184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3988 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3988  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 		 219 aa  436  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.374893 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4676  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  77.04 
 
 		 220 aa  308  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1419  TPR repeat-containing protein  72.02 
 
 		 221 aa  308  4e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1657  hypothetical protein  79.17 
 
 		 192 aa  308  4e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.459184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1399  tetratricopeptide TPR_2  75.39 
 
 		 226 aa  298  6e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.972416  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0984  TPR repeat-containing protein  67.91 
 
 		 221 aa  292  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.815768 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1215  tetratricopeptide TPR_2  68.69 
 
 		 224 aa  279  2e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2063  TPR repeat-containing protein  41.92 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2028  TPR repeat-containing protein  48.72 
 
 		 205 aa  144  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.287446  normal  0.576518 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1787  TPR repeat-containing protein  46.88 
 
 		 290 aa  134  8e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1561  TPR repeat-containing protein  43.95 
 
 		 190 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.707304  normal  0.548421 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2421  hypothetical protein  42.68 
 
 		 190 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416486  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1084  TPR repeat-containing protein  42.04 
 
 		 175 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2675  TPR repeat-containing protein  37.75 
 
 		 203 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.679716  normal  0.152424 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0086  TPR repeat-containing protein  40.43 
 
 		 307 aa  120  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5960  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  39.23 
 
 		 202 aa  119  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0718627  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1166  TPR repeat-containing protein  42.34 
 
 		 230 aa  118  7e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1747  TPR domain-containing protein  40.15 
 
 		 229 aa  115  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3277  TPR repeat-containing protein  41.67 
 
 		 204 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.983749 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5209  TPR repeat-containing protein  40.34 
 
 		 200 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.221692  normal  0.106965 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1687  TPR domain-containing protein  40.15 
 
 		 209 aa  115  5e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2742  TPR repeat-containing protein  40.76 
 
 		 202 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1829  TPR repeat-containing protein  39.35 
 
 		 245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320638  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3576  TPR repeat-containing protein  39.87 
 
 		 211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316735  normal  0.110411 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2969  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  40.13 
 
 		 202 aa  112  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.742122 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2864  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  39.49 
 
 		 201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0138  TPR repeat-containing protein  41.27 
 
 		 156 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000611488 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0141  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  41.27 
 
 		 156 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0130  TPR repeat-containing protein  38.89 
 
 		 203 aa  109  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.250306 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3257  TPR repeat-containing protein  34.5 
 
 		 194 aa  108  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841733  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4966  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  42.98 
 
 		 155 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0175  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  38.97 
 
 		 156 aa  101  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.723088 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3687  hypothetical protein  38.89 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.145402  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2056  tetratricopeptide TPR_2  31.41 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134429  normal  0.162736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0782  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.93 
 
 		 188 aa  91.7  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0782775  normal  0.104271 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4894  TPR repeat-containing protein  36.84 
 
 		 156 aa  91.3  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1025  TPR repeat-containing protein  36.84 
 
 		 156 aa  87  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3022  TPR repeat-containing protein  32 
 
 		 161 aa  84.7  9e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246943 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3312  TPR protein  35.82 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000995394  normal  0.0577925 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1201  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.12 
 
 		 183 aa  75.5  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.564024  normal  0.522722 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0204  TPR repeat-containing protein  27.89 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_8734  predicted protein  33.06 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.662786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2533  TPR repeat-containing protein  33.04 
 
 		 192 aa  72  0.000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1693  tetratricopeptide TPR_2  33.03 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.521297  normal  0.655187 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0572  tetratricopeptide TPR_2  29.46 
 
 		 194 aa  67  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00850831  hitchhiker  0.0000040032 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4605  TPR repeat-containing protein  28.85 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5131  TPR repeat-containing protein  28.18 
 
 		 361 aa  58.5  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000131061 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_63917  Anaphase promoting complex subunit CDC27 (Cell division control protein 27) (Anaphase promoting complex subunit 3)  30.86 
 
