More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0541 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0506  hypothetical protein  99.29 
 
 		 421 aa  839    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0682613  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0681  permease, putative  84.32 
 
 		 421 aa  722    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4471  hypothetical protein  83.85 
 
 		 421 aa  726    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1037  putative lipoprotein  80.52 
 
 		 421 aa  671    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.967071  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0541  hypothetical protein  100 
 
 		 421 aa  845    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5027  hypothetical protein  88.36 
 
 		 421 aa  757    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0559  hypothetical protein  96.91 
 
 		 421 aa  776    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.641992 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06630  ABC efflux transporter, permease protein  81.17 
 
 		 421 aa  643    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.949424  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0551  hypothetical protein  98.34 
 
 		 421 aa  832    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.706049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11290  putative permease  81 
 
 		 421 aa  702    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3865  hypothetical protein  85.04 
 
 		 421 aa  707    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0426  predicted permease  57.76 
 
 		 419 aa  488  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00772  hypothetical protein  56.32 
 
 		 419 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2132  hypothetical protein  57.52 
 
 		 421 aa  457  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001701  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  55.88 
 
 		 419 aa  456  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2157  protein of unknown function DUF214  54.81 
 
 		 417 aa  434  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1563  protein of unknown function DUF214  52.88 
 
 		 420 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3557  hypothetical protein  54.44 
 
 		 425 aa  421  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.159864 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3394  hypothetical protein  51.56 
 
 		 421 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.453261  normal  0.276031 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1825  hypothetical protein  48.93 
 
 		 424 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1971  putative ABC transport system permease protein  44.63 
 
 		 414 aa  394  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0704  hypothetical protein  49.17 
 
 		 423 aa  389  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0307  hypothetical protein  45.91 
 
 		 410 aa  386  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.682528  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3493  protein of unknown function DUF214  52.83 
 
 		 431 aa  358  9.999999999999999e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3432  hypothetical protein  50.61 
 
 		 425 aa  356  5e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1812  putative permease  43.81 
 
 		 412 aa  353  2.9999999999999997e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.971161  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03782  putative permease  37.98 
 
 		 446 aa  322  7e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3618  protein of unknown function DUF214  27.98 
 
 		 414 aa  172  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.198201  normal  0.648782 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1965  protein of unknown function DUF214  29.28 
 
 		 449 aa  167  5e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.103284  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1147  hypothetical protein  30.53 
 
 		 400 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5020  protein of unknown function DUF214  27.9 
 
 		 418 aa  147  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1679  hypothetical protein  30 
 
 		 400 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1446  protein of unknown function DUF214  25.42 
 
 		 398 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.577785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2811  hypothetical protein  31.96 
 
 		 422 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.597769  normal  0.679954 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4227  protein of unknown function DUF214  27.92 
 
 		 435 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0571689 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0608  permease component protein  26.56 
 
 		 425 aa  114  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3903  protein of unknown function DUF214  29.48 
 
 		 420 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.171972 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6458  hypothetical protein  28.23 
 
 		 443 aa  111  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.450145 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3303  hypothetical protein  26.9 
 
 		 399 aa  97.4  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.49953 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3159  protein of unknown function DUF214  26.9 
 
 		 399 aa  97.4  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1292  hypothetical protein  28.08 
 
 		 420 aa  91.3  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1199  hypothetical protein  36.36 
 
 		 468 aa  83.2  0.000000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0215661  normal  0.10586 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3917  hypothetical protein  30.85 
 
 		 472 aa  76.6  0.0000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.578149  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4111  protein of unknown function DUF214  30.32 
 
 		 449 aa  74.7  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.962193  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1942  protein of unknown function DUF214  33.1 
 
 		 443 aa  65.5  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3762  protein of unknown function DUF214  33.1 
 
 		 452 aa  64.7  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0078  hypothetical protein  22.85 
 
 		 404 aa  63.5  0.000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000923125  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8874  protein of unknown function DUF214  26.49 
 
 		 418 aa  62.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00933707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1822  hypothetical protein  26.74 
 
 		 408 aa  62.4  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.368625  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2095  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.19 
 
 		 421 aa  61.2  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00459774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1958  protein of unknown function DUF214  33.06 
 
