More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1792 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1792  putative efflux protein  100 
 
 		 266 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0000336857  normal  0.255323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3668  putative efflux protein  85.28 
 
 		 263 aa  450  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4312  hypothetical protein  81.82 
 
 		 267 aa  417  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5305  hypothetical protein  74.6 
 
 		 258 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.141224 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0717  hypothetical protein  73.36 
 
 		 257 aa  360  1e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369321  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0456  secretion protein HlyD family protein  38.41 
 
 		 324 aa  206  4e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.119386  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1719  secretion protein HlyD  30.69 
 
 		 315 aa  148  8e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0706497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2925  secretion protein HlyD family protein  31.21 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1084  HlyD family secretion protein  30.74 
 
 		 356 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.335201 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2440  secretion protein HlyD family protein  33.74 
 
 		 265 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41732 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3131  secretion protein HlyD  32.46 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0978227  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0163  lipoprotein  31.67 
 
 		 311 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0904469  normal  0.961053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0052  secretion protein HlyD family protein  32.89 
 
 		 324 aa  131  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0402  HlyD family secretion protein  28.71 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0463  HlyD family secretion protein  28.71 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0055  secretion protein HlyD family protein  32.55 
 
 		 324 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4329  secretion protein HlyD family protein  28.21 
 
 		 327 aa  126  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0409  secretion protein HlyD  31.1 
 
 		 332 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1744  HlyD family secretion protein  46.97 
 
 		 321 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0223446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3691  secretion protein HlyD family protein  48.82 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.951717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4164  secretion protein HlyD family protein  48.03 
 
 		 320 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.571077  normal  0.349969 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1342  HlyD family secretion protein  27.96 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2054  periplasmic component of efflux system  26.79 
 
 		 332 aa  120  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0146  auxiliary membrane fusion protein family transporter  27.1 
 
 		 326 aa  120  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000237701  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4665  secretion protein HlyD family protein  29.93 
 
 		 328 aa  118  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.267783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0700  putative lipoprotein  28.53 
 
 		 359 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3452  HlyD family secretion protein  36.51 
 
 		 326 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0350  secretion protein HlyD  44.14 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2707  secretion protein HlyD family protein  44.44 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0650452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5057  secretion protein HlyD family protein  45.6 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0506  secretion protein HlyD family protein  30.43 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1035  secretion protein HlyD  43.33 
 
 		 324 aa  98.2  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.833081  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0807  secretion protein HlyD family protein  26.35 
 
 		 310 aa  95.1  9e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1082  putative ABC transport system, lipoprotein  25.68 
 
 		 302 aa  94  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5441  secretion protein HlyD  26.35 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649906 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  26.59 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  32.47 
 
 		 369 aa  82.4  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  32.28 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0713  hypothetical protein  28.32 
 
 		 281 aa  81.6  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  33.78 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.68 
 
 		 388 aa  81.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0178  secretion protein HlyD family protein  30.69 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.590801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5049  secretion protein HlyD family protein  30.69 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0203  secretion protein HlyD family protein  30.69 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0199  secretion protein HlyD family protein  30.69 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.232672  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2687  HlyD family secretion protein  23.84 
 
 		 357 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  32.32 
 
 		 390 aa  79.7  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0695  hypothetical protein  28.32 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.64 
 
 		 351 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.9 
 
 		 354 aa  79.7  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  30.87 
 
 		 390 aa  79  0.00000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  29.7 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3339  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.96 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.647013 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2951  secretion protein HlyD family protein  25.46 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  29.7 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00129  probable membrane fusion protein (HlyD family of secretion proteins) linked to ABC efflux pumps  25.23 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000116655  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3620  HlyD family secretion protein  27.69 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.315743  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1291  secretion protein HlyD family protein  23.45 
 
 		 285 aa  77  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0717284  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1110  putative ABC transport system, lipoprotein  25.09 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 		 340 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1949  secretion protein HlyD family protein  31.71 
 
 		 356 aa  76.6  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.262528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.22 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2179  secretion protein HlyD family protein  32.52 
 
 		 467 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  29.68 
 
 		 380 aa  75.9  0.0000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2904  secretion protein HlyD family protein  24.38 
 
 		 329 aa  75.5  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.839486  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1152  secretion protein HlyD family protein  24.27 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.633173  normal  0.115972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1186  secretion protein HlyD family protein  24.27 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.502575  normal  0.193359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.45 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0169  secretion protein HlyD  28.74 
 
 		 356 aa  74.7  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0564  secretion protein HlyD family protein  26 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0535  secretion protein HlyD family protein  25.81 
 
 		 339 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.482241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0499  secretion protein HlyD family protein  26 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  27.7 
 
 		 383 aa  73.9  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3380  secretion protein HlyD  27.69 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00820812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4265  secretion protein HlyD family protein  24.27 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.22 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  27.7 
 
 		 383 aa  73.9  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2339  secretion protein HylD  25.24 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0351  secretion protein HlyD  23.96 
 
 		 326 aa  73.6  0.000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3791  secretion protein HlyD family protein  26.21 
 
 		 348 aa  73.6  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.884849 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1152  secretion protein HlyD family protein  25.97 
 
 		 355 aa  73.6  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.162032  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  30.73 
 
 		 333 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 		 372 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 355 aa  73.2  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4866  RND family efflux transporter MFP subunit  26.38 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.329255 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0907  hypothetical protein  28.24 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  29.73 
 
 		 404 aa  72.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 364 aa  72.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0679  hypothetical protein  28.4 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  25.6 
 
 		 354 aa  72.4  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1169  secretion protein HlyD family protein  26.32 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.595909  decreased coverage  0.00058772 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0737  hypothetical protein  33.33 
 
 		 190 aa  72.4  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  28.31 
 
 		 367 aa  72.4  0.000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0760  secretion protein HlyD family protein  24.46 
 
 		 363 aa  72.4  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.92181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2916  secretion protein HlyD family protein  23.13 
 
 		 310 aa  72  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500367  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  29.44 
 
 		 333 aa  72  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69090  hypothetical protein  23.05 
 
 		 357 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>