 		 571 aa  58.2  0.0000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1309  TPR repeat-containing protein  25.51 
 
 		 515 aa  57  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  30.61 
 
 		 1979 aa  56.6  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  30.93 
 
 		 1421 aa  54.3  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  30.23 
 
 		 649 aa  53.9  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0121  TPR repeat-containing protein  29.55 
 
 		 732 aa  52.8  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.261868  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3363  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25 
 
 		 289 aa  52.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.040769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2754  TPR repeat-containing protein  28.74 
 
 		 295 aa  52.8  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1392  TPR repeat-containing protein  30.19 
 
 		 301 aa  52.8  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2812  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.09 
 
 		 1838 aa  52  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.4844  normal  0.543205 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2461  hypothetical protein  30.23 
 
 		 398 aa  51.6  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.125521  normal  0.0258605 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1009  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.2 
 
 		 528 aa  51.6  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.781757  normal  0.111483 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  28.85 
 
 		 718 aa  51.6  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2801  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 291 aa  51.6  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.462521  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0964  TPR domain-containing protein  27.71 
 
 		 295 aa  51.6  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166963  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3949  TPR repeat-containing protein  26.74 
 
 		 361 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0905  TPR domain-containing protein  27.71 
 
 		 295 aa  51.2  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.73 
 
 		 1056 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0414  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.79 
 
 		 587 aa  50.1  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2941  hypothetical protein  28.74 
 
 		 560 aa  50.1  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000171884  normal  0.0147454 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.77 
 
 		 1022 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3569  tetratricopeptide TPR_2  27.27 
 
 		 314 aa  50.4  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 465 aa  50.1  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0032  TPR repeat-containing protein  29.7 
 
 		 1445 aa  49.7  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3665  TPR repeat-containing protein  24.24 
 
 		 289 aa  48.9  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00516372  normal  0.53352 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0774  TPR repeat-containing protein  29.7 
 
 		 1534 aa  49.3  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0602  RNA polymerase alpha subunit domain protein  31.46 
 
 		 451 aa  48.5  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.125598  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1568  hypothetical protein  28.89 
 
 		 820 aa  48.5  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.74 
 
 		 632 aa  48.1  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1722  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.82 
 
 		 354 aa  48.1  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3029  peptidase C14  26.01 
 
 		 527 aa  47.8  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.148896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1755  TPR repeat-containing protein  29.7 
 
 		 647 aa  47.8  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0455441 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  25.84 
 
 		 3145 aa  47.8  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3643  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.53 
 
 		 406 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2336  TPR repeat-containing protein  27.33 
 
 		 413 aa  47  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.367246  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1855  sulfotransferase  34.44 
 
 		 725 aa  47  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  22.58 
 
 		 1154 aa  47  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2471  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.53 
 
 		 406 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0400427  normal  0.45906 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3748  TPR repeat-containing protein  29.07 
 
 		 1450 aa  47  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5820  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.48 
 
 		 277 aa  47  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.91 
 
 		 988 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1178  TPR repeat-containing protein  24.24 
 
 		 280 aa  46.6  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0897  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.28 
 
 		 541 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0887  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.87 
 
 		 504 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.389457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  26.09 
 
 		 875 aa  45.8  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4781  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.51 
 
 		 738 aa  46.2  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.409511  normal  0.0812036 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  27.52 
 
 		 4079 aa  46.2  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1631  TPR repeat-containing protein  27.59 
 
 		 299 aa  45.8  0.0005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.863569  normal  0.0840181 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  29.47 
 
 		 1276 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2854  glycosyl transferase family 2  22.99 
 
 		 1252 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.956112  normal  0.0955707 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28701  hypothetical protein  25 
 
 		 582 aa  45.4  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2322  TPR repeat-containing protein  26.05 
 
 		 352 aa  45.4  0.0006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3529  hypothetical protein  28.3 
 
 		 929 aa  45.4  0.0007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>