51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3917 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4111  protein of unknown function DUF214  84.53 
 
 		 449 aa  662    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.962193  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3917  hypothetical protein  100 
 
 		 472 aa  940    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.578149  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6458  hypothetical protein  48.84 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.450145 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4227  protein of unknown function DUF214  47.97 
 
 		 435 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0571689 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0608  permease component protein  48.5 
 
 		 425 aa  359  5e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3903  protein of unknown function DUF214  48.5 
 
 		 420 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.171972 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1292  hypothetical protein  44.66 
 
 		 420 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1965  protein of unknown function DUF214  27.27 
 
 		 449 aa  123  5e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.103284  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3303  hypothetical protein  38.14 
 
 		 399 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.49953 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3159  protein of unknown function DUF214  38.14 
 
 		 399 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3618  protein of unknown function DUF214  26.11 
 
 		 414 aa  117  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.198201  normal  0.648782 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03782  putative permease  25.37 
 
 		 446 aa  110  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0541  hypothetical protein  27.49 
 
 		 421 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0506  hypothetical protein  27.71 
 
 		 421 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0682613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1446  protein of unknown function DUF214  33.04 
 
 		 398 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.577785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0551  hypothetical protein  27.31 
 
 		 421 aa  106  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.706049 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1147  hypothetical protein  34.97 
 
 		 400 aa  99.4  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5027  hypothetical protein  28.05 
 
 		 421 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1971  putative ABC transport system permease protein  25.59 
 
 		 414 aa  94.4  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11290  putative permease  25.32 
 
 		 421 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2811  hypothetical protein  36.18 
 
 		 422 aa  91.3  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.597769  normal  0.679954 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1679  hypothetical protein  36.61 
 
 		 400 aa  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0559  hypothetical protein  26.52 
 
 		 421 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.641992 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0704  hypothetical protein  31.5 
 
 		 423 aa  86.7  9e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4471  hypothetical protein  25.6 
 
 		 421 aa  86.7  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2132  hypothetical protein  30.37 
 
 		 421 aa  85.1  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0681  permease, putative  26.34 
 
 		 421 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1563  protein of unknown function DUF214  32.06 
 
 		 420 aa  80.9  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1812  putative permease  29.29 
 
 		 412 aa  78.6  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.971161  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3865  hypothetical protein  25.64 
 
 		 421 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1199  hypothetical protein  29.07 
 
 		 468 aa  77  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0215661  normal  0.10586 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0307  hypothetical protein  30.65 
 
 		 410 aa  75.9  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.682528  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001701  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  30.1 
 
 		 419 aa  74.3  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00772  hypothetical protein  28.85 
 
 		 419 aa  73.9  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3557  hypothetical protein  32.24 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.159864 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3394  hypothetical protein  28.71 
 
 		 421 aa  73.6  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.453261  normal  0.276031 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0426  predicted permease  26.57 
 
 		 419 aa  72.4  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1037  putative lipoprotein  25.32 
 
 		 421 aa  70.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.967071  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06630  ABC efflux transporter, permease protein  28.87 
 
 		 421 aa  67.8  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.949424  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2157  protein of unknown function DUF214  27.18 
 
 		 417 aa  64.3  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1825  hypothetical protein  32.1 
 
 		 424 aa  62.4  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3432  hypothetical protein  25.41 
 
 		 425 aa  57  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3493  protein of unknown function DUF214  30.17 
 
 		 431 aa  52.8  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1780  protein of unknown function DUF214  31.06 
 
 		 413 aa  48.5  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4631  ABC efflux pump, inner membrane subunit  28.97 
 
 		 419 aa  47.8  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3709  ABC transporter permease protein  34.4 
 
 		 404 aa  45.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1857  ABC transporter related  24.32 
 
 		 885 aa  45.4  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0462324  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1074  hypothetical protein  30 
 
 		 866 aa  45.4  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4848  hypothetical protein  25.29 
 
 		 413 aa  45.1  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0956312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2757  ABC efflux pump, inner membrane subunit  23.78 
 
 		 413 aa  44.3  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3466  hypothetical protein  29.73 
 
 		 399 aa  43.1  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>