 		 413 aa  61.2  0.00000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.8831  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2901  hypothetical protein  28.88 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0934048 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0682  ABC transporter, permease protein  21.74 
 
 		 404 aa  59.3  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.834808  normal  0.683549 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2669  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.92 
 
 		 415 aa  59.3  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0269  hypothetical protein  25.71 
 
 		 414 aa  58.5  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.831572  hitchhiker  0.00091516 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1210  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.56 
 
 		 418 aa  58.9  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0559  ABC efflux pump, inner membrane subunit  28.14 
 
 		 386 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00044398  normal  0.112783 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1639  hypothetical protein  26.38 
 
 		 415 aa  57.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1440  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.91 
 
 		 415 aa  58.2  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141439  normal  0.211841 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1780  protein of unknown function DUF214  23.5 
 
 		 413 aa  57.4  0.0000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01125  ABC transporter, permease protein, putative  31.3 
 
 		 419 aa  57  0.0000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0990  ABC transporter efflux protein  25.55 
 
 		 411 aa  57  0.0000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0048907  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0839  protein of unknown function DUF214  21.97 
 
 		 405 aa  56.6  0.0000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0918  hypothetical protein  22.09 
 
 		 389 aa  56.6  0.0000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1640  hypothetical protein  22.79 
 
 		 408 aa  56.2  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1986  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.08 
 
 		 418 aa  56.6  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.914701  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2974  hypothetical protein  24.35 
 
 		 411 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0742  protein of unknown function DUF214  28.8 
 
 		 387 aa  55.8  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0302807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4297  hypothetical protein  24.94 
 
 		 420 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0105525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0758  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  25 
 
 		 420 aa  55.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00020569  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2385  hypothetical protein  21.89 
 
 		 387 aa  55.8  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00156944  normal  0.95956 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0266  hypothetical protein  26.12 
 
 		 414 aa  54.7  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17241  normal  0.0445989 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0224  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  21.58 
 
 		 415 aa  54.7  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0766  ABC transport permease protein  23.16 
 
 		 430 aa  54.7  0.000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0486768  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1761  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  21.07 
 
 		 414 aa  54.3  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.293206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0699  hypothetical protein  20.96 
 
 		 404 aa  53.9  0.000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0151116  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3218  permease, putative  27.71 
 
 		 850 aa  53.9  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.479064  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0392  protein of unknown function DUF214  25.53 
 
 		 409 aa  53.5  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056313 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2926  hypothetical protein  22.94 
 
 		 394 aa  53.5  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.019889  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0166  hypothetical protein  28.31 
 
 		 395 aa  53.5  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3108  hypothetical protein  24.93 
 
 		 385 aa  53.5  0.000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000183101  normal  0.613969 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3015  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.44 
 
 		 420 aa  53.1  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3166  protein of unknown function DUF214  25.45 
 
 		 409 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.289213  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3058  protein of unknown function DUF214  25.45 
 
 		 409 aa  53.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.270087  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01130  putative ABC transporter  26.32 
 
 		 414 aa  52.8  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.95272  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2970  hypothetical protein  25.78 
 
 		 409 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1135  hypothetical protein  24.24 
 
 		 397 aa  52.8  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.68227  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2063  protein of unknown function DUF214  30.73 
 
 		 397 aa  52.8  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5401  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.39 
 
 		 423 aa  53.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.117898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1081  macrolide export ATP-binding/permease protein MacB  27.46 
 
 		 640 aa  52.4  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3232  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.58 
 
 		 418 aa  51.6  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.215903  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2148  hypothetical protein  26.35 
 
 		 408 aa  51.6  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327906 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2458  hypothetical protein  22.55 
 
 		 394 aa  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1371  protein of unknown function DUF214  24.28 
 
 		 386 aa  52.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.381039  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3228  permease, putative  26.91 
 
 		 794 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.701051  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0813  hypothetical protein  23.52 
 
 		 402 aa  51.6  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4377  ABC efflux pump, inner membrane subunit  22.8 
 
 		 411 aa  51.2  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0067  hypothetical protein  33.79 
 
 		 488 aa  51.2  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4664  permease  23.99 
 
 		 858 aa  51.2  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4156  ABC transporter, inner membrane subunit  24.24 
 
 		 420 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>