224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3393 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



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Alignment on homolog gene
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E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3393  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 263 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158575  normal  0.446109 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2525  transcriptional regulator, TetR family  62.69 
 
 		 214 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0914  transcriptional regulatory protein  61.06 
 
 		 210 aa  248  7e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.626019  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1961  TetR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 213 aa  239  4e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310052  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3182  TetR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 216 aa  235  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.86361 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3937  transcriptional regulatory protein  57.07 
 
 		 210 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0235  TetR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 225 aa  229  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46290  TetR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 210 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128988  normal  0.0344421 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4758  TetR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 210 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.939945 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5303  TetR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 210 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.444335 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5445  TetR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 225 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5417  TetR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 225 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.618934  decreased coverage  0.00324744 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4852  TetR family transcriptional regulator  57.65 
 
 		 225 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4856  TetR family transcriptional regulator  58.77 
 
 		 219 aa  224  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0961  TetR family transcriptional regulator  58.29 
 
 		 218 aa  221  6e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4689  TetR family transcriptional regulator  56.78 
 
 		 243 aa  219  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3882  transcriptional regulator, TetR family  56.73 
 
 		 210 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  43.9 
 
 		 209 aa  82.4  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0820  putative transcription regulator protein  46.91 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2647  TetR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 74 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1845  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 237 aa  70.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  43.93 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 215 aa  67  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2011  transcriptional regulator, TetR family  57.63 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.542781  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1677  transcriptional regulator, TetR family  57.63 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6209  transcriptional regulator, TetR family  38.78 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3134  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.471149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0850  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 209 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0204358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4218  transcriptional regulator, TetR family  53.45 
 
 		 208 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566415  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1314  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.2142  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0795  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0300  TetR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  0.297799 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1359  TetR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1939  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 257 aa  63.5  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  42.5 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  38.1 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5420  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1942  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 253 aa  62  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.338038  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3501  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 209 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.191946  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4865  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 209 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5773  transcriptional regulator TetR family  45.16 
 
 		 208 aa  61.6  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  34.75 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6881  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0734971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  43.24 
 
 		 203 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0498  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0525706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1526  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0534186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2968  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.85525 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0794  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1551  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6278  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.185779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1825  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2408  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.616889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5134  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0133  transcriptional regulator, TetR family  38.03 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3251  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.831278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5223  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5515  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.674737 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0137  transcriptional regulator, TetR family  36.62 
 
 		 217 aa  55.8  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1093  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4307  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6770  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3508  regulatory protein, TetR  40.51 
 
 		 200 aa  54.7  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0988004  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3341  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 210 aa  53.9  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113479  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  43.1 
 
 		 264 aa  53.9  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  42.42 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0032  transcriptional regulator, TetR family  42.65 
 
 		 210 aa  53.5  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2342  regulatory protein, TetR  42.37 
 
 		 216 aa  53.5  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1926  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 224 aa  53.5  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.857726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7032  transcriptional regulator TetR family  32.18 
 
 		 215 aa  53.1  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0521  putative transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 215 aa  52.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3465  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 217 aa  52.8  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1420  transcriptional regulator, TetR family  42.62 
 
 		 212 aa  51.6  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08440  transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 		 190 aa  51.6  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1272  transcriptional regulator, TetR family  44.05 
 
 		 176 aa  52  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.388296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1770  transcriptional regulator, TetR family  31.66 
 
 		 203 aa  51.2  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1734  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 207 aa  51.2  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246488  n/a   
 
 
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NC_013441  Gbro_1996  regulatory protein TetR  39.68 
 
 		 215 aa  50.4  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 236 aa  50.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
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NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 198 aa  50.1  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
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NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 223 aa  49.3  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
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NC_011884  Cyan7425_1901  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 245 aa  48.9  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0306246  normal  1 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 		 227 aa  48.9  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
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NC_008347  Mmar10_1981  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 217 aa  48.9  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.992174  normal  1 
 
 
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NC_009077  Mjls_4191  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 236 aa  48.9  0.00009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.513173  normal  1 
 
 
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NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 218 aa  48.5  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_2679  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 233 aa  48.5  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196743  normal  1 
 
 
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NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  29.91 
 
 		 222 aa  48.5  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
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NC_007519  Dde_1892  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 192 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000800916  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_0973  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 199 aa  48.5  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.342069 
 
 
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NC_011886  Achl_3541  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 221 aa  48.5  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 206 aa  48.5  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_1673  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 216 aa  48.1  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.947806  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 188 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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