845 aa  152  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
848 aa  152  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0515  histidine kinase  39.41 
 
 
299 aa  152  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.80747 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
848 aa  151  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.6 
 
 
873 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  38.56 
 
 
356 aa  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
857 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2094  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.09 
 
 
503 aa  150  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.31 
 
 
763 aa  150  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.23 
 
 
658 aa  149  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 
727 aa  149  9e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0847  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
689 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  35.25 
 
 
1836 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
871 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.37 
 
 
870 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
666 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 
796 aa  146  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>